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Nach dem Angriff auf die ''Odyssey'' ist sich die Föderation der Gefahr durch das Dominion bewusst. Auf Deep Space 9 bereiten sich die Offiziere auf eine [[Invasion]] des Dominions vor. Es finden in dieser Zeit Simulationen statt, um sich auf den Angriff des Dominions vorzubereiten. Allerdings verlaufen die Simulationen schlecht für die Station, da die Jem'Hadar bei einem Angriff auf die Station überlegen sind. Deswegen bekommt Commander Sisko für Deep Space 9 die [[USS Defiant (NX-74205)|USS ''Defiant'' (NX-74205)]] zugeteilt. Sisko hat den Auftrag Kontakt mit den [[Gründer]]n des Dominions aufzunehmen. Die ''Defiant'' ist für diese Mission mit einer [[Romulaner|romulanischen]] [[Tarnvorrichtung]] ausgestattet. Bashir begleitet Sisko mit in den Gamma-Quadranten, allerdings muss dieser vorher noch die Krankenstation an Bord der ''Defiant'' aufrüsten. Bei der Mission wird die ''Defiant'' von den [[Jem'Hadar]] angegriffen und schwer beschädigt. Bei den Kampf übernimmt Bashir die [[Conn]], aber schließlich wird die ''Defiant'' von den Jem'Hadar übernommen, nur Kira und Odo können entkommen. Auf der Brücke kämpft Bashir gegen die Jem'Hadar, doch dieser wird beim Kampf überwältigt. Die ''Defiant'' wird darauf zur [[Heimatwelt der Gründer]] gebracht. ({{DS9|Die Suche, Teil I}})
Die Gründer erzeugen für die bewusstlosen Offiziere eine Illusion, was geschehen wird, wenn das Dominion Fuß im Alpha-Quadrant fasstund die Kontrolle über Bajor übernimmt. In dieser Illusion drohen durch den Kontakt mit dem Dominion Konflikte im Alpha-Quadranten auszubrechen, unteranderem ein Krieg mit den Romulanern. In dieser Simulation versuchen verletzen die Offiziere dieses Eindringen Jem'Hadar O'Brien und Bashir muss eingreifen. Bashir versteht einfach nicht, dass die Jem'Hadar aufgrund der neuen Allianz sämtliche Gesetze der Föderation brechen dürfen. Da Sisko und die Führungsoffiziere durch die neue Allianz mit dem Dominion und deren Übernahme von Bajor eine Bedrohung sehen, beschließen diese das Wurmloch zu verhindernversiegeln. Bashir und die anderen Offiziere werden schließlich kurz darauf von Odo und Kira befreit, welche sich ebenfalls auf dem Planeten befinden, befreit und stellen fest das es sich um eine Illusion gehandelt hat. Es stellt sich schließlich heraus, dass Odos Volk die Gründer des Dominions sind. Die ''Defiant'' kehrt nach Deep Space Nine zurück. ({{DS9|Die Suche, Teil II}})
[[Datei:Dax schwer krank.jpg|thumb|left|Doktor Julian Bashir behandelt Jadzia Dax auf Trill.]]
Nach diesen Ereignissen ist die Angst vor einer Invasion des Dominions auf Deep Space 9 groß und immer mehr Personen verlassen die Station. [[Keiko O'Brien]] muss ihre [[Schule]] schließen, da kaum noch Kinder an Bord sind. Chief Miles O'Brien macht sich Sorgen um seine Frau und berät sich mit Julian Bashir über dieses Problem. O'Brien will für seine Frau ein Aboretum zu bauen, doch Bashir findet diese Idee nicht so gut, da so aus Keiko O'Briens Beruf nur ein [[Hobby]] wird. Bashir empfiehlt seinen seinem Freund, dass Keiko sie wieder ihren alten Beruf als [[Biologie|Biologin]] ausführen muss, um wieder glücklich zu sein. Der Chief hört auf den Ratschlag und Keiko seine Frau nimmt an einer [[Expedition ]] auf Bajor teil. ({{DS9|Das Haus des Quark}})
Wenige Wochen später leidet Jadzia Dax unter starken [[Halluzination]]en und sie verliert mehrmals ihr Bewusstsein. Ihre [[Isoboramin]]werte sinken und Jadzia droht daran zu sterben. Bashir tut alles um sie ihr zu rettenhelfen, aber es gelingt ihm nicht. Da Bashir Dax nicht helfen kann, bringt die ''Defiant'' Dax muss auf ihre Heimatwelt zu ihren Heimatplaneten [[Trill (Planet)|Trill]] gebracht werden, um dort behandelt . Während des Fluges zum Planeten wünscht Dax die Gesellschaft von Bashir und möchte in seinem Quartier mit Übernachten. Doch auf Trill sinken die [[Isoboramin]]werte von Dax und diese droht daran zu werdensterben. Bashir kümmert sich auch auf Trill um Dax. Es stellt sich heraus, dass es Probleme mit einen der Wirte von Dax gibt. Die Erinnerungen von [[Joran Belar]] wurden im [[Dax (Symbiont)|Dax-Symbionten]] unterdrückt. Schließlich werden die unterdrückten Erinnerungen in Dax freigesetzt und Jadzia wird gerettet. ({{DS9|Das Equilibrium}})
[[Datei:Junger Jem'Hadar.jpg|thumb|Doktor Julian Bashir, Benjamin Sisko und der junge Jem'Hadar.]]
Kurz darauf kauft Quark die Trümmerteile eines im Gamma-Quadranten abgestürzten Raumschiffs. In diesen Trümmern befindet sich ein [[Baby]]. Quark bringt das Kind zu Bashir und dieser untersucht es. Das Baby scheint zwar gesund zu sein, allerdings kann Bashir die Spezies des Babys nicht zu ordnen. Allerdings stellt Bashir fest, dass das Baby einen erhöhten Stoffwecsel hat. Das Baby entwickelt sich innerhalb von wenigen Stunden zu einem Teenager. Bashir wundert sich über die Entwicklung, aber er stellt fest, dass dies bei seiner Spezies normal zu sein scheint. Innerhalb von wenigen Stunden wächst der Junge heran und es stellt sich heraus, dass es sich um einen Jem'Hadar handelt. Dieser greift Bashir an, aber Odo kann ihn unter Kontrolle bringen. Die Sternenflotte wünscht die Auslieferung des Jungen, da diese so ein Jem'Hadar untersuchen kann. Doch Bashir und Odo sind dagegen und wollen nicht das der Junge als Versuchsobjekt endet. Während seiner Arbeitet findet Bashir heraus, dass die Jem'Hadar die [[Droge]] [[Ketracel-White]] zum Überleben benötigen. Odo versucht zwar inzwischen den Jem'Hadar zu zähmen, aber der Jem'Hadar will nichts anderes als kämpfen und töten. Odo sieht schließlich ein, dass er den Jem'Hadar nicht helfen kann und bringt ihn zurück zu seinem Volk. ({{DS9|Der Ausgesetzte}})
[[Datei:Sisko und Bashir auf Meridian.jpg|thumb|left|Doktor Julian Bashir, Benjamin und Sisko auf Meridian.]]
Bei der Löschung einiger Programme in der [[Erzverarbeitungsanlage]] aktiviert O'Brien aus Versehen das [[Antirebellionsprogramm]] der Cardassianer. Deep Space Nine wird durch [[Kraftfeld]]er abgesichert und Bashir und die anderen Offiziere sitzen auf der OPS fest. Als die nächste Stufe des Programms gestartet wird, droht [[Neurozingas]] in den [[Habitatring]] auszuströmen und dort alle Personen zu töten. Dax versucht dies zu verhindern und deaktiviert die [[Lebenserhaltungssystem]]e. Dabei wird sie verletzt und Bashir behandelt sie. Durch die Deaktivierung der Lebenserhaltungssysteme wird die nächste Stufe des Programms aktiviert und die [[Selbstzerstörung]] von Deep Space 9 wird eingeleitet. Als man diese versucht zu deaktivieren, wird die nächste Stufe aktiviert und die Offiziere werden von einem [[Phaser]] beschossen. Schließlich kommt Dukat an Bord und deaktiviert den Phaser. Durch Dukats Arroganz, verliert er seine Kommandocodes für Deep Space 9 und ihm gelingt es weder, die Selbstzerstörung abzuschalten, noch die Flucht. Sisko und O'Brien gelingt es schließlich die Energie, welche für die Vernichtung der Station verantwortlich ist umzuleiten und sie können so das Programm deaktivieren. ({{DS9|In der Falle}})
