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Diese Option kann vom [[Captain]] und den Führungsoffizieren gewählt werden, wenn er das Schiff vor einer Kaperung unbedingt schützen will, eine gegnerische Übermacht an Bord des Schiffes ist, oder das Schiff im Gefecht kampfunfähig wurde und durch die gewaltige Menge von freiwerdender [[Energie]] bei der Selbstzerstörung ein feindliches Schiff beschädigt werden soll. In der Regel geht die Selbstzerstörung vom [[Maschinenraum]] aus.
[[2285]] nutzte Captain [[James T. Kirk]] die Selbstzerstörung für die [[USS Enterprise (NCC-1701)|USS ''Enterprise'']] im [[Orbit]] um den [[Genesis-Planet]]en, um ein [[Klingone|klingonisches]] Enterkommando zu schlagen. Da bei der Selbstzerstörung der ''Enterprise'' die Explosion vom [[Untertassensektion|Diskussegment]] und nicht von der [[Antriebssektion]] ausging, liegt die Vermutung nahe, dass Sprengsätze im Schiff verteilt sind, um eine vollständige Zerstörung zu garantieren (''"[[Star Trek III: Auf der Suche nach Mr. Spock]]"''{{Film|3}}).
Captain [[Jean-Luc Picard]] hatte [[2373]] vor, die von den [[Borg]] größtenteils [[Assimilation|assimilierte]] [[USS Enterprise (NCC-1701-E)|USS ''Enterprise''-E]] zu zerstören. Dazu kam es jedoch später nicht (''"[[Star Trek: Der erste Kontakt]]"''{{Film|8}}).
Um die Selbstzerstörungssequenz einzuleiten, ist die Genehmigung des [[Kommandant]]en und des [[Erster Offizier|Ersten Offiziers]] nötig. Statt des Ersten Offiziers kann auch die Genehmigung von zwei anderen [[Führungsoffizier]]en ausreichen. Diese müssen aber mindestens den [[Rang]] eines [[Lieutenant Commander]] bekleiden.
Um die Selbstzerstörungsequenz zu initiieren sind Sekundäre [[Kommandoprozessor]]en von nöten (''[[{{VOY]]: "[[|Der Kampf ums Dasein, Teil I]]"''}}).
== Möglichkeiten der Selbstzerstörung ==
Die primäre Variante ist der gleichzeitige Ausstoß von [[Materie]] aus dem [[Deuterium]]tank und die Deaktivierung der [[Antimaterieeindämmung]]. Das Schiff wird daraufhin aufgrund der massiven [[Materie-Antimaterie-Reaktion]] vollständig zerstört.
Sollte es nicht möglich sein, die Ausfallprozedur, welche erforderlich ist, um die Antimaterieeindämmung aufzuheben, auzuführen, so wird das sekundäre System aktiviert. Dieses besteht aus konventionellen Sprengsätzen, welche an allen Schlüsselstellen im Schiff angebracht sind. Das Raumschiff wird dann, eher aufgrund eines strukturellen Kollaps zerstört, als durch eine massive Explosion. (''"[[Star Trek III: Auf der Suche nach Mr. Spock]]"''{{Film|3}})
Auf Schiffen, welche die Fähigkeit zur [[Autoseparation|Trennung]] besitzen, wie beispielsweise die [[USS Enterprise (NCC-1701-D)|USS ''Enterprise'']], wird vor der Selbstzerstörung in der Regel eine solche durchgeführt. Nach der Abtrennung der [[Untertassensektion]] wird dann das sekundäre System zum primären System.