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Zu Beginn der Fünf-Jahres-Mission entdeckt die ''Enterprise'' eine [[Unfallboje]] der vor 200 Jahren verschollenen [[SS Valiant|SS ''Valiant'']]. Um herauszufinden, was mit der ''Valiant'' geschehen ist, folgt die ''Enterprise'' dem Kurs der Boje. Die ''Enterprise'' durchfliegt auf diesem Kurs die [[galaktische Barriere]]. Durch die [[Strahlung]] der Barriere entwickeln sich bei Kirks Freund Mitchell, aufgrund seiner hohen [[ESP|ESP-Werte]], übermenschliche Kräfte. Zeitgleich wird die ''Enterprise'' durch den Einfluss der Barriere schwer beschädigt und der [[Warpantrieb]] fällt aus. Um die Schäden zu reparieren fliegt Kirk mit dem Schiff zum Planeten [[Delta Vega]], um dort die technologische Einrichtung der automatischen [[Lithium-Spaltstation]] zu nutzen. In der Zwischenzeit wird Mitchell immer mächtiger und [[Spock]] rät Kirk, Mitchell auf dem verlassenen Planeten auszusetzen. Doch Kirk weigert sich Spocks Rat zu folgen. Da Mitchell weiterhin stärker wird und nun auch Kirk bedroht, ist Kirk gezwungen seinen Freund zu betäuben und auf die Planetenoberfläche zu [[beamen]]. In der Lithium-Spaltstation wird Mitchell in eine [[Arrestzelle]] gesperrt und Kirk erkundigt sich bei [[Lee Kelso]], ob er im Notfall die Anlage sprengen kann, falls Mitchell weiter stärker wird. Spock versucht weiterhin Kirk zu überzeugen, dass er Mitchell töten muss, da Mitchell durch seine Kräfte zu einer großen Bedrohung wird. Mit Hilfe seiner Kräfte tötet Mitchell inzwischen seinen Kollegen Kelso und er setzt Kirk und Spock außer Gefecht. Darauf flieht Mitchell aus seiner Arrestzelle und ihm gelingt es [[Elizabeth Dehner]], welche in der Zwischenzeit die gleichen Kräfte wie er entwickelt hat, davon zu überzeugen ihm zu folgen. Als Kirk sein Bewusstsein wieder erlangt, erkennt er, dass Spock die ganze Zeit recht gehabt hat und begibt ich schweren Herzens auf die Suche, um seinen ehemaligen Freund zu töten. Doch Mitchell bemerkt schnell Kirks Erscheinen und greift diesen an. Selbst mit seinem [[Phasergewehr]] kann Kirk nichts gegen Mitchell ausrichten und Mitchell hält sich inzwischen aufgrund seiner Macht für einen [[Gott]]. Mitchell will nun endgültig Kirk töten und bereitet sogar ein [[Grab]] für ihn vor, in dem Kirk sterben soll. Doch durch das Verhalten von Mitchell erkennt nun auch Dehner, wie gefährlich diese gottgleiche Macht ist und sie greift Mitchell an. Ihr gelingt es Mitchell zu schwächen und bei einem Kampf mit Kirk fällt Mitchell in das Grab, welches er für Kirk geschaffen hat. Langsam erholt sich Mitchell wieder und er will nun Kirk endgültig vernichten. Kirk gelingt es jedoch im letzten Moment auf einen Felsen über dem Grab zu feuern und von diesem wird Mitchell zerquetscht. Nach dem Kampf stirbt auch Dehner, da der Kampf mit Mitchell sie zu sehr geschwächt hat. Wieder an Bord der ''Enterprise'' denkt Kirk über seinen Freund nach, den er nun verloren hat. ({{TOS|Die Spitze des Eisberges}})
Ende 2265 kommen sich will Kirk wissen, wie der Zentralnervensystemmanipulatior funktioniert und läßt sich von [[Doktor]] [[Helen Noel]] (Der Name aus dem Griechischen übersetzt heißt übrigen "Schöne Weihnachten") suggerieren, daß sie sich auf einer [[Weihnachten|Weihnachtsfeier]] etwas näher. Kirk ist dies im nachhinein peinlich und er versucht den Kontakt mit ihr zu vermeidennäherkommen. ({{TOS|Der Zentralnervensystemmanipulator}})
=== 2266 ===
=== Flaggoffizier ===
[[Datei:Decker trifft auf Kirk.jpg|thumb|left|Kirk übernimmt von Decker das Kommando.]]
Nach der Rückkehr der ''Enterprise'' von ihrer Fünf-Jahres-Mission und den weiteren Missionen in "The Animated Series) im Jahr 2270 wird Kirk zum [[Rear Admiral]] befördert und er wird [[Chef der Einsatzplanung]], während die ''Enterprise'', nun auf Vorschlag von Kirk unter dem Kommando von [[Willard Decker]], im [[Raumdock]] umgerüstet wird. ({{Film|1}})
[[2273]] dringt eine unbekannte Wolke in das Gebiet der Föderation ein und fliegt direkt auf die Erde zu. Nachdem eine klingonische Flotte ausgelöscht worden ist, sieht die Sternenflotte eine Bedrohung in dieser Wolke. Die Sternenflotte will die neu aufgerüstete ''Enterprise'' zu dieser Wolke raus schicken, damit die Besatzung diese untersucht. Da Kirk die meiste Erfahrung mit der ''Enterprise'' hat, wird bekommt dieser von Admiral [[Nogura]] wieder zum Captain ernannt, damit er das Kommando über die ''Enterprise'' übernehmen kann. Kirk wird von seiner alten Crew wieder freundlich empfangen, aber er holt sich auch neue Crewmitglieder, darunter Commander [[Sonak]] hinzu, die er für seine Mission benötigt. Captain Decker, welcher bisher das Kommando gehabt hat, ist damit aber nicht einverstanden, da Kirk keine Erfahrung mit der neu umgerüsteten ''Enterprise'' hat. Trotzdem muss Decker die vorübergehende Zurückstufung zum Commander akzeptieren. Nachdem Sonak bei einem Transporterunfall ums Leben gekommen ist, bittet Kirk, dass Decker den Posten als Wissenschaftsoffizier übernimmt und Decker tut dies. Kurz bevor die ''Enterprise'' das Dock verlässt, holt Kirk noch seinen Freund McCoy in den aktiven Dienst zurück, da Kirk die Ratschläge seines Schiffsarztes benötigt.
[[Datei:Brücke der Enterprise 2273.jpg|thumb|Kirk wieder als Kommandant der ''Enterprise''.]]
[[Datei:Kirk modifiziert den Deflektor.jpg|thumb|left|Kirk im Deflektorraum.]]
Da Harriman nicht weiter weiß, fragt dieser Kirk um Rat und Kirk empfiehlt sofort in die Energieverzerrung rein zu fliegen und so viele Überlebende wie möglich an Bord zu beamen. Die ''Enterprise'' fliegt darauf in die Verzerrung und es gelingt einige überlebende El-Aurianer an Bord zu beamen (darunter auch die aus TNG bekannte Guinan), bevor die Schiffe explodieren. Doch nun ist auch die ''Enterprise'' in den Ausläufen des Nexus gefangen. Da Harriman sich wieder nicht zu helfen weiß, fragt dieser Kirk wieder um Rat und Kirk empfiehlt mit einem Torpedo ein Loch in die Verzerrung zu schießen, doch es sind noch keine Torpedos installiert. Kirk empfiehlt nun den [[Deflektor]] zu modifizieren und Harriman will dies sofort tun. Doch da Harriman der Captain ist ist nach Kirks Meinung sein Platz auf der Brücke und Kirk führt die Modifizierung selbst durch. Mit dieser Modifizierung kann sich die ''Enterprise'' aus der Verzerrung befreien. Aber ein Ausläufer des Nexus trifft das Schiff und reißt ein Loch in die Hülle und auch der [[Deflektorraum]] in dem sich Kirk befindet ist davon betroffen. Als Scott und Chekov sich in den Deflektorraum begeben, um nach Kirk zu suchen, finden sie den beschädigten Raum leer vor. Kirk ist ins All gezogen worden und wird darauf von der Sternenflotte für tot erklärt.
[[Datei:Kirk und Picard im Nexus.jpg|thumb|Kirk und Picard im Nexus.]]