Zur selben Zeit wird eine neue Verteidigungs- und Forschungsbehörde, genannt die [[Sternenflotte]] ins Leben gerufen. Sie besteht aus dem Militär und Personal der einzelnen Mitgliedswelten, aber vor allem aus der nicht mehr existierenden [[Sternenflotte (Erde)|Erd-Sternenflotte]]. Trotz ihrer friedlichen Absichten und Ziele, gab es im Laufe der Zeit immer wieder Konflikte mit feindlich gesinnten Völkern an den Grenzen der Föderation. Im [[23. Jahrhundert]] gehörte dazu vor allem der kalte Krieg mit dem [[Klingonisches Imperium|klingonischen Reich]], der erst mit der historischen [[Konferenz von Khitomer]] im Jahr [[2293]] vollständig beigelegt werden konnte. (''"[[Star Trek VI: Das unentdeckte Land]]"'') .

Im [[24. Jahrhundert]] steht die gesamte Föderation ihrer härtesten Bewährungsprobe gegenüber. Obwohl sie eine rein friedliche Expansionspolitik verfolgt, war dies unter anderem der Anlaß, für zahlreiche militärische Konflikte mit allen bedeutenen Mächten des Quadranten. Aus einigen dieser Konflikte entwickelten sich mit der Zeit gar harte und langwierige Kriege. Dazu gehören beispielsweise in den [[2340er|40er]] Jahren ein Grenzkonflikt mit den [[Cardassianer]]n (''[[TNG]]: "[[Der Rachefeldzug]]"''). Später gab es noch weitere Konflikte mit den [[Talarianer]]n (''[[TNG]]: "[[Endars Sohn]]"''), den [[Tholianer]]n (''[[TNG]]: "[[Rikers Vater]]"''), den [[Sheliak]] (''[[TNG]]: "[[Die Macht der Paragraphen]]"''), sowie den [[Tzenkethi]] (''[[DS9]]: "[[Der Widersacher]]"''). In den [[2360er|60ern]] machte die Föderation die Bekanntschaft mit einem vollkommen neuen Typ von Feind, genannt die [[Borg]] (''[[TNG]]: "[[Zeitsprung mit Q]]"''). Nach der verlustreichen [[Schlacht von Wolf 359]], musste die Föderation ihre friedliche Verteidigungs- und Schiffsbaupolitik vollkommen neu überdenken, wodurch eine Vielzahl von moderneren und leistungsstärkeren [[Liste der Föderationsschiffsklassen des 24. Jahrhunderts|Schiffsklassen]] entwickelt und anschließend in Dienst gestellt wurden. Ende der [[2370er]], sah sich die Föderation einer weiteren, existenzbedrohenden Tatsache gegenüber und mit ihr der gesamte [[Alpha-Quadrant]]. Obwohl die vereinten Streitkräfte der Föderation, der [[Klingone]]n und der [[Romulaner]], das [[Dominion]] besiegen konnten, war es am Ende ein teuer erkaufter Sieg. Der gesamte [[Dominion-Krieg]] war der bislang blutigste Konflikt in der Geschichte der Föderation, in dem viele Welten verwüstet, tausende Schiffe zerstört und Millionen getötet wurden. (''[[DS9]]: "[[Das, was du zurückläßt, Teil II]]"'').

Seit der Gründung der [[Sternenflotte (Erde)|Erd-Sternenflotte]], hat die Föderation viele typische Traditionen und Bezeichnungen aus der Geschichte der irdischen Seefahrt übernommen. Dazu gehören beispielsweise Namen wie "Trockendock", die Kommandostruktur und deren Dienstgrade, sowie die klassische Taufe eines Schiffes, kurz bevor es offiziell vom Stapel läuft. Als beispielsweise die [[USS Enterprise (NCC-1701-B)|USS ''Enterprise''-B]] im Jahr [[2293]] offiziell in Dienst gestellt wird, wurde kurz zuvor eine alte Flasche Champagner am Rumpf des neuen Schiffes zerschlagen. (''"[[Star Trek: Treffen der Generationen]]"'').

Im [[26. Jahrhundert]] hat sich der Einfluß und auch die Stärke der Föderation immens erhöht. In dieser Zeitperiode verfügen sie bereits über sehr leistungsstarke Schiffe und Technologien. Desweiteren ist das [[Klingonisches Imperium|klingonische Recih]] zu einem vollwertigen Mitglied der Föderation aufgestiegen, wobei auch das gesamte militärische Potential in die [[Sternenflotte]] integriert worden ist. (''[[ENT]]: "[[Azati Prime]]"'').

Im [[29. Jahrhundert]] hat sich neben der Hauptaufgabe das Unbekannte zu erforschen, eine weitere Aufgabe etabliert. Dieses neue Aufgabenspektrum umfasst die genaue Überwachung des linearen Zeitverlaufs, um etwa absichtlich herbeigeführte Veränderungen zu verhindern. Der Hauptgrund für die Einführung dieses neuen Arbeitszweiges besteht in der Tatsache, das in der Zukunft mehrere verschiedene [[Rassen und Kulturen|Völker]] es geschafft haben, temporale Technologie zu entwickeln mit dem Bestreben, diese dann auch in der Praxis einzusetzen. Somit sind sie in der Lage, sich ebenfalls in beide Richtungen der [[Zeitlinie]] fortbewegen zu können. Am Anfang existiert jedoch noch keine gemeinsame Kontrollinstanz, die dazu imstande gewesen wäre, für die notwendige Sicherheit zu sorgen. Erst später realisieren die einzelnen Völker, das dringend Gesetze geschaffen werden müssen, um eine Gefahr des Mißbrauchs auszuschließen (''[[ENT]]: "[[Der kalte Krieg]]"'').<br>Um für die notwendige Sicherheit zu sorgen, stehen der Sternenflotte hochmoderne [[Zeitschiff]]e zur Verfügung, wie beispielsweise die [[Wells-Klasse|''Wells''-Klasse]]. Alle Schiffe dieses Typs, sind mit der nötigen Technologie ausgestattet, um den Zeitverlauf permanent überwachen zu können. Sobald eine temporale Veränderung lokalisiert worden ist, beauftragt die Sternenflotte ein Zeitschiff, diese Veränderungen durch Einsatz spezieller Maßnahmen zu eleminieren. (''[[VOY]]: "[[Zeitschiff Relativity]]"'').

Im [[31. Jahrhundert]] kümmert sich die Föderation verstärkt um die Überwachung der Zeitlinie, wobei ihr hochqualifizierte [[Zeitagent]]en zur Verfügung stehen. Allerdings existiert in diesem Jahrhundert ein langfristiger Konflikt, genannt der [[Temporaler Kalter Krieg|temporale kalte Krieg]]. (''[[ENT]]: "[[Der kalte Krieg]]"'').

Nach einem langen und harten Krieg mit dem [[Klingonisches Imperium|klingonischen Reich]], kann im Jahr [[2293]] durch die historische [[Konferenz von Khitomer]], ein dauerhafter Friedensvertrag zwischen beiden Großmächten des [[Alpha-Quadrant]]en geschlossen werden. (''"[[Star Trek VI: Das unentdeckte Land]]"'').

Im frühen [[24. Jahrhundert]] wird der [[Vertrag von Algeron]] mit dem [[Romulanisches Imperium|romulanischen Imperium]] erfolgreich etabliert, durch den auch die [[Neutrale Zone|neutrale Zone]] als Pufferzone eingerichtet wird. (''[[TNG]]: "[[Das Pegasus-Projekt]]"'').

Im Jahr [[2255]] kann der [[Vertrag von Armens]] erfolgreich mit der [[Sheliak Korporation]] geschlossen werden, der sich hauptsächlich mit der Aufteilung diverser [[Planet]]en und [[Sternensystem]]e befaßt. (''[[TNG]]: "[[Die Macht der Paragraphen]]"'').

Nach einem kurzen Krieg mit der [[Cardassianische Union|cardassianischen Union]] im 24. Jahrhundert, kann ein Friedensvertrag erfolgreich etabliert werden. (''[[TNG]]: "[[Der Rachefeldzug]]"'').

Durch den gewonnenen [[Dominion-Krieg]], kann [[2375]] ein Friedensvertrag zwischen der Föderation und dem [[Dominion]] unterzeichnet werden. (''[[DS9]]: "[[Das, was du zurückläßt, Teil II]]"'').

In den [[2360er]] gelingt es [[Captain]] [[Rudy Ransom|Ransom]], das Volk der [[Yridianer]] ausfindig zu machen, die eigentlich als ausgestorben galten. (''[[VOY]]: "[[Equinox, Teil I]]"'').

Im Jahr [[2365]] entdeckt die [[USS Yamato|USS ''Yamato'']] den Standort der geheimnisvollen [[Heimatwelt]] der [[Iconianer]]. Diese alte Zivilisation galt als ausgestorben und in ferner Vergangengeit verlor sich ihre Spur. Anschließend entdeckt die [[USS Enterprise (NCC-1701-D)|USS ''Enterprise''-D]] Hinweise drauf, das einige Iconianer noch existieren könnten. (''[[TNG]]: "[[Die Iconia-Sonden]]"'').

Die USS ''Enterprise''-D löst [[2369]] ein altes Rätsel, indem sie entdecken, das alle großen Zivilisationen des [[Alpha-Quadrant]]en von einem einzigen Urvolk abzustammen scheinen (''[[TNG]]: "[[Das fehlende Fragment]]"''). Parallel dazu entdeckt die neue [[Raumstation]] [[Deep Space 9]], das einzig existierende [[Bajoranisches Wurmloch|Wurmloch]] im Quadranten, welches eine direkte Verbindung zum entfernten [[Gamma-Quadrant]]en herstellt. (''[[DS9]]: "[[Der Abgesandte, Teil I]]"'').

Durch die siebenjährige Strandung der [[USS Voyager|USS ''Voyager'']], gewinnt die Sternenflotte viele interessante Informationen und Daten über den bis dato völlig unbekannten [[Delta-Quadrant]]en. (''"[[Star Trek: Raumschiff Voyager]]"'').

Im [[22. Jahrhundert]] gelingt es den Streitkräften der Sternenflotte, in der [[Schlacht von Cheron]], den entscheidenen Sieg über das [[Romulanisches Imperium|romulanische Imperium]] zu erringen. (''[[TNG]]: "[[Der Überläufer]]"'').

Obwohl die historische [[Schlacht von Wolf 359]] im Jahr [[2367]] als Tragödie für die Streitkräfte der Sternenflotte endet, gelingt es jedoch der Sternenflotte, den [[Borg-Kubus]] durch die [[USS Enterprise (NCC-1701-D)|USS ''Enterprise''-D]] im [[Orbit]] der [[Erde]] vollständig zu zerstören. (''[[TNG]]: "[[Angriffsziel Erde]]"''), (''; [[DS9]]: "[[Der Abgesandte, Teil I]]"'').

Im Jahr [[2373]] versucht ein weiterer Borg-Kubus, die gesamte [[Mensch]]heit zu [[Assimilation|assimilieren]], was jedoch durch die erfolgreiche [[Schlacht von Sektor 001]] unterbunden werden kann. (''"[[Star Trek: Der erste Kontakt]]"'').

Im Jahr [[2368]] versucht eine Flotte der Sternenflotte, die sich unter dem Kommando von [[Captain]] [[Jean-Luc Picard|Picard]] befindet, mit Hilfe eines [[Taychongitter]]s herauszufinden, ob das abtrünnige [[Klingone|klingonische]] [[Haus des Duras]], durch Waffenlieferungen der [[Romulaner]] unterstützt wird. Der Plan gelingt und der [[Klingonischer Bürgerkrieg|klingonische Bürgerkrieg]] kann durch diese Enthüllung schließlich beendet werden. (''[[TNG]]: "[[Der Kampf um das klingonische Reich, Teil II]]"'').

Der größte militärische Erfolg stellt eindeutig der gewonnene [[Dominion-Krieg]] dar, auch wenn die Verluste der Föderation und ihrer Verbündeten sehr hoch gewesen ist. Darunter zählen auch viele erfolgreiche militärische Operationen, wie beispielsweise die [[Operation Rückkehr]]. (''[[DS9]]: "[[Sieg oder Niederlage]]", "[[Das, was du zurückläßt, Teil II]]"'').

Trotzdem gibt es auch immer wieder zahlreiche Erfolge zu verbuchen, wie beispielsweise die erfolgreichen Annäherungsversuche des [[Romulanisches Sternenimperium|romulanischen Sternenimperiums]] im Jahr [[2379]]. (''"[[Star Trek: Nemesis]]"'').

Durch die Erlebnisse der im [[Delta-Quadrant]]en gestrandeten [[USS Voyager|USS ''Voyager'']], oder der [[Enterprise (NX-01)|''Enterprise'' (NX-01)]], gab es mehrere Blicke in die entfernte Zukunft, oder in andere Realitäten. Dadurch läßt sich erkennen, daß der Einfluß und auch die Stärke der zukünftigen Föderation immens ansteigen wird. (''[[VOY]]: "[[Zeitschiff Relativity]]"''), (''; [[ENT]]: "[[Azati Prime]]"'').

In einer [[Alternative Zeitlinie|alternativen Zeitlinie]] sind mehrere Epochen der Föderation in dem [[Temporaler Kalter Krieg|temporalen kalten Krieg]] involviert, wobei die Föderation letztlich als Sieger hervorgeht. (''[[ENT]]: "[[Azati Prime]]", "[[Stunde Null]]"'').

In einem alternativen [[26. Jahrhundert]], kämpfen mehrere Schiffe der [[Klingone]]n und der [[Sternenflotte]], erfolgreich gegen die skrupellosen [[Sphärenbauer]]. Bekannt ist dieses Ereignis als die [[Schlacht von Procyon V]]. (''[[ENT]]: "[[Azati Prime]]"'').

In einem alternativen [[24. Jahrhundert]], haben die Klingonen das [[Romulanisches Imperium|romulanische Imperium]] erobert und ihre Grenzen für die Föderation geschlossen, wobei alle Zeichen auf einen eventuellen neuen Krieg hindeuten. (''[[TNG]]: "[[Gestern, Heute, Morgen, Teil I]]" und "[[Gestern, Heute, Morgen, Teil II|Teil II]]"'').

Mehrere Einblicke in die Zukunft lassen nur einen Schluß zu: die gesamte Föderation setzt ihre friedliche Expansionspolitik weiter fort, kümmert sich verstärkt um die Überwachung der [[Zeitlinie]] und gewinnt durch die Integration des [[Klingonisches Imperium|klingonischen Reiches]] ab dem [[26. Jahrhundert]] enorm an Stärke, Bedeutung und Einfluß. (''[[VOY]]: "[[Zeitschiff Relativity]]"''), (''; [[ENT]]: "[[Azati Prime]]"'').

In einer anderen Realität gelingt es der [[USS Enterprise (NCC-1701-D)|USS ''Enterprise''-D]] nicht, den angreifenden [[Borg-Kubus]] im [[Orbit]] der [[Erde]] zu zerstören. Stattdessen wird die gesamte [[Mensch]]heit und die Föderation vollständig [[Assimilation|assimiliert]] und bilden nun einen Teil des [[Borg-Kollektiv]]s. (''[[TNG]]: "[[Parallelen]]"'').

In einer weiteren Realität haben die Menschen keine friedliche Föderation gegründet, sondern ein [[Terranisches Imperium|terranisches Imperium]] geschaffen und haben anschließend einen Großteil des [[Alpha-Quadrant]]en erobert. (''[[TOS]]: "[[Ein Parallel-Universum]]"'').

Um in die Föderation aufgenommen zu werden, muss ein [[Planet]], beziehungsweise dessen [[Rassen und Kulturen|Bevölkerung]], eine Reihe von Voraussetzungen und Bedingungen erfüllen. Die Wichtigsten sind eine geeintes Volk mit einer planetaren Regierung, außerdem muss die Kultur die Grundrechtecharta akzeptieren und bereits [[warp]]fähig sein. (''[[TNG]]: "[[Kontakte]]", "[[Erster Kontakt]]"'').