Der Ursprung der Krise lässt sich auf Seiten der Xindi und somit abseits der Menschheit nur schwer ausmachen. Die durch mehrere Konflikte gebeutelten Xindi-Völker bilden nach der Zerstörung ihres [[Planet|Heimatplaneten]] unter Führung der Sphärenbauer, welche sie zu einem neuen Heimatplaneten brachten und seitdem als ihre Beschützer gelten, einen fünfköpfigen [[Xindi-Rat|Rat]], in welchem sie für alle verbündeten Xindi Entscheidungen treffen. (''[[{{ENT]]: "[[|Der Rat]]"''}})

Vermutlich einigten sich die Ratsmitglieder in den frühen [[2150er]]n darauf, der für sie vitalen Bedrohung durch die Menschen dadurch zu begegnen, indem man ihnen zuvorkommt, lange bevor sie den Xindi gefährlich werden könnten - mit einer gewaltigen Waffe, welche die [[Erde]] mit nur einem Schlag zerstören sollte. Der Plan sieht ebenfalls vor, den Rest der verstreuten Menschheit dann zu jagen, bis diese vollkommen ausgelöscht wären. (''[[{{ENT]]: "[[|Dämmerung]]"''}})

Im Rahmen mehrerer Testläufe wird dann im April [[2153]] des Jahres ein [[Prototyp]] durch einen [[Subraumkorridor]] zur Erde geschickt, welcher mit einem reptilianischen Xindi bemannt ist. Diese später als "[[Xindi-Sonde|Sonde]]" eingestufte Waffe [[Emitter|emittiert]] einen gewaltigen Strahl auf die Oberfläche, welche weite Teile [[Florida]]s bis hin zu [[Venezuela]] verwüstet und sieben Millionen Tote hinterlässt. Im Anschluss daran zerfällt die Sonde und stürzt auf die Erde, wo ihre Teile und der Leichnam des [[Pilot]]en geborgen werden. (''[[{{ENT]]: "[[|Die Ausdehnung]]"''}})

Im Zuge dessen wird die ''Enterprise'' vor allem nach den letzten Begegnungen mit den [[Klingone]]n, massiv umgerüstet. Gerade waffentechnologisch wird das Schiff nun besser für Konfliktsituationen ausgerüstet, so unter anderem auch mit den neuartigen [[Photoniktorpedo]]s und einer Einheit [[MACO]]s, während die Sternenflotte über die nun anstehende Mission in die [[Delphische Ausdehnung]] berät. Auch eine Untersuchung von Archers Geisteszustand, wie auch die Vorführung einer Sensoraufzeichnung eines vulkanischen Schiffs, welches in die Ausdehnung geschickt wurde, ändert nichts daran, dass die ''Enterprise'' schließlich aufbricht. Nicht nur um die Bedrohung mit allen Mitteln abzuwenden, sondern auch um einen diplomatischen Kontakt zu den Xindi zu etablieren. (''[[{{ENT]]: "[[|Die Ausdehnung]]"''}})

Der Xindi wird jedoch bei der Flucht von einem der Wärter tödlich verwundet. Bevor er jedoch auf der ''Enterprise'' verstirbt, teilt er Archer mit, wo sich der [[Xindus|Heimatplanet der Xindi]] befindet. Allerdings ist der Flug zu den genannten [[Koordinaten ]] mehr als ernüchternd - der Planet ist seit den [[2030er]]n vollkommen zerstört, so dass die Crew der ''Enterprise'' nur noch ein Trümmerfeld vorfindet. (''[[{{ENT]]: "[[|Die Xindi]]"''}})

Es gelingt [[Phlox]] jedoch ein Gegenmittel herzustellen und die Crewmitglieder zu retten. (''[[{{ENT]]: "[[|Transformation]]"''}})

Trotz dieser Daten beschließt der Rat, diese Biowaffe nicht einzusetzen und auch jegliche Forschung in diese Richtung auszusetzen. (''[[{{ENT]]: "[[Rajiin (Episode)|Rajiin]]"''}})

Die Gerätschaften und die Daten werden auf der ''Enterprise'' eingelagert und dienen später bei der Überzeugung der Xindi, den Angriff auf die Erde zu stoppen. (''[[{{ENT]]: "[[Carpenter Street (Episode)|Carpenter Street]]"''}})

Nachdem die ''Enterprise'' den Verbleib und die Ursache für das animalische Verhalten der Crew des vulkanischen [[Forschungsschiff]]s ''[[Seleya]]'' geklärt hat, trifft ihre Mannschaft auf einem verlassenen [[Planet]]en ein im Exil lebendes Wesen mit Namen [[Tarquin]], welches der Besatzung bei ihrer Mission seine Hilfe anbietet. Zu diesem Zweck bleibt [[Ensign]] [[Hoshi Sato|Sato]] bei dem Wesen, während die ''Enterprise'' weitere Nachforschungen einer nahegelegenen Sphäre unternimmt. Das Ergebnis dieser Zusammenarbeit bedeutet für Archer und seine Leute einen wirklichen Fortschritt, weist Tarquin ihnen den Weg zu einer Kolonie der aboralen Xindi, auf der ein für den Bau der Superwaffe benötigtes Material namens [[Kemocit]] raffineriert wird. (''[[{{ENT]]: "[[|Impulsiv]]", "[[Exil (Episode)|Exil]]"''}})

Mit Graliks Hilfe gelingt es, eine Ladung des Kemocits zu markieren. Jedoch bringt die Verfolgung der Ladung kaum etwas, da sich die Spur verliert, nachdem das Schiff, welche die Ladung befördert in einem Subraumkorridor verschwindet. (''[[{{ENT]]: "[[|Die Ladung]]"''}})

Zuvor kann "[[Sim]]", wie der Klon genannt wird, jedoch noch von weiterem Nutzen sein. Die ''Enterprise'' ist in einem Raumgebiet gestrandet, in welchem eine stark erhöhte Konzentration von [[nukleonisches Partikel|nukleonischen Partikeln]] zu registrieren ist und die sich auf der Außenhülle des Schiffs ablagern. Durch den Ausfall der [[Antrieb]]ssysteme steht das Schiff still und bewegt sich nicht fort, was keine akute Bedrohung ist, jedoch nimmt durch die Ablagerung der Partikel die effektive Masse des Schiffs zu, so dass man sich später, wenn der Antrieb repariert ist, nicht mehr fortbewegen kann. Allerdings hat Sim den Einfall, das Schiff mit den beiden [[Fähre]]n in Bewegung zu versetzen, so dass man langsam aus dem Partikelfeld heraustreibt. (''[[{{ENT]]: "[[|Ebenbild]]"''}})

Ein entscheidender Fortschritt gelingt, als die ''Enterprise'' von der ''[[Kumari]]'' mittels [[Traktorstrahl]] aus einer Anomalie gerettet wird und man nicht der Hilfe von Commander [[Shran]] in ein Testgebiet der Xindi-Waffe eindringen, welches im [[Calindra-System]] liegt, und dieses Scannen kann. Es gelingt, den Waffentest mitzuverfolgen, die Kontrollcodes aus dem Datenverkehr zu extrahieren, und als der Test durchgeführt ist, den Prototypen mit einem koordinierten Angriff beider Schiffe zu entwenden. Dabei wird der Prototyp von den [[Andorianer]]n geborgen, die jedoch ihre eigenen Pläne mit diesem haben und die Technologie der Waffe gegen die Vulkanier einzusetzen gedenken. Dieses Vorhaben wird durch Archer letztenendes dadurch verhindert, dass der Prototyp durch Eingabe der Kommandocodes seine [[Selbstzerstörung]] aktiviert und schließlich zerstört wird. (''[[{{ENT]]: "[[|Testgebiet]]"''}})

Archer spielt Degra vor, dass man sich sieben Jahre in der Zukunft befände und die Reptilianer und die Insektoiden im Anschluss daran den Rat gestürzt und die Macht übernommen hätten. Man erhält auch die benötigten Daten, bevor die Simulation auffliegt, jedoch kann man sie nun nicht verifizieren. Also erweitert man die Simulation auf das gesamte Schiff und täuscht vor, dass die ''Enterprise'' auf dem Weg nach [[Azati Prime]] sei - dem Ort, an dem die Waffe gebaut wird. Es gelingt auch Degra davon zu überzeugen, dass man es dorthin geschafft hätte, so dass dieser auf die List hereinfällt und den Standort durch seine Reaktion so bestätigt. Letztlich löscht man das Gedächtnis der Gefangenen und täuscht einen Unfall an Bord von Degras Schiff vor, bevor man sich nach Azati Prime aufmacht. (''[[{{ENT]]: "[[|Kriegslist]]"''}})

Nach einigen Wochen Flugzeit erreicht die ''Enterprise'' schließlich das System und findet mit einem aus einem insektoiden Schiffswrack geborgenen Aufklärungsschiff die Konstruktionsstätte der Waffe, welche in einem Ozean liegt. Archer macht sich schließlich auf den Weg, um die Waffe zu zerstören, allerdings ist sie bei seiner Ankunft verschwunden. Das Aufklärungsschiff wird schließlich abgefangen und durch aquarianische Schiffe außer Gefecht gesetzt. (''[[{{ENT]]: "[[|Brutstätte]]", "[[Azati Prime (Episode)|Azati Prime]]"''}})

Es gelingt der Crew schließlich einen Bezug zwischen den Anomalien und den [[Delphische Sphäre|Delphischen Sphären]] herzustellen, welche die Anomalien durch ihre massiven, [[Welle (Physik)|welle]]nartigen Abstrahlung von [[gravimetrische Energie|gravimetrischer Energie]] erzeugen. Die Sphären scheinen dazu konstruiert worden zu sein, um die räumliche Konfiguration der Ausdehnung zu verändern, um sie den Lebensbedingungen der Sphärenbauer zu entsprechen, aber letztlich alle anderen Spezies dieses Universums letztlich zu verdrängen scheinen. (''[[{{ENT]]: "[[|Die Anomalie]]", "[[|Exil (Episode)|Exil]]", "[[Das auserwählte Reich]]"}})

Jedoch stellt sich bei eingehender Untersuchung heraus, dass der vermeintliche Sträfling in Wahrheit eines der transdimensionalen Wesen ist, die letztendlich für die Anomalien verantwortlich ist. (''[[{{ENT]]: "[[|Der Vorbote]]"''}})

Durch Daniels erfährt Archer schließlich, dass die Sphärenbauer auch im [[26. Jahrhundert]] versuchen, den Weltraum ihren Lebensbedingungen entsprechend zu rekonfiguieren, aber von der [[Föderation]], der auch die Xindi in dieser Zeitspanne angehören, zurückgedrängt werden. Aus diesem Grund wählen die Sphärenbauer eine Zeitspanne aus, in der die Föderation noch nicht existiert, in der man ihre Gründung noch effektiv verhindern kann, indem ein Konflikt heraufbeschworen wird, der schließlich dazu führt, die treibende Kraft der Föderation zu zerstören und so ihre Gründung zu verhindern. (''[[{{ENT]]: "[[Azati Prime (Episode)|Azati Prime]]"''}})

Mit der Gefangenname Archers steht für die Reptilianer fest, dass sich auch dessen Schiff in der Nähe befinden muss. Im Verhör kann Archer gegenüber seinem folternden Peiniger [[Dolim]] nicht bestätigen, dass sich ein zweites Erdenschiff in der Ausdehnung aufhält, so befiehlt dieser schließlich den Angriff auf das Erdenschiff - ohne dieses jedoch mit dem Rat abzusprechen, der das Schiff bislang verschonen wollte. In einem persönlichen Gespräch mit Degra gelingt es Archer dessen Vertrauen zu erlangen - nicht zuletzt durch eine [[Xindi-Initiationsmedaille|Initiationsmedaille der Xindi]], welche Archer von Daniels erhielt. Degra setzt durch, dass Archer vor dem Rat sprechen darf und sich und sein Volk verteidigen soll. (''[[{{ENT]]: "[[Azati Prime (Episode)|Azati Prime]]"''}})

Als erste Geste des Vertrauens hilft Degra nicht nur dabei Archer zurück auf die ''Enterprise'' zu bringen, sondern auch dabei, das durch den letzten Angriff schwerst beschädigte Schiff zu sichern und die Energieversorgung sicherzustellen, so dass die Reparaturen vorankommen. Darüber hinaus teilt er der ''Enterprise''-Crew sein Bedauern über den Anschlag auf die Erde sowie den Koordinatenpunkt eines Korridors mit, durch den man in die Nähe des [[Xindi-Ratsplanet|Ratsplaneten]] kommt. Degra warnt jedoch die Crew davor, dass eine agressive Spezies diesen Korridor bewacht und dessen umgebenden Nebel, als Deckung für Angriffe nutzt. Am anderen Ende des Korridors solle man sich mit ihm wieder treffen, so dass er die ''Enterprise'' zum Rat eskortieren kann. Mit seiner Hilfe gelingt es auch, ein weiteres Ratsmitglied - den aboralen Vertreter - von Archers Behauptungen zu überzeugen. (''[[{{ENT]]: "[[|Beschädigungen]]", "[[|Die Vergessenen]]"''}})

Nach einigen Meinungsverschiedenheiten mit Archers Nachfolger [[Lorian]], welcher der Sohn von T'Pol und Trip ist, bei dem sich beide Schiffe auch ein Feuergefecht liefern, gelingt es den Impulsantrieb der jüngeren ''Enterprise'' umzurüsten und die Gegner im Nebel einige Zeit in Schach zu halten. Als Archers ''Enterprise'' jedoch manövrierunfähig geschossen wird, schleppt sie Loriens Schiff mit einem [[Traktorstrahl]] soweit, bis sie genügend Schwung hat, um den Korridor zu erreichen. Lorien lenkt auf dem letzten Stück die angreifenden Schiffe ab. (''[[{{ENT]]: "[[|E²]]"''}})

Doch wird den Abtrünnigen schnell klar, dass man ohne die Startcodes einer weiteren Xindi-Spezies nur eine große, aber nutzlose Waffe hat. Also entführen sie Ensign Sato von der ''Enterprise'', die mit ihren linguistischen Fähigkeiten wenigstens einen der fehlenden Codes entschlüsseln soll. (''[[{{ENT]]: "[[|Der Rat]]"''}})

Mit einer alliierten Streitmacht aus arboralen, [[Liste der Xindi-Raumschiffe|aquarianischen Schiffen]], Schiffen der Primaten und der ''Enterprise'' versucht man den Ensign, aber auch die Waffe zurückzuerlangen, allerdings wird Hoshi mit [[Neuralparasit (Xindi)|Neuralparasiten]] gefügig gemacht, so dass es ihr gelingt, einen der Codes zu entschlüsseln. Nachdem sie von einem [[MACO]]-Team gerettet wird, mischen sich die Sphärenbauer in den Kampfverlauf ein, der bis zu diesem Zeitpunkt gut für die alliierte Streitmacht verläuft. Nicht nur, dass viele Schiffe aufgrund der plötzlich auftretenden Anomalien zerstört werden: Dolim ist mit der Waffe durch einen Subraumkorridor auf dem Weg zur Erde. (''[[{{ENT]]: "[[|Countdown]]"''}})

Während die ''Enterprise'' sich gegen den Angriff der interdimensionalen Wesen zur Wehr setzen muss und dabei die Sphäre mit einem [[Deflektorimpuls]] schließlich zum Kollabieren bringt, womit auch alle anderen Sphären zerstört werden, erfährt Archer nach dem Erreichen der Waffe erneut die Hilfe von Shran, der mit seinem Schiff das [[Dolims Schiff|reptilianische Geleitschiff Dolims]] ablenkt und schließlich zerstört. In der Waffe gelingt es Archer, Reed und Hoshi diese zuerst zu deaktivieren und sie dann durch Anbringen einiger Sprengladungen von innen heraus zu zerstören - jedoch kehren nur Hoshi und Reed auf Degras Schiff zurück. (''[[{{ENT]]: "[[|Stunde Null]]"''}})

[[Bild:Archer hält Rede nach Xindi-Kriese.jpg|thumb|Noch gezeichnet vom Kampf werden die Helden von einem Stadion voller Menschen begeistert empfangen.]] Archer wird vor der Explosion der Waffe in die Vergangenheit befördert, wie auch die ''Enterprise'' später selbst, und nach einem kleinen Exkurs in eine durch die [[Na'kuhl]] veränderte Vergangenheit des [[Zweiter Weltkrieg|Zweiten Weltkriegs]] kehrt die Crew der ''Enterprise'' schließlich endgültig heim, wo sie nicht nur von einer vereinigten Flotte, sondern später auch als Helden empfangen werden. (''[[{{ENT]]: "[[|Sturmfront, Teil II]]", "[[|Zuhause]]"''}})

Diese Zeitlinie kann durch die Entfernung der Parasiten im Jahr [[2165]] rückgängig gemacht werden, kurz bevor der letzte Rest der Menschheit auf [[Ceti Alpha V]] von den Xindi ausgelöscht wird. (''[[{{ENT]]: "[[|Dämmerung]]"''}})

Die Gefahr ist zwar gebannt, jedoch ruft die Krise eine neue Welle der [[Xenophobie|fremdenfeindlichen]] Bewegung hervor. Diese allgemeine Stimmung richtet sich dabei nicht speziell gegen die Xindi, sondern allgemein gegen Außerirdische aber auch gegen diejenigen, die man für die Probleme mit ihnen verantwortlich macht - die Sternenflotte. Dabei scheint allerdings die Gewalt kaum eine Rolle zu spielen, lediglich vereinzelte Kneipenschlägereien flammen hier und da auf. Der Rest beschränkt sich auf Demonstrationen, welche aber bald rückläufig scheinen. (''[[{{ENT]]: "[[|Zuhause]]"''}})

Erst zu Beginn der Konferenzen, auf denen Delegierte einem Dutzend verschiedener Welten über die Gründung der [[Koalition der Planeten]] verhandeln, erstarkt die xenophobe Gruppierung ''[[Terra Prime]]'' nach dem Start der ''Enterprise'' im Jahr [[2151]] wieder. (''[[{{ENT]]: "[[Dämonen (Episode)|Dämonen]]", "[[Terra Prime (Episode)|Terra Prime]]"''}})