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Die ''Voyager'' und die Borg können dem Angriff von Spezies 8472 entkommen und Janeway entwickelt zusammen mit den Borg eine Waffe gegen Spezies 8472. Um mit den Borg besser zusammenarbeiten zu können, wählen die Borg einen Repräsentanten [[Seven of Nine]]. Inzwischen gelingt es dem Doktor mit Hilfe von modifizierten Nanosonden Harry Kim von der fremden DNS zu heilen. Mit diesen modifizierten Nanosonden ist auch Spezies 8472 verwundbar. Als ein weiteres [[Bioschiff]] von Spezies 8472 angreift, opfern sich die Borg, um die ''Voyager'' und die Waffe gegen Spezies 8472 zu schützen. Dabei beamen sich einige Borg darunter auch Seven of Nine an Bord der ''Voyager''. Der Doktor beginnt darauf mit der Behandlung der schwer verletzten Janeway, die durch den Angriff von Spezies 8472 verletzt worden ist. Als die Borg die Kontrolle über die ''Voyager'' übernehmen wollen, lässt Chakotay sie durch Öffnung einer Luke in den Weltraum blasen, nur Seven of Nine gelingt es an Bord zu bleiben. Später gelingt es der ''Voyager'' mit Hilfe der mit Nanosonden modifizierten Torpedos Spezies 8472 zu besiegen und die 8472 ziehen sich zurück. Seven of Nine wird vom [[Borg-Kollektiv]] getrennt und ihre menschliche Anatomie beginnt sich langsam zu regenerieren. ({{VOY|Skorpion, Teil II}})
Da Seven of Nine ihre Borgimplantate langsam abstößt, beginnt der Doktor sie zu entfernen. Währenddessen bemerkt auch Kes weitere Veränderungen an sich. Aufgrund ihres telephatischen telepathischen Kontakts mit Spezies 8472 scheinen sich diese Kräfte weiter zu entwickeln. Da Kes’ Kräfte immer stärker werden und sie sie nicht mehr kontrollieren kann, verlässt Kes die ''Voyager''. Kes beginnt sich zu einem höheren Wesen weiter zu entwickeln. Mit ihren Kräften schleudert sie die ''Voyager'' fast 10.000 Lichtjahre näher an den Alpha-Quadranten heran. Inzwischen gelingt es dem Doktor die meisten Implantate von Seven zu entfernen und sie sieht wieder fast wie ein Mensch aus. ({{VOY|Die Gabe}})
[[Datei:Der_Doktor_und_der_Isomorph_verstehen_sich_gut.JPG|thumb|Der Doktor und der Isomorph.]]
Am Ende des Jahres untersucht der Doktor, ob der [[Quanten-Slipstream-Antrieb]] schädliche Auswirkungen auf die Crew hat, doch er kann nichts vorfinden. ({{VOY|In Furcht und Hoffnung}})
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[[Datei:Der Doktor kommt aufs Holodeck.jpg|thumb|Der Doktor taucht unerwartet auf dem Holodeck auf.]]
