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Anfangs sah sie in der Anwesenheit der [[Föderation]] im bajoranischen Raum nur ein notwendiges Übel, wandelte sich aber zu einer überzeugten Anhängerin eines Beitritts Bajors zur Föderation.
Kira unterstützte [[2375]] den von [[Legat]] [[Damar]] organisierten Widerstand gegen das [[Dominion]] und war damit nicht unbeteiligt an der Niederlage des Dominion im sogenannten [[Dominion-Krieg]]. Um aber Bajor, das eine neutrale Position im [[Dominionkrieg]] Dominion-Krieg eingenommen hatte, nicht mit in den Krieg zu ziehen, verlieh ihr das [[Sternenflottenkommando]] ein [[Offizierspatent]]. Für diese Mission erhielt sie den Rang eines [[Commander]]s.
Kira Nerys hatte während ihrer Dienstzeit auf DS9 ein Verhältnis mit [[Vedek]] [[Bareil Antos|Bareil]], einem [[Kai]]-Anwärter, und später mit [[Shakaar]], dem Premierminister von Bajor. Ab [[2375]] ist sie jedoch mit Constable [[Odo]] zusammen. Am Ende des Krieges in 2375 übernimmt sie als [[Colonel]] das Kommando über Deep Space 9. (''[[DS9]]: [[Ein Unglück kommt selten allein]]'')