Als Testpilot im [[NX-Programm]] fliegt er die [[Prototyp]]en ''[[NX-Alpha]]'' und ''[[NX-Beta]]'', wobei er immerhin schon Warp 2,5 erreicht. In dieser Zeit lernt er auch [[Charles Tucker III|Charles Tucker]] kennen. ({{ENT|Erstflug}})
Einmal begleitet Archer die Vulkanier bei einer Mission an Bord der [[Yarahla|''Yarahla'']] unter dem Kommando von Captain Tok. Er hilft bei der Erforschung eines [[Dunkle-Materie-Nebel]]. Archer ist während dieser Mission von der Technologie der Vulkanier beeindruckt insbesonders iher Raumanzüge. ({{ENT|Das Eis bricht}})
Während des [[Omega-Training]]s befinden sich Archer und Tucker auf [[Titan (Mond)|Titan]]. Dort versagt Tuckers [[Raumanzug]] und ihm droht eine [[Stickstoff]]vergiftung. In seiner Panik will Tucker seinen Helm abnehmen. Aber Archer [[Befehl|befiehlt]] ihm den Helm aufzubehalten, Tucker vertraut Archer und nimmt den Helm nicht ab, somit wird sein Leben gerettet. ({{ENT|Geistergeschichten|In guter Hoffnung}})
Im Jahr [[2150]] wird Archer zum [[Captain]] des ersten Erdenschiffes mit [[Warp-5-Antrieb]], der [[Enterprise (NX-01)|''Enterprise'' (NX-01)]], ernannt. Somit setzt er sich gegen [[A.G. Robinson]] als kommandierender Offizier durch. Der Stapellauf des Schiffes findet ein Jahr später statt. ({{ENT|Erstflug}})
Nach der Befreiung fliegen sie nach Qo'noS, damit die Botschaft von Sarin übergeben werden kann. Archer bedankt sich bei T'Pol und bittet sie, dauerhaft an Bord der ''Enterprise'' zu bleiben. Der Subcommander bleibt also als Wissenschafts- und als [[Erster Offizier]] an Bord des Schiffes. ({{ENT|Aufbruch ins Unbekannte, Teil II}})
Wenige Wochen später Während der nächsten Tage werden die [[Waffensystem]]e an Bord der ''Enterprise''modifiziert, um die Zielgenauigkeit der [[Waffe]]n zu erhöhen. Doch die [[Zielerfassung]]ssysteme der [[Fusionstorpedo]] sind noch nicht richtig ausgerichtet und einer der Torpedos steuert sogar wieder auf die ''Enterprise'' zu. Reed lässt den Torpedo detonieren und arbeitet weiter an der Zielerfassung. Archer ist von diesen Ergebnissen entäuscht und lässt Reed die Waffen weiter modifizieren. Kurz darauf findet die ''Enterprise'' einen [[Axanar-Frachter]] treibend im [[Weltraum]] vor. Da niemand antwortet, fliegt Archer mit einem Außenteam zu dem Frachter. Archer leitet das Außenteam, doch dieses findet keine Überlebenden vor. Da die Crew des Frachters ermordet worden ist, will Archer Kontakt mit den [[Axanar]] aufnehmen, doch T'Pol warnt Archer davor, dass die Fremden, welche das Massaker auf den Frachter angerichtet haben, zurück kommen könnten. Archer kümmert sich dennoch um die Bergung der Leichen, während sich Reed weiterhin um die Zielerfassung kümmert. Plötzlich nähert sich das [[~/Schiffsklasse/ENT/1x03/1|fremde Raumschiff]], welches für den Angriff auf den Frachter verantwortlich ist und greift die ''Enterprise'' an. Doch mit ihren Waffen ist die ''Enterprise'' den Fremden unterlegen. Wenig später taucht ein weiteres Schiff der Axanar auf und Archer gelingt es es Kontakt mit den Axanar aufzunehmen. Gemeinsam mit den Axanar und den nun ausgerichteten Waffen kann die ''Enterprise'' das Schiff der Fremden vernichten. Nach dem Kampf nimmt nimmt Archer erfolgreich Kontakt mit den Axanar auf. ({{ENT|Freund oder Feind}}) Einige Zeit darauf später entdeckt die ''Enterprise'' einen [[Archer IV|fremden Planeten]] der [[Klasse M]]. T'Pol empfiehlt Archer, den Planeten mit [[Sonde]]n zu erforschen, aber der Captain will den Planeten lieber persönlich erkunden. Archer leitet diese Außenmission. Tucker macht auf der Oberfläche ein [[Foto]] vom Außenteam und obwohl T'Pol dies für Zeitverschwendung hält, gefällt Archer diese Idee. Als es Abend wird, beschließt T'Pol zusammen mit den [[Crewman|Crewmen]] [[Elizabeth Cutler]] und [[Ethan Novakovich]] auf der Oberfläche zu bleiben, um die Arbeit fortzusetzen. Auch Commander Tucker und [[Ensign]] [[Travis Mayweather]] wollen auf dem Planeten bleiben. Das Team verbringt die Nacht am [[Lagerfeuer]], als plötzlich ein [[Sturm]] ausbricht. Durch den Sturm werden [[Fortpflanzung|Pollen]], welche [[Tropolisin]] - eine psychotrope [[Substanz]] - beinhalten, verbreitet. Durch die Wirkung der Pollen beginnen die Menschen an [[Halluzination]]en zu leiden. Inzwischen versuchen Archer und [[Malcolm Reed]] das Außenteam mit einer [[Fähre]] von der Oberfläche zu retten, doch der Sturm ist zu stark und die Fähre kann nicht landen. Inzwischen glaubt Tucker an eine [[Verschwörung]] zwischen T'Pol und einer fremden [[Spezies]]. Nur sie scheint gegen die Wirkung der Pollen immun zu sein. In einer [[Höhle]] droht Tucker schließlich damit, sie zu erschießen. Der Subcommander nimmt Kontakt mit der ''Enterprise'' auf und [[bericht]]et von ihrer misslichen Lage. Schließlich schafft Archer es, Tucker so lange abzulenken, dass der Subcommander ihn mit einer [[Phasenpistole]] betäuben kann. Als sich der Sturm gelegt hat, wird das Außenteam gerettet. ({{ENT|Geistergeschichten}}) Kurz darauf kommt es zu starken Systemausfällen an Bord der ''Enterprise''. Archer bekommt dies zu spüren als die [[künstliche Schwerkraft]] beim duschen ausfällt. Archer schwebt in der Dusche und als die künstliche Schwerkraft ausfällt, stürzt Archer in der [[Dusche]]. Später stellt sich heraus, dass ein Schiff der [[Xyrillianer]], welches [[Tarnvorrichtung|getarnt]] sich in der nähe des Antriebes der ''Enterprise'' befindet, für die Ausfälle an Bord der ''Enterprise'' verantwortlich sind. Als Archer das beschädigte Schiff der Xyrillianer entdeckt bietet er seine Hilfe an und schickt Tucker an Bord, damit er bei der Repartur mit hilft. Tucker hat an Bord des Schiffes Kontakt mit einer Xyrillianerin und wird dort ohne zu ahnen [[Schwangerschaft|schwanger]]. Als Phlox die Schwangerschaft an Tucker fest stellt, beginnt Archer sofort mit der Suche nach dem Schiff. Doch das Schiff befindet sich in der Nähe eines klingonischen Schiffes. Um die Klingonen friedfertig zu stimmen, erzählt T'Pol die glorreiche Geschichte, wie Archer Klaang gerettet hat. Die Klingonen lassen daraufhin die Xyrillianer frei und der [[Embryo]] kann aus Tucker entfernt werden. ({{ENT|In guter Hoffnung}}) Als die ''Enterprise'' kurz darauf den Planeten [[Terra Nova]] erreicht, begibt sich Archer mit einem Außenteam auf die Oberfläche. Auf der Oberfläche wird das Außenteam von den Nachfahren der Kolonisten angegriffen, welche sich nun [[Novaner]] nennen. Reed wird dabei von den Novanern entführt und gefangen gehalten. Die Novaner machen die Menschen für einen Angriff verantwortlich, welcher die Oberfläche verseucht und die meisten Kolonisten getötet hat. Archer versucht nun alles um über die Freilassung von Reed zu verhandeln. Allerdings stellt T'Pol fest, dass ein [[Asteroid]] auf den Planeten eingeschlagen und für diese [[Strahlung]] verantwortlich ist. Archer kann den Novanern beweisen, dass die Menschen nicht für diesen Angriff verantwortlich sind und nachdem Archer unter eigener Lebensgefahr geholfen hat einen Novaner das Leben zu retten, beginnen die Novaner den Menschen wieder zu vertrauen. Diese lassen darauf Reed wieder frei. ({{ENT|Terra Nova}}) Als die ''Enterprise'' wenig später das vulkanische [[Kloster von P'Jem]] erreicht, plant Archer eine Besichtigung der heiligen Stätte. T'Pol weist das Team zunächst darin ein, dass sich die [[Mönch]]e möglicherweise im [[Kolinahr]] befinden und nicht gestört werden wollen. T'Pol bittet Archer, das Kloster zu meiden, da sie Angst hat, dass die Menschen diesen heiligen Ort entweihen und sie vor ihrem Volk blamieren. Doch Archer lässt sich davon nicht abbringen und besucht zusammen mit Tucker und T'Pol das Kloster. Allerdings befindet sich zeitgleich ein Trupp [[Andorianer]] unter der Führung von [[Thy'lek Shran]] im Kloster, um nach einem versteckten [[Horchposten]] zu suchen. Im Kloster werden Archer, T'Pol und Tucker schließlich von den Andorianern gefangen genommen und [[verhör]]t. Shran geht bei dem Verhör mit Archer ziemlich brutal vor. Doch Archer hat keine Ahnung von dem Horchposten und kann Shran keine Auskunft über den Horchposten geben. Dies verärgert Shran noch mehr und er verprügelt Archer. Als es nachts kalt wird, will sich Archer mit T'Pol eine [[Decke]] teilen, doch T'Pol zieht die Kälte dem menschlichen Geruch vor. Doch später nimmt sie das Angebot von Archer an. Inzwischen gelingt es Tucker heimlich Kontakt mit der ''Enterprise'' aufzunehmen und Reed bereitet einen Rettungseinsatz vor. Damit Reed seine Rettungsmission durchführen kann muss Archer Shran ablenken. Dies führt zu einem weiteren schmerzhaften Verhör. Reed gelingt es während der Ablenkung von Archer mit einem Sicherheitsteam ins Kloster zu beamen. Das Sicherheitsteam kann die Andorianer außer Gefecht setzen, doch Shran kann entkommen. Während Archer und T'Pol Shran verfolgen, entdecken sie unter dem Kloster den versteckten Horchposten der Vulkanier. Archer befiehlt darauf T'Pol, die Anlage zu scannen und auch Fotos davon zu machen. Schließlich übergibt Archer den Scanner an Shran, welcher nun in der Schuld von Archer steht. ({{ENT|Doppeltes Spiel}}) Einige Zeit später entdeckt die ''Enterprise'' einen [[Komet]]en und Mayweather schlägt vor diesen Kometen [[Archer-Komet]] zu nennen. Zu dieser Zeit nähert sich das vulkanische Raumschiff [[Ti'Mur|''Ti'Mur'']]. Doch Archer ist gegenüber dem vulkanischen Captain [[Vanik]] misstrauisch. Zu der Zeit erhält T'Pol eine verschlüsselte Botschaft von der ''Ti'Mur''. Da Archer nun die heimliche Überwachung von Vanik vermutet, lässt er den [[Brief]] von Commander Tucker entschlüsseln. Dieser stellt fest, dass es sich um einen privaten [[Brief]] an T'Pol handelt. Zur selben Zeit schickt Archer eine Aufzeichnung über die Abenteuer der ''Enterprise'' an die [[Worley-Grundschule]]. Archer und seine Crew berichten in diesem Bericht den Kindern auf der Erde was sie bisher erlebeten. Später will Archer herausfinden, was Vanik will und er lädt darauf diesen zu einem Essen ein. Doch die Einladung von Vanik geht nach hinten los. Archer ist so über Vaniks Arroganz verärgert, dass er diesen wieder von Bord bringen lässt. Inzwischen begeben sich Reed und Mayweather mit einer Fähre auf die Oberfläche des Kometen, um dort einige Proben zu sammeln. Doch es kommt zu einem Unfall und die Fähre mit Reed und Mayweather sitzt in einer [[Eis]]spalte auf dem Kometen fest. Jeder Rettungsversuch der ''Enterprise'' scheitert. Vanik bietet darauf seine Hilfe an, doch Archer will diese nicht annehmen. Doch T'Pol überzeugt Archer davon, Vaniks Hilfe anzunehmen und darauf wird die Fähre aus der Eisspalte befreit. ({{ENT|Das Eis bricht}})
=== 2152 ===
[[Henry Archer]] ist der führende Ingenieur des Warp-5-Programms und der Hauptentwickler des ersten Warp-5-Antriebes der Erdsternenflotte und ist der Vater von Jonathan Archer.
Der junge Archer bewundert seine vater Vater für seine Leistung bei der Antriebsforschung, doch er macht den Vulkaniern schwere Vorwürfe dafür, dass diese die Arbeit seines Vaters behindern. ({{ENT|Aufbruch ins Unbekannte, Teil I}})
Jonthan Archer hegt auch noch Jahre nach dem Tod seines Vater einen Groll gegen die Vulkanier, da er sie dafür Verantwortlich macht, dass sein Vater niemals den Erfolg seiner Arbeit erleben konnte. ({{ENT|Aufbruch ins Unbekannte, Teil I}})
=== Liebesbeziehungen ===
=== Hobbys ===
==== Wasserball ====
Jonathan Archer ist ein großer Fann des [[Wasserball]]s. Er bedauert, dass er keinen Pool an Bord der Enterprise hat, um dort Wasserball zu spielen. ({{ENT|Geistergeschichten}})
== Alternative Leben ==
=== Alternative Zeitlinie ===