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Im Dienst von Sektion 31 entwirft Khan unter anderem eine neue Art von Langstrecken-[[Torpedo]]s, mit denen ein gegnerisches Ziel aus großer Entfernung eliminiert werden kann.
Seine größte Errungenschaft aber ist der Entwurf der [[USS Vengeance|USS ''Vengeance'']], einem [[Raumschiff]] der [[Dreadnought-Klasse]], welches - anders als die meisten Föderationsraumschiffe - als reines [[Kriegsschiff]] konzipiert ist und im [[Notfall]] nur von einer Minimalbesatzung befehligt werden kann. Im absoluten Notfall sogar nur von einer Person.
Um seine Crew vor Admiral Marcus zu schützen, verbaut er ihre noch immer im Kälteschlaf verbliebenen Körper in das Innere der von ihm entworfenen Torpedos. Sein Plan wird jedoch aufgedeckt und so muss Khan fliehen.