Kurz nach seinem zweitem Rücktritt, begleitete Kirk seine Freunde [[Montgomery Scott]] und [[Pavel Chekov]] als Ehrengäste auf der Jungfernfahrt des [[Excelsior Klasse|''Excelsior'' Klasse]] Raumschiffs [[USS Enterprise (NCC-1701-B)|USS ''Enterprise'' (NCC-1701-B)]] im Jahre [[2293]]. Die Reise war nicht viel mehr als eine zeremonielle Fahrt; die ''Enterprise''-B war weder voll ausgestattet noch bemannt. Während der Reise empfing das Schiff einen Notruf von zwei [[El-Aurian]] ischen Flüchtlingsschiffen, die in einer Energieverzerrung namens [[Nexus]] gefangen waren.

Die ''Enterprise''-B reagierte auf den Notruf und während des Rettungsversuches verschwand Kirk, während als er versuchte , Änderungen an den Deflektorsystemen vorzunehmen, die es dem Schiff ermöglichen würden, der Energieverzerrung zu entkommen. Obwohl Kirk in dieser Realität tatsächlich tot war, wurde später endeckt, dass er in Wirklichkeit im Nexus verschwunden war, welcher sich als temporale Anomalie heraustellte. Er blieb im Nexus bis [[2371]], als er zustimmte die Anomalie zu verlassen um seinem nachfolgendem ''Enterprise '' Captain [[Jean-Luc Picard]] zu helfen, den geisteskranken Wissenschafter Dr. [[Tolian Soran]] daran zu hindern, das [[Veridian System]] zu zerstören. Kirk war erfolgreich darin, die [[Veridianer]] zu retten, aber sein heldenhafter Versuch kostete Kirk das ihm sein Leben durch die Hand von Soran. James T. Kirk ist in einem simplen Steinhaufen auf der Spitze eines Berges auf dem Planeten [[Veridian III]] begraben. (''"[[Star Trek: Treffen der Generationen]]")