Als schließlich [[2373]] der [[Dominion-Krieg]] ausbricht, vermint die [[Sternenflotte]] das [[Bajoranisches Wurmloch|bajoranische Wurmloch]], wodurch die weibliche Gründerin im [[Alpha-Quadrant]]en gefangen ist. Nachdem sie gezwungen ist, mehrere Monate unter den [[Solid]]s zu leben zu müssen, wird ihr schließlich bewusst, wie sehr sie die [[Große Verbindung|große Verbindung]] benötigt. Als es dem [[Dominion]] schließlich gelingt, die [[Raumstation]] [[Deep Space 9]] in ihren Besitz zu bringen, trifft sie auch wieder auf [[Odo]]. Da er wieder fähig ist , seine Form zu ändern, verbringen beide viel Zeit miteinander und vereinigen sich auch mehrmals. Dadurch entwickelt sich in [[Odo]] ein neues Verständnis für sein [[Gründer|Volk]]. ({{DS9|Hinter der Linie}})

Mit der Zeit entwickelt sich bei der Gründerin eine gewisse Form der Besessenheit. Der Grund dafür ist der nach wie vor verminte Eingang zum [[Wurmloch]], wodurch sich ohne die zusätzliche Verstärkung aus dem [[Gamma-Quadrant]]en, der Krieg ungewollt in die Länge zieht. So beginnt sie damit, die Tätigkeiten von [[Weyoun]] und [[Gul]] [[Dukat]] genau zu überwachen. Als das Dominion schließlich in das Territorium der [[Cardassianische Union|cardassianischen Union]] zurück gedrängt zurückgedrängt wird, fliegt die Gründerin nach [[Cardassia Prime]], wo sie ihr neues Hauptquartier aufstellt. Obwohl [[Odo]] auf Deep Space 9 bleibt, ist sie sich sicher, dass er eines Tages in die große Verbindung zurückkehren wird. ({{DS9|Sieg oder Niederlage?}})

Alle Versuche , ein geeignetes Gegenmittel zu finden, schlagen fehl. ({{DS9|Im Ungewissen}})

Während der letzten Phase der Krieges, verschlechtert sich ihr gesundheitlicher Zustand weiterhin. Kurz vor dem Ende des Krieges hat sich ihr Zustand dermaßen verschlechtert, dass sie kaum noch imstande ist, ihr Amt auszuüben. Nachdem die [[Schlacht um Cardassia]] verloren wird, lautet ihr letzter Befehl, dass die [[Jem'Hadar]] bis zum letzten Mann kämpfen sollen. Des Weiteren ordnet sie an, dass die gesamte Bevölkerung des [[Planet]]en ausgelöscht werden soll. Nachdem sie jedoch die Gefangene der [[Cardassianer|cardassianischen]] Widerstandsbewegung wird, gelingt es [[Odo]], sie durch eine erneute Vereinigung zu heilen. Dadurch ändert sie schließlich ihre Meinung und sie veranlasst die sofortige Einstellung aller Kampfhandlungen. Anschließend erklärt sie sich bereit, die Verantwortung für ihre Taten zu übernehmen. Sie wird unter [[Arrest]] gestellt. Ihre letzte offizielle Handlung ist die Unterzeichnung des Friedensvertrages auf Deep Space 9. ({{DS9|Das, was du zurückläßt, Teil I|Das, was du zurückläßt, Teil II}})