Nach der [[Scheidung]] von seiner [[Ehe]]frau, entschließt sich McCoy im Jahr [[2255]] zur [[Sternenflottenakademie]] zu gehen. Als sein Freund James Tiberius Kirk bei einem Sternenflottentest schummelt, impft McCoy ihn damit Kirk trotz seines Hausarrestes auf der Enterprise mitfliegen kann. Unter dem Kommando von Captain Spock wird er, nach dem im Kampf gegen Nero der 1. medizinische Offizier gefallen ist, zum Chefarzt ernannt. Er ist gegen die Entscheidung Spocks, Kirk auf Delta Vega auszusetzen. Später dient er als [[Chefarzt]] unter dem jungen [[Captain]] [[James Tiberius Kirk (Neue Zeitlinie)|James T. Kirk]] auf der [[USS Enterprise (Neue Zeitlinie)|USS ''Enterprise'' (NCC-1701)]].({{film|11}})

McCoy kennt Kirk jetzt seit drei Jahren und ist von seiner Idee, nachdem er schon zwei Mal durch den [[Kobayashi-Maru-Test]] geflogen ist, diesen ein drittes Mal zu machen, nicht begeistert und erklärt seinem Freund, dass noch niemand diesen Test geschafft hat. Kirk ignoriert den Einwand lächelnd und meint nur, dass er jetzt noch lernen müsste, was McCoy mit einen Kommentar ab tut, da er weiß, das Kirk niemals lernt.

Am nächsten Tag sitzt er zusammen mit der Übungscrew im Simulator und gibt (genervt) die Ankunft mehrer klingonischer Warbirds weiter. Als Krik erwidert, dass dies kein Problem darstellt, tauchen noch mehr Warbirds auf. Da Kirk in diesem Moment aber noch keine Befehle, weder zur Flucht, noch zum Angriff, gibt, fragt McCoy fassungslos warum er so ruhig bleiben kann. Dann plötzlich fällt der Strom aus. Danach sind die Warbirds ohne Schutzschilde und somit wehrlos.  

Nach der Anhörung, die damit endet, dass sämtliche Kadetten und Offiziere zu den Schuttlerampen gerufen werden; erfährt McCoy, dass er auf die Enterprise versetzt wurde. Auf den Weg zum Shuttle trifft er auf Kirk, der wegen der Manipulation und des noch nicht geklärten Falles zu Stubenarrest verdonnert wurde.

<br/>Um ihn auf ein Schiff zu bekommen, verabreicht ihn McCoy einen Impfstoff, damit Kirk die Symptome der Krankheit aufweißt und als medizinischer Notfall zählt. Diese List funktioniert, wobei McCoy Kirk auf der Enterprise angekommen mit einen Beruhigungsmittel außer Gefecht setzt.

Während der schiffsweiten Übertragung mit den Parametern der Mission schreckt Kirk auf und wird von den Nebenwirkungen des Impfstoffes gequält. McCoy versucht ihn zu behandeln, da Kirk aber gleichzeitig versuch das Schiff zu retten (da dieses in eine Falle fliegt), gestaltet sich dies sehr schwierig.  

Wenig später greift Nero die Enterprise doch an, wodurch der eigentliche medizinische Oberoffizier des Schiffes getötet wird und McCoy diese Position erhält. Durch das allgemeine Chaos erfährt er erst spät von davon, das Kirk vom Schiff geworfen und auf den Planeten [[Delta Vega (Neue Zeitlinie)|Delta Vega]] ausgesetzt wurde. Allgemein ist er mit Spocks Einstellung unzufrieden und irritiert, da Spock seinen Planeten und seine Mutter verloren hat, aber kaum Emotionen zeigt. Er macht sich für seinen Freund stark, stößt aber auf taube Ohren, was ihn noch mehr irritiert und aufwühlt.

Nachdem man Kirk, der auf ungeklärte Weise im Maschinenraum aufgetaucht war, zusammen mit einem weiteren Offizier auf die Brücke bringt, beobachtet McCoy mit der restlichen Brückencrew, wie Kirk Spock so lange provoziert, bis dieser ausrastet und nach einer epischen Schlägerei sein Amt niederlegt. Fassungslos blickt McCoy auf seinen Freund und fährt ihn an, dass er, was auch immer er machen wollte, geschafft hat. Die Enterprise hat nun weder einen Captain, noch einen Ersten Offizier um ihn zu ersetzen. Doch Kirk setzt sich, demoliert aber lächelnd, in den Captain's Stuhl, worauf Sulu die perplexen Leute darüber aufklärt, dass Pike ihn kurz vor dem Start des Shuttles zum Ersten Offizier gemacht hat. McCoy ist anfangs sprachlos, fängt sich aber schnell wieder.

<br/>Kurz darauf werden er und Kirk von Ensign [[Pavel_Andreievich_Chekov_(Neue_Zeitlinie)|Chekov]] auf eine Möglichkeit angesprochen, wie sie unentdeckt von Nero zur Erde gelangen könnten. Er blickt auf den sehr jungen Ensign und fragt nach dessen Alter. Nachdem er es erfahren hat, fragt er Kirk, ob es eine so gute Idee ist auf einen 17-jährigen zu hören. Er wird vom wiedergekommenen Spock unterbrochen, der Chekovs Berechnungen stützt.

Als die Enterprise den Auftrag erhält, den Planeten Nibiru zu untersuchen, muss die Crew feststellen, dass ein aktiver Vulkan droht, die nicht weit entwickelte, humanoide Spezies des Planeten zu vernichten. Kirk und McCoy sollen für ein Ablenkungsmanöver sorgen, damit Sulu, Spok und Uhura mit einem Shuttle in den Vulkan fliegen können, um ihn erkalten zu lassen. Kirk stiehlt eine heilige Schriftrolle aus einem vulkannahem Wohngebäude. Die wütenden Einheimischen verfolgen ihn. McCoy besorgt daraufhin ein riesiges Reittier, welches Kirk aus Versehen erschießt. Damit die Einheimischen sie nicht mehr verfolgen, hängt Kirk die Schriftrolle an einen Ast, sodass er und McCoy ins Meer springen können, wo die Enterprise versteckt gehalten wird. <br/>Spock wird in der Zeit in den Vulkan gelassen, allerdings hält das Metallseil der Hitze nicht stand und reißt. Die Enterprise fliegt, entgegen der Obersten Direktive, zum Vulkan und beamt Spock an Bord, kurz bevor sein Gerät die Lava erkalten lässt. Allerdings sahen die Einheimischen die Enterprise. <br/>Als Kirk den so eben gebeamten Spock fragt wie es ihm ginge, spricht dieser ihn auf die Regelverletzung an. McCoy sagt darauf: "Dem geht's prima!", um über die Angewohnheit Spocks', Regeln über Leben zu stellen, zu spotten.

Nach dem Feuergefecht und dem Tod von [[Christopher Pike (Neue Zeitlinie)|Admiral Pike]] trifft McCoy Kirk beim Shuttle zur Enterprise wieder und rügt ihn, dass er, obwohl er vor weniger als einen halben Tag in einen Feuergefecht gestanden ist, nicht zu einer Untersuchung gekommen ist. Kirk kanzelt ihn ab und lässt nachfolgende Kurzuntersuchung (die er ebenfalls genervt unterbindet) über sich ergehen. Nach der Landung des Shuttles auf der Enterprise teilt McCoy seinem Freund mit, das dessen Werte schlecht sind, wird aber erneut abgekanzelt und von Kirk hoch zur Brücke geschickt.

Als die Enterprise durch ein Leck im Kühlsystem des Warpkerns am Rand der Neutralen Zone strandet, Kirk aber trotzdem seine Mission [[John Harrison]] zu erledigen (oder gefangen zu nehmen) weiter verfolgen will, ermahnt er ihn erneut; diesmal darauf bezogen, dass er keinen Unsinn machen soll, solange sie nicht weg können. Doch auch diese Ermahnung lässt Kirk ungehört verstreichen, er geht mit Spock und Uhura runter und fliegt mit einem beschlagnahmten Gleiter runter nach [[Qo'noS]]. Derweil macht der stellvertretende Captain [[Hikaru Sulu (Neue Zeitlinie)|Sulu]] eine Ansage an Harrison, die McCoy etwas verstört hinnimmt.

Wieder auf der Enterprise erklärt McCoy den Anwesenden, dass er sich mit solchen Kapseln nicht auskennt, da man seit 300 Jahren niemanden mehr einfrieren musste.

Als die [[USS Vengeance]] auftaucht und Admiral [[Alexander Marcus]] die Crew der Enterprise (eher unwissend) über John Harrison alias Khan aufklärt, befindet sich McCoy in der Krankenstation und untersucht Khan weiter. Nach der Flucht der Enterprise und den Schüssen auf die Enterprise, versucht er so gut es geht die Verletzten zu helfen, muss dann aber wegen Kirks gewagten Plan auf das andere Schiff zu kommen hoch zur Brücke.

Nachdem die Enterprise wieder vollständig einsatzbereit ist, wird sie auf eine 5-Jahres Mission geschickt, mit McCoy als Chefarzt und auch dem Rest der Crew an Bord. Als Kirk dabei den Kurs in ein unbekanntes System setzen lässt, entfährt McCoy ein Kommentar im Sinne von ''"Fünf Jahre mit diesem Irren!"''.

<gallery caption="Leonard McCoy im Laufe der Jahre">

Nachdem die Enterprise in der Neutralen Zone gestrandet ist

[[Kategorie:Sternenflottenpersonal|McCoy, Leonard (N´Z)]]