Janeway gestattet Chakotay die Benutzung eines Shuttles, um ein für ihn wichtiges Ritual durchzuführen. Nachdem dieser von den Kazon gefangengenommen wird, setzt sie alles daran, um den Commander wiederzufinden. Als dieser schließlich auf einem Mond lokalisiert wird, beamt sie sich mit einer kleinen Gruppe hinunter und trifft dort auf die Kazon. Skeptisch akzeptiert Janeway, mit den Kazon ihnen zusammenzuarbeiten, diese wenden jedoch eine List an, um das Außenteam vorübergehend in einem Kraftfeld gefangenzuhalten, um . So können sie selbst nach den Vermissten zu suchen. Nach der Befreiung aus der Beschränkung und einer Einigung mit den Kazon gelingt es, alle den Commander sowie das Außenteam sicher an Bord der ''Voyager'' zurückzubeamen. ({{VOY|Der Namenlose}})

Die Nahrungsvorräte der ''Voyager'' neigen sich dem Ende zu und so beschließt Janeway, ein Außenteam Team auf einen kürzlich entdeckten Planeten zu entsenden. Sie bittet Paris und Neelix in ihren Bereitschaftsraum. Dort eingetroffen stellt sie mit sichtlicher Belustigung fest, dass sich die beiden offenbar kurz vorher geprügelt haben. , da sie beide mit Essen besudelt sind. Gleichzeitig befiehlt der Captain jedoch, die privaten Differenzen beiseite zu legen und , damit sich beide auf die Mission zu konzentrierenkönnen.Nachdem ein fremdes Schiff in den Orbit eintritt, um die auf dem Planeten befindliche Brut zu beschützen, versucht sie eine weitestgehend gewaltfreie Lösung zu nutzen. Kurz bevor ihr Plan aufgeht, zieht sie jedoch auch aggressivere Maßnahmen in Betracht, wie etwa den Einsatz von [[Photonentorpedo]]s ({{VOY|Der Höllenplanet}})

Einige Zeit später ist der Captain vollkommen überarbeitet. Ihre letzten freien Stunden sind Monate her und so beschließt sie, mit etwas Nachdruck des Doktors, ihren Holoroman weiterzuspielen. Kurz nach Ankunft auf dem Holodeck , passieren merkwürdige Dinge und nach Beendigung des Programms , begibt sie sich ins Kasino. Dort findet sie Gegenstände wieder, welche sie kurz zuvor noch auf dem Holodeck gesehen hat, ebenso sieht sie eine Figur aus dem Programm durch die Korridore laufen. Sie Janeway beginnt sich zu fragen, ob mehr mit ihr los ist, als einfache Überarbeitung. Sie begibt sich in ihr Quartier und wird dort kurz darauf angegriffen. Doch auch dies ist eine weitere Halluzination, denn in Wahrheit befindet sie sich bereits auf der Krankenstation. Dort beobachtet Kes, was der Captain erlebt die Erlebnisse des Captains und teilt es diese dem Doktor mit. Bevor dieser etwas unternehmen kann, wird die ''Voyager'' von den Botha angegriffen. Die gesamte Crew verfällt den Halluzinationen, ebenso Janeway, welche ihrem Verlobten begegnet. Nachdem Kes den Angreifer besiegen kann, normalisiert sich kehren die Situation Dinge wiederin ihren Normalzustand zurück. ({{VOY|Rätselhafte Visionen}})

Zehn Monate, nachdem die ''Voyager'' in den Delta-Quadranten gezogen wurde, empfängt die Crew erneut [[sporozystianische Biozeichen ]] und Janeway beschließt, dem nachzugehen. Bei den Koordinaten eingetroffen, finden sie eine kleinere Version der Station des Fürsorgers vor. Der Captain nimmt Kontakt mit den dort lebenden Ocampa auf. Diese sind anfänglich recht feindseelig eingestellt, da die Kazon den Ruf der ''Voyager'' schlecht machenin Verruf ziehen, um die Suche nach Alliierten zu erschweren. Nachdem sie jedoch feststellen, dass sich Kes an Bord des Schiffes befindet, werden sie freundlicher. Die Ocampa erklären sich bereit, das Schiff die ''Voyager'' zu [[Suspiria]] zu bringen, der ehemaligen Gefährtin des Fürsorgers. Janeway möchte nicht der Gunst dieser ausgesetzt sein und beauftragt ihre Offiziere, ein Gerät zu entwickeln, welches das Wesen kurzzeitig paralysieren kann. Bei den Koordinaten eingetroffen , bewahrheitet sich ihre Befürchtung. Nach einem Gespräch mit Suspiria, in welchem sie der Crew die Schuld am Tod ihres Gefährten gibt, wird Janeway von ihr angegriffen. Jedoch gelingt es, mit Kes' Hilfe, Suspiria außer Gefecht zu setzen.