Während der Doktor auf dem Holodeck eine [[Oper]] singt, beginnt er plötzlich seinen Text zu vergessen. Der Doktor kann sich dies allerdings nicht erklären. Zur gleichen Zeit werden Paris und Torres auf einem Shuttle von einer fremden Spezies, die sich der [[Schwarm (Spezies)|Schwarm]] nennt, angegriffen und verletzt. Paris wird dabei schwer verletzt. Dei der Behandlung bemerkt der Doktor immer mehr Erinnerungslücken. Als der Doktor Paris operieren will, hat er vergessen, wie er diese Operation durchführen muss, doch dank der Hilfe von Kes gelingt es dem Doktor dennoch Paris erfolgreich zu operieren. Torres untersucht das Programm des Doktors und stellt fest, dass es im Programm des Doktors zu einer [[Kaskadenüberladung]] kommt, die sein Programm überlastet und beginnt seine [[Speicherkreise]] zu löschen. Um das Programm des Doktors zu retten, wäre ein kompletter Neustart des Programms nötig, allerdings würde damit der Doktor die Erfahrungen, die er in den letzten zwei Jahren gesammelt hat, verlieren. Torres versucht darauf auf Kes’ Bitten, einen anderen Weg zu finden, den Doktor zu retten. Torres aktiviert auf dem Holodeck das [[Diagnoseprogramm Alpha-11 der Jupiter-Station]], das speziell für die Wartung und Reparatur des MHNs erschaffen wurde. Doch auch dieses Programm kann dem Doktor nicht helfen und empfiehlt auch den kompletten Neustart des Programms des Doktors. Das Diagnoseprogramm untersucht weiter den Doktor, um eine Möglichkeit zu finden den Doktor zu retten. Dabei findet das Diagnoseprogramm viele unnötige Unterprogramme des Doktors, wie etwa Freundschaften zur Crew, Hobbys und Musik. Währenddessen hat sich das Programm des Doktors so zersetzt, dass er niemanden mehr wiedererkennt, und er benimmt sich wie ein Kleinkind. Schließlich finden Kes und das Diagnoseprogramm eine gemeinsame Lösung, um den Doktor zu retten. Da das Diagnoseprogramm die selbe dieselbe [[Holomatrix]] wie der Doktor hat, will Kes die Matrix des Diagnoseprogramms in die Matrix des Doktors transplantieren. Durch die [[Transplantation]] der Matrix des Diagnoseprogramms in die des Doktors geht zwar das Diagnoseprogramm verloren, aber der Doktor kann gerettet werden. Der Doktor wird wieder aktiviert und muss langsam beginnen seine Erinnerungen zu sammeln. ({{VOY|Der Schwarm}})

Bei der jährlichen Untersuchung, die der Doktor nun mit der Holokamera durchführt, stellt er fest, dass er an Kim eine Operation durchgeführt hat, an die er sich nicht erinnern kann. Auch Kim kann sich nicht an diese Operation erinnern. Der Doktor meldet es später Janeway, aber die hat momentan keine Zeit. Später bittet er Seven, dass sie ihm hilft herauszufinden wer Kim operiert hat. Als sich Seven später beim Doktor meldet, kann er sich nicht erinnern sie um so etwas gebeten zu haben. Seven findet heraus, dass die Erinnerungen des Doktors gelöscht worden sind. Bei weiteren Untersuchungen finden sie heraus, dass Erinnerungen des Doktors über Ereignisse vor 18 Monaten manipuliert worden sind. Seven of Nine gelingt es die Erinnerungen teilweise wieder herzustellen und der Doktor beginnt sich an einen unbekannten Fähnrich und eine fremde Spezies zu erinnern. Darauf teilt der Doktor dies Janeway und Tuvok mit, die beiden versprechen, dass sie sich darum kümmern werden, und der Doktor soll sich auf die Krankenstation begeben. Da der Doktor wieder fürchtet, dass seine Erinnerungen gelöscht werden, speichert er sie heimlich und er aktiviert die Holokamera, damit er herausfindet, wer dafür verantwortlich ist. Nachdem der Doktor sich wieder aktiviert, bemerkt er, dass seine Erinnerungen wieder gelöscht worden sind, doch er kann sie reaktivieren.Anhand des geschossenen Fotos erkennt er, dass Janeway seine Erinnerungen gelöscht hat. Er stellt sie deshalb zu Rede, doch Janeway erklärt, dass dies zum Wohl des Doktors geschehe. Der Doktor soll sich wieder auf die Krankenstation begeben, um dort wieder umprogrammiert zu werden. Der Doktor versteht nicht, warum die anderen Crewmitglieder ihm das antun. Doch Seven of Nine setzt sich bei Janeway für den Doktor ein, damit er nicht umprogrammiert wird. Janeway erklärt darauf dem Doktor, dass er sich vor 18 Monaten bei einer Operation zwischen der Rettung von Harry Kim und Ahni Jetal hat entscheiden müssen. Kim hat die Operation überlebt, aber Jetal ist gestorben. Deshalb hat sich der Doktor schwere vorwürfe gemacht und sein Programm geriet sogar in eine Feedback-Schleife. Nur eine Löschung der Erinnerung konnte ihn damals retten. Doch nachdem der Doktor die Wahrheit erfahren hat, gerät sein Programm wieder in die selbe dieselbe Feedback-Schleife. Aber nach einen weiteren Gespräch mit Seven of Nine ist Janeway dafür, dass der Doktor seine damalige Entscheidung verarbeiten darf. In den nächsten zwei Wochen ist immer ein Crewmitglied in der Nähe des Doktors, das ihm hilft diese Erinnerung und die Feedback-Schleife zu verarbeiten. So soll der Doktor die Möglichkeit bekommen sich weiter zu entwickeln. ({{VOY|Verborgene Bilder}})