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[[2372]] wird Eddington Mitglied einer Widerstandszelle des [[Maquis]] in der [[Entmilitarisierte Zone|Demilitarisierten Zone]], wobei er zunächst seine Position als Sternenflottenoffizier ausnutzt und auf der Raumstation bleibt. Dort gelingt es ihm den Transport von zwölf [[Industriereplikator]]en an die [[Cardassianer]] zu umzuleiten, nachdem er die Führungsoffiziere der Station auf eine falsche Fährte gelockt hat ({{DS9|In eigener Sache}}).
Im [[2373|folgenden Jahr]] beabsichtigt Eddington, der inzwischen Anführer einer Zelle geworden ist, gegen die Cardassianer mit [[Biologische Waffe|biologischen Waffen]] zu kämpfen. Er [[Gift|vergiftet]] die [[Atmosphäre]]n der [[Kolonie]]n [[Velos Prime]] und [[Quatal Prime]]. Die [[USS Malinche|USS ''Malinche'']] unter [[Captain]] [[Sanders (Captain)|Sanders]] und USS ''Defiant'' unter Captain [[Benjamin Lafayette Sisko|Sisko]] werden losgeschickt, um dies zu verhindern. Eddington läßt lässt sich allerdings erst gefangen nehmen, nachdem Sisko auf der Maquis-Kolonie [[Solossos II]] einen [[Trilithium]]-Sprengsatz zündet, der die Bewohner zwingt die Kolonie aufzugeben ({{DS9|Für die Uniform}}).
Nur wenige Monate später erfährt die Sternenflotte von einem Versuch des Maquis [[Cardassia]] mit [[Massenvernichtungswaffe]]n anzugreifen. Um die Abschussbasis der Waffen zu finden und sie von dort aus zu zerstören holt Captain Sisko Michael Eddington aus dem [[Gefängnis]]. Zunächst widerwillig ändert dieser schnell seine Meinung und hilft Sisko die geheime Basis zu finden, die inzwischen auch schon von den [[Jem'Hadar]] infiltriert worden ist. Dort stellt sich heraus, dass es niemals einen Plan zu einem solchen Angriff auf Cardassia gegeben hat, sondern, dass er ein Deckmantel für eine Rettungsoperation gewesen ist. Eddington und Sisko finden in der Basis die letzten überlebenden Maquis-Angehörigen, darunter auch Eddingtons Frau [[Rebecca Sullivan]]. Bei der darauf folgenden Flucht opfert sich Eddington und ermöglicht es so Sisko und den Überlebenden zu fliehen.({{DS9|Glanz des Ruhms}})