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Die nachhaltige Bekanntheit seiner Rolle war nicht nur positiv, er bekam wenig ernsthafte Filmangebote und kann so nur vergleichsweise wenige Gastollen und Filme aufweisen, von Star Trek abgesehen. Diese Lage verbesserte sich erst ab den 1980ern. Als Sprachtalent ist er aber auch häufig in Star Trek Produkten zu hören, so sprach er bei vielen Videospielen und natürlich bei der [[TAS|animierten Serie]] einige Rollen.
James Doohan war dreimal verheiratet, seine dritte Frau Wende ist bei der [[Hochzeit ]] gerade erst 18, während Doohan 54 Jahre alt war. Am 11. April 2000 kam sein letztes und jüngstes Kind Sarah zur Welt. Im Oktober 2004 enthüllte er im Kreise weiterer Star Trek Darsteller seinen Stern auf dem "Hollywood Walk of Fame". Zu der Zeit war bereits bekannt, dass Doohan an Alzheimer leidet, daneben auch an Begleitkrankheiten wie Parkinson, Diabetes und Lungenfibrose. Nach 2004 hatte er sich aus der Öffentlichkeit zurückgezogen.
Er starb im Sommer 2005 im Kreis seiner Familien an den Folgen einer Lungenentzündung. Er hinterlässt seine Frau, eine fünfjährige Tochter, sechs erwachsene Kinder und zahlreiche Enkel und Urenkel. Seine Asche soll von der Houston's Space Service's, Inc. in den Weltraum geschossen werden, wie es bereits bei Gene Roddenberry getan wurde.