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[[Datei:DS9CrewSeason1.jpg|thumb|Die Besatzung von Deep Space Nine.]]
Die zweite Staffel begann mit einem Dreiteiler, was es bis dahin noch nie bei „Star Trek“ gegeben hatte. In der Staffel wurden, im Vergleich zur Ersten, die Hauptfiguren weiterentwickelt und es gab schon eine ganze Reihe an wiederkehrenden Nebenfiguren. Am Ende der zweiten Staffel wurde das [[Dominion]] in der Folge {{e|Der Plan des Dominion}} eingeführt. Im Gegensatz zu ''Raumschiff Enterprise: Das nächste Jahrhundert '' endete die Staffel nicht mit einem Zweiteiler, sondern eine in sich abgeschlossenen Folge.
In der dritten Staffel reagierten die Produzenten auf die Bitten der Fans und brachten Bewegung in die Serie. Zu diesem Zweck wurde das neue Raumschiff, die [[USS Defiant (NX-74205)|USS ''Defiant'' (NX-74205)]], in die Serie eingeführt. Die ''Defiant'' war ein reines Kriegsschiff und widersprach dem Konzept von Gene Roddenberrys friedlichen Universum. Mit dem Raumschiff konnten nun die Offiziere teilweise zu fremden Welten reisen, die Handlung war nicht mehr auf die Station begrenzt. Die Staffel eröffnete wieder mit einem Zweiteiler, {{e|Die Suche, Teil I}} und {{e|Die Suche, Teil II}}, in dem der Konflikt mit dem Dominion weiter ausgebaut wurde. In der abschließenden Folge der dritten Staffel wurde Sisko zum Captain befördert. Somit stand, wie in den anderen Serien zuvor, ein Captain „an der vordersten Front“.
