Mit der Zeit wird er aber gegenüber Chakotay misstrauisch. Er gibt [[Valerie Archer]] den Auftrag Chakotays [[DNS]] zu [[scan]]nen. Als sie bemerkt, dass Chakotay ein [[Mensch]] ist, läßt Boothby Chakotay verfolgen und festnehmen. Boothby verhört Chakotay und fragt ihn nach der [[Invasion]]sstreitmacht der Föderation, welche den [[Fluider Raum|Fluiden Raum]] erobern will. Plötzlich nähert sich die ''Voyager'' um Chakotay zu befreihenbefreien. Boothby [[Kommunikation|ruft]] [[Captain]] [[Kathryn Janeway]] und bedroht sie und ihr Schiff. Aber auch Janeway bedroht die [[Raumstation]] mit [[Nanosonde]]n. Um ein Gefecht zu vermeiden , lädt Janeway zu Verhandlungen an Bord der ''Voyager'' ein.

Spezies 8472 geht darauf ein, aber die Verhandlungen beginnen sehr feindlich. Boothby bezeichnet die Föderation als Verbündete der Borg und Lügner. Erst als Janeway ihre [[Waffe]]n deaktiviert, beginnt Boothby der Föderation langsam zu vertauen. Janeway versichert ihm , dass es keine Invasionsstreitmacht gibt und dass die ''Voyager'' allein im [[Delta-Quadrant]] ist, ohne Kontakte zur Föderation zu haben. Janeway erklärt ihm auch, dass der damalige Angriff auf Spezies 8472 nur ein Akt der Verteidigung war. Boothby sieht langsam ein, dass die Menschen genau so viel Angst vor Spezies 8472 haben, wie sie vor den Menschen.

Als sich Valerie Archer sich für die Menschen einsetzt, beginnt Boothby ihnen zu vertauen und es kommt zu einem Technologieaustausch zwischen der Föderation und Spezies 8472. Die [[Liste der Crew der USS Voyager|Crew]] der ''Voyager'' darf sogar die Sphäre besuchen, um ein wenig Heimat zu erleben. Boothby schenkt Janeway zum Abschied eine [[Rose]], paar Tage später kehrt er zurück in den Fluiden Raum . um die Friedensbotschaft von den Menschen seinem Volk zu überbringen. Boothby hat gelernt , den Menschen zu vertrauen und er wird sich für die Menschen einsetzen, damit der Frieden zwischen ihren Spezies erhalten bleibt. ({{VOY|In Fleisch und Blut}})