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Als das Dominion [[Betazed]] erobert hat, versucht Sisko einen Weg zu finden die Romulaner mit in den Dominionkrieg einzubeziehen. Sisko versucht mit einem Trick den romulanischen [[Senator]] [[Vreenak]] zu täuschen. Für diese Täuschung benötigt Sisko auch Biomimetisches Gel für einen Handel. Dieses Gel fordert Sisko von Bashir ein. Aber Bashir weigert sich das Gel auszuliefern, da es illegal ist. Sisko befiehlt es Bashir ihm das Gel auszuliefern. Bashir liefert Sisko das Gel, aber er vermerkt dies in seinem [[Logbuch]]. Später gelingt es Sisko die Romulaner mit in den Krieg gegen das Dominion einzubeziehen. ({{DS9|In fahlem Mondlicht}})
Einige Zeit später bekommt Bashir von seinem Freund Felix das Programm [[Bashir 62]] mit [[Vic Fontaine's Lounge]] mit und der Holofigur [[Vic Fontaine]]. Bashir ist so begeistert von dem Programm, dass er es kurz darauf seinen Freunden präsentiert. ({{DS9|Auf seine Art}})
Während der [[Zeit der Abrechnung]] zwischen den Propheten und den Pah-Geistern, bemerkt Bashir die ersten Anzeichen als er sich mit seinen Freunden unterhält und die Station plötzlich erschüttert wird. Später findet der Kampf zwischen den Propheten und den Pah-Geist in den Körper von Kira und Jake Sisko auf dem Promenadendeck auf Deep Space 9 statt, aber Kai Winn hält den Kampf auf, indem sie die Station mit [[Chronotonpartikel]]n überflutet. Bashir behandelt darauf die leicht verletzte Kira und Jake Sisko. ({{DS9|Zeit der Abrechnung}})
Ende 2374 teilt Jadzia Dax Bashir und Quark mit, dass sie und Worf sich ein Baby wünschen. Als dies Bashir und Quark erfahren deprimiert sie das sehr, da die beiden noch immer die Hoffnung haben, dass die Ehe von Worf und Dax nicht lange hält. Die beiden begeben sich ins Vics und blasen dort Trübsal. Aber Vic Fontaine rät den beiden sich von Jadzia Dax zu lösen, da es keinen Sinn macht ihr nach zu rennen. Bashir bedankt sich bei Vic für den Rat. Als Dax später erfährt, dass sie und Worf genetisch kompatibel sind und ein Baby bekommen können, bedankt sie sich bei Bashir für alles und das er ein guter Freund ist. Später befindet sie sich im bajoranischen Tempel, als sie plötzlich, von dem mit einem Pah-Geist besessenen Dukat, angegriffen wird. Dukat verletzt sie schwer. Bashir gelingt es zwar den Dax-Symbionten zu retten, aber Jadzia stirbt aufgrund ihrer schweren Verletzungen. ({{DS9|Tränen der Propheten}})
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[[Bild:Zu Ehren von Dax.jpg|thumb|left|Julian Bashir, Miles O'Brien und Quark ziehen für Jadzia Dax in den Kampf.]]
