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Als das Holoprogramm [[Rebellion Alpha]] unter der Mannschaft sehr beliebt wird, welches eine Rebellion des Maquis auf der ''Voyager'' zum Inhalt hat, spricht Janeway dies bei einem Treffen der Führungsoffiziere an. Dort offenbart sich Tuvok als Autor und empfiehlt, das Programm zu löschen, was Janeway jedoch als nicht notwendig erachtet. Durch eine von Seska verursachte Fehlfunktion geraten Tuvok und Paris in Lebensgefahr. Janeway versucht ebenfalls, das Programm umzuschreiben, um den beiden zu helfen. So lässt sie den beiden einen [[Plasmalöscher]] zukommen. Die Versuche des Programms, ihre Rettungsversuche zu kompensieren, umgeht Janeway, indem sie eine Fehlfunktion in das Phasergewehr programmiert, mit dem Seska Paris und Tuvok erschießen will. Dadurch stirbt sie und die Simulation wird beendet. Anschließend stößt Janeway im Kasino mit den Führungsoffizieren auf die erfolgreiche Rettung von Tuvok und Paris an. ({{VOY|Rebellion Alpha}})
In ihrer Freizeit spielt sie ein Holoprogramm mit Leonardo da Vinci. Sie überzeugt ihn, in seiner Werkstatt arbeiten zu dürfen. Sogleich kann sie ihm auch bei seiner Maschine helfen. Sie wird jedoch von Chakotay und Torres in den Maschinenraum gerufen. Torres und Chakotay informieren sie, dass die Borg eine ihrer Langstreckensonden assimiliert haben. Bei der anschließenden Besprechung der FÜhrungsoffizierie, informiert sie diese, das sie eine Zone entdeckt haben, die frei von Borgaktivität ist, die [[Nordwest-Passage]]. Man bereitet sich vor. Als man auf eine Borg-Armada trifft, ignoriert diese die ''Voyager''. Daraufhin lässt Janeway Kim die Armada mit den Sensoren überwachen. Sie liest unterdessen alle Aufzeichnungen aller Sternenflottencaptains, die auf die Borg getroffen sind. Bald darauf wird sie von Tuvok auf die Brücke gerufen. Die Warpsignaturen der Borg-Schiffe haben geendet. Als man dort eintrifft, entdeckt man ein Trümmerfeld der Borg. Ein Außenteam untersucht ein Wrack. Dabei werden sie jedoch von einem Mitglied von Spezies 8472 angegriffen. Dessen Schiff beschießt anschließend auch die ''Voyager'', welche jedoch entkommen kann. Durch Kes' telepathische Fähigkeiten erfährt sie von den Absichten von Spezies 8472. Sie spricht anschließend mit Chakotay. Sie ist überzeugt, eine Alternative finden zu können. Daher sucht sie in der Nacht das Holodeck auf. Dort berichtet Leonardo da Vinci, dass er manchmal die Welt um sich herum versinkt. Anschließend möchte er wissen, wieso sie zu ihm gekommen ist. Sie berichtet von ihrer Lage und der fehlenden Lösung. Seinen Vorschlag zu beten, lehnt sie ab. Allerdings bringt sie eine Relexion von Kerzenlicht an der Wand dazu, über eine Absprache mit den Borg nachzudenken. Die Führungsoffiziere stimmen dem weitestgehend zu und machen sich an die Vorbereitungen. Nachdem die anderen gegangen sind, spricht Chakotay mit ihr. Er hält dieses Vorhaben für einen Fehler. Sie nehmen dennoch Kontakt mit den Borg auf. Janeway verhandelt mit den Borg. Sie erreicht, dass sie gemeinsam eine Waffe entwickeln können. Ihre Verhandlungen werden jedoch unterbrochen, als Schiffe von Spezies 8472 angreifen und einen Planeten der Borg zerstören. Der Kubus nimmt daraufhin die ''Voyager'' mit dem Traktorstrahl ins Schlepp und flieht. ({{VOY|Skorpion, Teil I}})
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