Als Zweitbester seiner Klasse hält Bashir die [[Rede|Eröffnungsrede]], während [[Elizabeth Lense]] als Klassenbeste der medizinischen Fakultät die [[Rede|Abschlussrede]] hält. Lense nimmt als Klassenbeste den Posten als Mediziner auf der [[USS Lexington (NCC-61832)|USS ''Lexington'']] an. Bashir kann sich dafür jeden weiteren freien Posten selbst auszusuchen. Er entscheidet sich für Deep Space 9, weil er die Herausforderung liebt. ({{DS9|Der Abgesandte, Teil I|Die Erforscher}})

Wenig später wird der Bajoraner [[Ibudan]] tot in der [[Holosuite]] aufgefunden. Bashir leitet die medizinische Untersuchung in dem Fall und Odo beginnt mit den Ermittlungen. Mit der Zeit führen die [[Indiz]]ien auf Odo und dieser wird [[Verdacht|verdächtigt]] Ibudan [[Mord|ermordet]] zu haben. Bashir sammelt inzwischen [[Gen|Gen-Proben]] vom Tatort und untersucht diese. Bashir und Dax forschen gemeinsam und mit der Zeit entwickelt sich eine [[Zelle (Biologie)|Zellkultur]], die zu wachsen beginnt. Schließlich erkennt Bashir, dass sich aus dieser Zellkultur ein [[Klon]] von Ibudan entwickelt. Es stellt sich dadurch heraus, dass Ibudan in Wirklichkeit gar nicht ermordet worden ist, sondern das sein [[Ibudan (Klon 1)|Klon]] getötet wurde. Später kann Odo den echten Ibudan für den Mord an seinem Klon verhaften. Ibudan wollte diesen Mord Odo in die Schuhe schieben, um sich an Odo zu rächen, da ihn Odo vor Jahren verhaften ließ. Zu dieser Zeit ist Bashir ziemlich [[Eifersucht|eifersüchtig]] auf Sisko in Bezug auf Dax. Bashir denkt, Sisko und Dax könnten eine Beziehung beginnen, aber nach einem Gespräch mit diesem erfährt Bashir, dass Sisko kein Interesse an Dax hat und die beide nur Freunde sind. ({{DS9|Unter Verdacht}})  

Kurz darauf besucht [[Kai]] [[Opaka]] die Station. Sisko lädt die Kai zu einem Flug durch das Wurmloch in den Gamma-Quadranten ein. Bashir und Kira begleiten die beiden. Im Gamma-Quadrant erhält die USS ''Yangtzee Kiang'' einen Notruf und Sisko geht diesem Notruf nach. Im [[Orbit]] eines [[Mond (Satellit)|Mondes]], von dem der Notruf stammt, wird die ''Yangtzee Kiang'' angegriffen und stürzt ab. Sisko, Kira und Bashir überstehen den Absturz unverletzt, jedoch wird Opaka tödlich verletzt und Bashir kann nichts mehr für sie tun. Die überlebenden Offiziere werden in einem Konflikt zwischen den [[Ennis]] und den [[Nol-Ennis]] verwickelt. Die Offiziere werden von den Ennis gefangen genommen und dort erfahren sie von dem Konflikt zwischen beiden Völkern. Plötzlich greifen die Nol-Ennis an, aber der Angriff wird schnell abgewehrt. Nach dem Kampf kümmert sich Bashir um die Verletzten. Einige Augenblicke später taucht Opaka lebendig auf und Bashir kann sich dies nicht erklären und auch die toten Ennis erwachen plötzlich wieder zum Leben. Bashir will diesen Vorfall untersuchen und begibt sich zur abgestürzten ''Yangtzee Kiang''. Dort findet Bashir heraus, dass die beiden verfeindeten Gruppen durch eine [[Mikrobe]] in der [[Atmosphäre]] wiederbelebt werden. Bashir stellt auch fest, dass die Mikroben nur auf diesem Mond überleben können. Währenddessen versucht Sisko zwischen den Ennis und den Nol-Ennis zu vermitteln, doch er scheitert und beide Gruppen bekämpfen sich weiter. Als Sisko angegriffen wird, rettet Bashir Sisko, damit dieser nicht auch getötet wird. Bashir will versuchen die Mikroben zu deaktivieren, damit die Personen in Frieden sterben können und nicht mehr dieses grausame Leben führen müssen. Doch als Bashir sieht, dass die Ennis dies zu ihrem Vorteil im Kampf gegen die Nol-Ennis nutzen wollen, lässt er davon ab. Die Offiziere können schließlich von Dax und O'Brien gerettet werden und beamen auf die USS ''Rio Grande''. Kai Opaka bleibt auf dem Mond zurück, um den Ennis und den Nol-Ennis bei der Beendigung ihres Konfliktes zu helfen. ({{DS9|Die Prophezeiung}})   

Bashir bleibt mit auf der Station, um diese gegen den Kreis zu verteidigen. Kira und Dax versuchen währenddessen den Beweis nach Bajor zu bringen, welcher Beweist, dass der Kreis von den Cardassianern mit Waffen beliefert wird. Einige Zeit später übernimmt eine militärische Einheit der Bajoraner die Station. Die Bajoraner such die Station ab, da diese vermuten das einige Offiziere der Sternenflotte sich noch versteckt halten. Während die Offiziere warten verpflegt O'Brien seine Kameraden mit [[Kampfration]]en, doch Bashir und die anderen sind nicht besonders begeistert davon. Als sich eine Gruppe bajoranische Soldaten in einen Frachtraum begibt, nimmt Bashir mit seiner Gruppe diese Gefangen. Die Sternenflottenoffiziere sorgen weiterhin für genügend Ablenkung und es gelingt ihnen genügend Zeit zu verschaffen, so dass Kira und Dax den Beweis überbringen können. Als die Bajoraner sehen, dass die Cardassianer hinter all dem stecken, wird der [[Putsch]] des Kreises beendet und die Föderationsangehörigen kehren nach Deep Space 9 zurück. Trotz des Siegs wird Li von [[Colonel]] [[Day Kannu]] erschossen. Bashir kann nichts für ihn tun und er stirbt. ({{DS9|Die Belagerung}})   

Bashir und O'Brien arbeiten die nächsten Wochen lange zusammen, um alles für [[Melora Pazlar]], welche von einem Planeten mit niedriger [[Schwerkraft]] stammt, auf Deep Space 9 vorzubereiten. Pazlar will aufgrund ihr Behinderung in normaler Schwerkraft keine Hilfe von Fremden. Da Bashir ihr helfen will, ist sie auch zu ihm anfangs feindselig. Wenig später entschuldigt sich Pazlar für ihr Verhalten bei Bashir. Die beiden verabreden sich darauf im [[Klingonisches Restaurant auf Deep Space 9|klingonischen Restaurant]], doch Bashir hat etwas Schwierigkeiten bei der Bestellung und Pazlar hilft ihm bei der Bestellung des Essens. Mit der Zeit kommen sich die beiden näher und Pazlar zeigt Bashir wie es ist mit geringer Schwerkraft zu leben. Bashir schwebt in ihrem Quartier und darauf küssen die beiden sich. Wenig später findet Bashir eine Methode, wie sich Pazlar auch bei normaler Schwerkraft bewegen kann. Sie stimmt dieser Behandlung zu. Pazlar macht Fortschritte und kann sich mit der Zeit normal bewegen. Doch mit der Zeit kommen bei Pazlar Zweifel auf, da sie dadurch nie wieder in ihre Heimatwelt zurück kehren kann. Kurz darauf wir das Runabout, auf dem Pazlar arbeitet von dem Verbrecher [[Fallit Kot]] entführt und dieser nimmt Pazlar, Dax und Quark als Geiseln. Mit einem Traktorstrahl versucht Sisko das Runabout festzuhalten, doch um seine Macht zu demonstrieren, schießt Kot auf Pazlar. Bashir muss mit ansehen wie sie zusammen bricht. Das Runabout flieht in den Gamma-Quadrant und Sisko verfolgt dieses mit einem weiteren Runabout. Doch durch die Behandlung von Bashir hat der Schuss keine Folgen für Pazlar und sie deaktiviert die Schwerkraft und Kot verliert die Kontrolle über das Runabout. Pazlar setzt diesen außer Gefecht und Sisko und Bashir beamen auf das Runabout und bringen Kot in den Arrest. Auf Deep Space 9 erklärt Pazlar Bashir, dass sie die Behandlung abzubrechen will, da sie so nicht mehr auf ihrer Heimatwelt leben kann. Kurz darauf verlässt Pazlar wieder die Station. ({{DS9|Das "Melora"-Problem}})

Während einer Mission wird O'Brien durch einen [[Replikant]]en von [[Parada II]] ersetzt. Dieser O'Brien weiß aber nicht das er ein Replikant ist und später als Attentäter fungieren soll. Bashir bekommt von Sisko den Auftrag O'Brien vollständig zu untersuchen, doch Bashir kann an O'Brien vorläufig nichts finden. Dem falschen O'Brien fällt inzwischen auf, dass sich alle seltsam Benehmen. O'Brien glaubt an eine Verschwörung und flieht von der Station zurück nach Parada II, um dort die Wahrheit raus zu finden. Sisko verfolgt O'Brien in einem Runabout und Bashir begleitet ihn dabei. Auf Parada II gelingt es den Offizieren den richtigen O'Brien ausfindig zu machen und Bashir behandelt diesen. Allerdings kommt dabei der Replikant ums Leben. ({{DS9|O'Briens Identität}})   

Hudson erklärt Sisko, dass die Föderation die Kolonisten aufgegeben hat und das die Cardassianer Waffen in die Entmilitarisierte Zone schmuggeln. Sisko versucht Hudson zu überzeugen zur Sternenflotte zurück zu kehren, doch Hudson setzt Sisko, Kira und Bashir außer Gefecht. Die drei Offiziere kehren darauf auf die Station zurück. Inzwischen verhaftet Odo Quark, da er festgestellt hat, dass Quark Waffen an den Maquis verkauft. Sisko und Odo verhören darauf Quark und Quark verrät seine Geschäftspartner beim Maquis. Wenig später spürt Sisko die Maquis-Basis auf, wo Dukat gefangen gehalten wird. Sisko, Bashir und Odo gelingt es Dukat aus der Gewalt des Maquis zu befreien und einige Anhänger des Maquis zu verhaften. Später ist Sisko gezwungen eine Waffenlieferung des Maquis zu stoppen und es kommt zu einem Kampf im [[Weltraum]]. Mit O'Brien befindet sich Bashir auf der [[USS Mekong|USS ''Mekong'']] und greift die Maquis-Schiffe an. Sisko muss bei diesem Kampf wieder gegen seinen Freund Hudson kämpfen. Zwar kann der Maquis aufgehalten werden, aber Sisko weiß das die Lage in der Entmilitarisierte Zone angespannt bleiben wird. ({{DS9|Der Maquis, Teil II}})

Bashir und Kira helfen wenige Wochen später bei der Einrichtung eines Krankenhauses auf [[Neu Bajor]] im Gamma-Quadranten. Auf dem Rückflug zum Wurmloch nervt Bashir Kira mit seinem Verhalten. Als die beiden mit dem Runabout durch das Wurmloch zurückfliegen, gelangen sie durch einen Unfall in das [[Spiegeluniversum]]. Die beiden werden dort gefangen genommen und zur Raumstation [[Terok Nor (Spiegeluniversum)|Terok Nor]] gebracht. Da Bashir ein Terraner ist, muss er in die Erzverarbeitung, welche unter der Aufsicht von [[Odo (Spiegeluniversum)|Odo]] steht. Als Bashir Odo erklärt, dass dieser ein Arzt ist, schlägt Odo diesen, da er Bashir nicht glaubt. Kira wird währenddessen zur [[Intendant]]in [[Kira Nerys (Spiegeluniversum)|Kira]] gebracht. Bashir hat zur selben Zeit schwer unter dem sadistischen Odo zu leiden und muss unter seiner Aufsicht hart Arbeiten. Während der Arbeit freundet Bashir sich mit [[Miles O'Brien (Spiegeluniversum)|Miles „Smiley“ O'Brien]] an. Als eine Leitung bricht, nutzen Bashir und die anderen Terraner das Chaos zur Flucht, dabei erschießt Bashir Odo. Doch die Flucht scheitert und Bashir wird verhaftet und die Intendantin Kira befiehlt [[Elim Garak (Spiegeluniversum)|Garak]] Bashir qualvoll hinzurichten. Doch plötzlich greift [[Benjamin Sisko (Spiegeluniversum)|Benjamin Sisko]] aus dem Spiegeluniversum und seine verbündeten ein und bedrohen die Intendantin. Darauf können die Terraner, Kira und Bashir von der Station fliehen. Schließlich gelingt es Bashir und Kira durch das Wurmloch, wieder in unser Universum zurück zu kehren. ({{DS9|Die andere Seite}})

Nach dem Angriff auf die ''Odyssey'' ist sich die Föderation der Gefahr durch das Dominion bewusst. Auf Deep Space 9 bereiten sich die Offiziere auf eine [[Invasion]] des Dominions vor. Es finden in dieser Zeit Simulationen statt, um sich auf den Angriff des Dominions vorzubereiten. Allerdings verlaufen die Simulationen schlecht für die Station, da die Jem'Hadar bei einem Angriff auf die Station überlegen sind. Deswegen bekommt Commander Sisko für Deep Space 9 die [[USS Defiant (NX-74205)|USS ''Defiant'' (NX-74205)]] zugeteilt. Sisko hat den Auftrag Kontakt mit den [[Gründer]]n des Dominions aufzunehmen. Die ''Defiant'' ist für diese Mission mit einer [[Romulaner|romulanischen]] [[Tarnvorrichtung]] ausgestattet. Bashir begleitet Sisko mit in den Gamma-Quadranten, allerdings muss dieser vorher noch die Krankenstation an Bord der ''Defiant'' aufrüsten. Bei der Mission wird die ''Defiant'' von den [[Jem'Hadar]] angegriffen und schwer beschädigt. Bei den Kampf übernimmt Bashir die [[Conn]], aber schließlich wird die ''Defiant'' von den Jem'Hadar übernommen und nur Kira und Odo können entkommen. Auf der Brücke kämpft Bashir gegen die Jem'Hadar, doch dieser wird beim Kampf überwältigt. Die ''Defiant'' wird darauf zur [[Heimatwelt der Gründer]] gebracht. ({{DS9|Die Suche, Teil I}})

Wenige Wochen später leidet Dax unter starken [[Halluzination]]en und sie verliert mehrmals ihr Bewusstsein. Bashir tut alles um ihr zu helfen, aber es gelingt ihm nicht. Da Bashir Dax nicht helfen kann, bringt die ''Defiant'' Dax zu ihren Heimatplaneten [[Trill (Planet)|Trill]]. Während des Fluges zum Planeten wünscht Dax die Gesellschaft von Bashir und möchte in seinem Quartier mit Übernachten. Doch auf Trill sinken die [[Isoboramin]]werte von Dax und diese droht daran zu sterben. Bashir kümmert sich auch auf Trill um Dax. Es stellt sich heraus, dass es Probleme mit einen der Wirte von Dax gibt. Die Erinnerungen von [[Joran Belar]] wurden im [[Dax (Symbiont)|Dax-Symbionten]] unterdrückt. Schließlich werden die unterdrückten Erinnerungen in Dax freigesetzt und Jadzia wird gerettet. ({{DS9|Das Equilibrium}})  

Kurz darauf kauft Quark die Trümmerteile eines im Gamma-Quadranten abgestürzten Raumschiffs. In diesen Trümmern befindet sich jedoch ein [[Baby]]. Quark bringt das Kind zu Bashir und dieser untersucht es. Das Baby scheint zwar gesund zu sein, allerdings kann Bashir die Spezies des Babys nicht zu ordnen. Allerdings stellt Bashir fest, dass das Baby einen erhöhten Stoffwechsel hat. Das Baby entwickelt sich innerhalb von wenigen Stunden zu einem Teenager. Bashir wundert sich über die Entwicklung, aber er stellt fest, dass dies bei seiner Spezies normal zu sein scheint. Innerhalb von wenigen Stunden wächst der Junge heran und es stellt sich heraus, dass es sich um einen Jem'Hadar handelt. Dieser greift Bashir an, aber Odo kann ihn unter Kontrolle bringen. Die Sternenflotte wünscht die Auslieferung des Jungen, da diese so ein Jem'Hadar untersuchen kann. Doch Bashir und Odo sind dagegen und wollen nicht das der Junge als Versuchsobjekt endet. Während seiner Arbeitet findet Bashir heraus, dass die Jem'Hadar die [[Droge]] [[Ketracel-White]] zum Überleben benötigen. Odo versucht inzwischen den Jem'Hadar zu zähmen, aber der Jem'Hadar will nichts anderes als kämpfen und töten. Odo sieht schließlich ein, dass er den Jem'Hadar nicht helfen kann und bringt ihn zurück zu seinem Volk. ({{DS9|Der Ausgesetzte}})  

[[Datei:Kira und Bashir küssen sich.jpg|thumb|left|Bashir und Kira küssen sich.]]

Als Major Kira unter starken [[Stress]] steht, verordnet Bashir ihr, sich im Quarks zu entspannen. Sie bekommt dort zur Auswahl, ein Glas [[Karvino-Saft]], [[Lorvan-Cracker]], einen [[Jumja-Stick]], Spielmarken und ein Besuch in der Holosuite. Bashir verordnet ihr, dass sie zwei von diesen Dingen nutzen muss. Quark bekommt von Bashir den Auftrag Kira zu überwachen, damit sie sich entspannt. ({{DS9|Defiant}})

Während des bajoranischen [[Dankbarkeitsfest]]s beginnen sich einige Personen auf der Station seltsam zu benehmen. Die betroffenen Personen beginnen sich ineinander verlieben. Sisko bemerkt dieses Verhalten, als Dax ihre Gefühle ihm offenbart. Sisko wundert sich über ihr seltsames Verhalten und bringt sie zu Bashir. Doch Bashir kann aber nichts an ihr finden und Dax tut so als sei dies ein Scherz gewesen. Darauf wird Dax ohne Befund aus der Krankenstation entlassen. Später benehmen sich immer mehr Personen seltsam und Bashir will weitere Untersuchungen durchführen. Kira begleitet ihn. Auf der Krankenstation fangen beide an, sich innig zu küssen und die beiden kommen nicht mehr voneinander los. Selbst als Sisko die beiden zu sich ruft, küssen die beiden sich innig weiter. Sisko bemerkt schließlich, dass die [[betazoid]]ische Botschafterin [[Lwaxana Troi]] für dieses seltsame Verhalten verantwortlich ist. Troi leidet unter dem [[Zanthi-Fieber]], durch diese Krankheit übertragen sich ihre Gefühle auf andere Personen. Nach ein paar Tagen sind alle wieder genesen und verhalten sich wieder normal. ({{DS9|Das Festival}})

Kurz darauf verlässt Nog Deep Space 9 um auf die Sternenflottenakademie zu gehen. Zum Abschied verkauft Nog all seine Sachen. Dax kauft Nog ein erotisches Holosuite-Programm ab und schenkt dieses Programm Bashir. Später schenken O'Brien und Bashir Nog zum Abschied einen Reiseführer über die Erde und Nog nimmt diesen Dankbar entgegen. ({{DS9|Kleine, grüne Männchen}})

Einige Zeit später befindet sich die ''Defiant'' im Gamma-Quadranten, um mit den Karemma zu [[Verhandlung|verhandeln]]. Plötzlich wird die ''Defiant'' von den Jem'Hadar angegriffen. Sisko lässt das Schiff in einen [[Gasriese]]n fliegen, um den Jem'Hadar-Abfangjägern zu entkommen. Doch die Jem'Hadar folgen der ''Defiant'' in die Atmosphäre und es kommt zu schweren Gefechten, dabei wird die ''Defiant'' schwer beschädigt. Als sich ein Riss in der Hülle bildet, muss die Krankenstation evakuiert werden. Während Bashir die Evakuierung leitet, kommt es zu einer Explosion und dabei wird Dax verletzt. Bashir kann Dax noch rechtzeitig in eine Jefferies-Röhre bringen, bevor das schützende [[Kraftfeld]] um die [[Schiffshülle]] nachlässt. Die beiden sitzen in der Röhre fest, doch der [[Sauerstoff]] reicht nur für wenige Stunden und es wird immer kälter. Dax lehnt sich an Bashir an, damit die beiden sich gegenseitig wärmen. Für Bashir geht damit indirekt ein Wunsch in Erfüllung, er hat sich immer gewünscht mit Dax in eine Notsituation zu kommen, bei der sie dann zusammen kommen. Worf gelingt es in der Zwischenzeit die Dominionschiffe zu vernichten. Ein paar Stunden später können Dax und Bashir gerettet zu werden. ({{DS9|Das Wagnis}})  

 

Wenige Wochen später spielt Bashir neues Holosuitprogramm, als Garak ihn in der Holosuite besucht. In diesem [[Julian Bashir, Geheimagent|Holosuitprogamm]] ist Bashir ein [[Julian Bashir (Geheimagent)|Geheimagent]] im Jahr [[1964]]. Bashir ist über Garak verärgert, da dieser einfach die Holosuite betreten hat und ihn bei seinem Spiel beobachtet hat. Trotzdem erlaubt Bashir Garak bei diesem Programm mit zu machen. Zur gleichen Zeit kehren die Führungsoffiziere von einer Konferenz zurück, allerdings wird ihr Runabout [[USS Orinoco|USS ''Orinoco'']] von einer cardassianischen Gruppe, welche sich [[Der wahre Weg]] nennt, sabotiert. Wenig später explodiert das Runabout, allerdings gelingt es Sisko, Kira, Worf, Dax und O'Brien sich von Bord zu beamen. Durch die Explosion werden die Muster der Offiziere im Musterpuffer der Station gespeichert, doch  da sich dort die Muster schnell zersetzen, werden die Musterdaten, auf Befehl von [[Michael Eddington]], im Computer der Station intrigiert und so gelangen auch die Daten in Bashirs Programm. Als Bashir Kira plötzlich in seinem Programm sieht, hält er dies anfangs für einen [[Scherz]], doch Kira scheint Bashir nicht wieder zu erkennen. Lieutenant Commander Eddington informiert Bashir darauf über die aktuelle Lage und das er das Programm weiter laufen lassen muss, damit die Muster der Personen nicht verloren gehen. Bashir ist nun gezwungen das Programm durch zu spielen um seine Freunde zu retten. Inzwischen versuchen Eddington und Odo einen Weg zu finden die Muster der Offiziere aus der Holosuite zu bekommen. Plötzlich taucht O'Brien in der Rolle des [[Falcon]] auf und bedroht Bashir und Garak. Doch Bashir gelingt es diesen außer Gefecht zu setzen, doch dabei wird Garak verletzt und beide erkennen, dass die [[Schutzvorrichtung]] der Holosuite nicht funktioniert. Trotz allem spielen Bashir und Garak das Programm weiter durch und dabei geraten beide mehrmals in Lebensgefahr. Garak will darauf das Programm beenden, um sein Leben zu retten. Doch Bashir schießt Garak nieder, um so das Leben seiner Freunde zu schützen. Garak ist von Bashir positiv überrascht, da er nicht damit gerechnet hat das dieser auf ihn schießt. Inzwischen gelingt es Eddington, Odo und Rom den Transporter der ''Defiant'' mit der Holosuite zu verbinden und die Muster werden schließlich heraus gebeamt. ({{DS9|Unser Mann Bashir}})

Nachdem die Gründer einen Anschlag auf der Erde verübt haben, ist Bashir in schlechter Stimmung. In dieser Zeit versuchen sich Bashir und O'Brien auf der Holosuite abzulenken. Auf der Erde findet Captain Sisko inzwischen heraus, dass Admiral [[Leyton]] einen [[Militärputsch (2372)|Militärputsch]] plant. Sisko beordert die ''Defiant'' zur Erde, welche Beweise für den Putsch von Leyton hat. Leyton will dies verhindern und lässt die ''Defiant'' von der [[USS Lakota|USS ''Lakota'']] angreifen. Es gibt Tote und Verletzte an Bord der ''Defiant'' und Bashir muss diese behandeln. Schließlich bricht die ''Lakota'' den Angriff auf die ''Defiant'' ab, als ihr Captain [[Erika Benteen]] den Verrat von Leyton erkennt. Später wird Leyton von Sisko gezwungen zurückzutreten. ({{DS9|Die Front|Das verlorene Paradies}})  

[[Datei:OBrien Selbstmord.jpg|thumb|Bashir versucht O'Brien davon ab zu halten sich um zu bringen.]]

Als Keiko O'Brien nach einem Jahr von Bajor nach Deep Space 9 zurück kehrt, hilft Bashir O'Brien beim Aufräumen seines Quartiers. Da O'Brien sich nun um seine Familie kümmern muss, hat er jetzt weniger Zeit für seinen besten Freund Bashir. Anstatt mit O'Brien verbringt Bashir seinen Dartabend mit Morn, aber das ist nicht das gleiche wie mit O'Brien. Auch Keiko O'Brien bemerkt, dass es ihrem Mann schlecht geht und so bringt sie die beiden mit einem Trick wieder zusammen und beide treffen sich daraufhin wieder in der Holosuite. ({{DS9|Die Übernahme}})

Durch die [[Argrathi]] wird das Gedächtnis von O'Brien wenige Wochen später verändert. Der Chief glaubt nun, dass er 20 Jahre im Gefängnis der Argrathi gefangen gewesen ist. Bashir versucht alles um diese Erinnerung zu löschen, aber es gelingt ihm nicht. Inzwischen hat O'Brien Probleme in sein normales Leben zurück zu kehren. Er hat Streit mit seiner Familie und auch mit seinen Arbeitskollegen. Da O'Brien auch nicht mehr seinen [[Counselor]] besucht, meldet Bashir Sisko diesen Vorfall. Sisko entbindet O'Brien darauf vom Dienst. Darauf schreit O'Brien Bashir an und kündigt ihm die Freundschaft, da sich dieser in sein Leben eingemischt hat. O'Brien bekommt mit der Zeit immer mehr Probleme sich in seinem normalen Leben zurecht zu finden und schließlich plant dieser seinen [[Selbstmord]]. Als O'Brien sich mit einem Phaser erschießen will, kommt Bashir dazwischen und versucht dies zu verhindern. O'Brien berichtet Bashir schließlich von seinen Erfahrungen, die ihn im Gefängnis so belastet haben. Bashir hilft dann O'Brien, so dass er wieder ein normales Leben führen kann. ({{DS9|Strafzyklen}})  

Wenige Wochen später begleitet Jake Sisko Bashir auf eine medizinische Konferenz, um einen Artikel über ihn zu schreiben. Auf den Rückflug zur Station, berichtet Bashir von seinen medizinischen Erfolgen, doch dem jungen Sisko langweilen diese Erzählungen. Plötzlich erhält das Runabout einen Notruf von [[Ajilon Prime]]. Die Kolonie wird von Klingonen angegriffen und da es an medizinischen Personal mangelt, fliegt Bashir dort hin. Allerdings macht sich Bashir Sorgen, dass Jake Sisko etwas geschehen könnte, doch Jake erwähnt er wird schon auf sich achten. Auf der Oberfläche leistet Bashir medizinische Hilfe und Sisko wird als Sanitäter eingesetzt. Bashir führt einige Operationen an den Patienten durch, als ein weiter Angriff der Klingonen auf die Kolonie stattfindet und der Strom fällt aus. Da die Kolonie ihre weiteren Generatoren zum Schutz vor den Klingonenangriffen benötigen und die Patienten aufgrund des Energieausfalls im sterben liegen, versucht Bashir zusammen mit Sisko einen Generator aus ihrem Shuttle zu holen. Auf dem Weg dorthin werden die beiden von den Klingonen angegriffen. Bashir wird verletzt und von dem jungen Sisko getrennt. Sisko bekommt Angst und versucht sein Leben zu retten indem er weg rennt. Inzwischen gelingt es Bashir mit letzter Kraft dem Generator aus dem Runabout zu bergen und zur Kolonie zu bringen. Die Energieversorgung wird wieder hergestellt und Bashirs Verbrennungen werden versorgt. Bashir macht sich Vorwürfe, da er nicht weiß was mit Sisko geschehen ist und er den Jungen in Gefahr gebracht hat. Als Sisko wieder auftaucht, ist Bashir erleichtert und entschuldigt sich bei ihm, dass er ihn auf diesen Planeten mitgenommen hat. Doch Bashir ahnt nichts von Siskos Schuldgefühlen ihm gegenüber, da Sisko Bashir im Stich gelassen hat. Bei einem weiteren Angriff der Klingonen, dringen diese in den Komplex ein und Bashir hilft bei der Evakuierung der Patienten. Wenig später trifft die ''Defiant'' bei Ajilon Prime ein und die Klingonen können vertrieben werden. Wieder an Bord von Deep Space 9 schreibt Jake Sisko über die Ereignisse und seine Erlebnisse auf Ajilon Prime. ({{DS9|Die Schlacht um Ajilon Prime}})

Wenig später machen Bashir, Leeta, Dax, Worf und Quark Urlaub auf [[Risa]]. Worf ist davon nicht begeistert, da er seine Freizeit lieber allein mit Dax verbringen will. Trotzdem begleiten die anderen Worf und Dax nach Risa, um sich dort zu Vergnügen. Bashir und Leeta wollen auf Risa ihre Beziehung freundschaftlich zu beenden. Beide begehen wenig später das [[Ritual der Trennung]] und damit beenden sie ihre Beziehung. Quark dient dabei als Zeuge, doch er ist enttäuscht das die Trennung der beiden so friedlich von statten geht. Bashir und Quark erfahren darauf von Leeta, dass sich diese sich frisch verliebt hat. Als Quark und Bashir jedoch erfahren, dass sich Leeta in Rom verliebt hat, reagieren die beiden entsetzt und können nicht verstehen das es ausgerechnet Rom in den sich Leeta verliebt hat. Zur selben Zeit befindet sich eine [[Essentialisten-Bewegung]] auf Risa und die Gruppe will zeigen, dass die Bürger der Föderation wachsam sein sollen und ihre Zeit nicht mit Urlaub verschwenden sollen. Dabei stören die Essentialisten den Urlaub der anderen Touristen. Die Essentialisten manipulieren mit Hilfe von Worf das [[Wetterkontrollsystem]] und es gibt die nächsten Tage nur noch  [[Regen]]. Bashir ist über Worf und die Essentialisten verärgert, da diese ihn seinen Urlaub verderben. Aber Worf sieht sein Fehlverhalten ein und mit seiner Hilfe können die Essentialisten vertrieben werden. Als das Wetter wieder angenehm auf Risa ist, vergnügt sich Bashir auf Risa mit [[Jamaharon]]. ({{DS9|Die Reise nach Risa}})

Bashir behandelt kurz darauf Sisko, Dax, Garak und Odo. Die vier werden bewusstlos in einem Runabout aufgefunden, als sie nach Deep Space 9 zurückgekehrt sind. Die Vier befinden sich durch Odo in einer [[Große Verbindung|Verbindung]] und erleben Erinnerungen von Odo aus der Besatzungszeit. Wenig später können die Vier dank Odo aus der Verbindung befreit werden und erwachen auf der Krankenstation. ({{DS9|Die Schuld}})  

Bashir reist kurz darauf zu einer medizinischen [[Medizinische Konferenz auf Meezan IV|Konferenz]] auf [[Meezan IV]]. Er legt sich dort eines Abends zum Schlafen ins [[Bett]] und wacht später im [[Internierungslager 371]] auf. Das Dominion ersetzt ihn unterdessen durch einen [[Julian Bashir (Gründer)|Wechselbalg]], welcher zurück nach Deep Space 9 reist. Bashir verbringt mehre Wochen im Internierungslager 371 und freundet sich dort mit dem echten General [[Martok]] an. Nachdem sich Bashir über die Essensrationen beschwert hat, kommt er für fünf Tage in [[Isolationshaft]]. Als er aus der Isolationshaft entlassen wird, ist er überrascht auf Garak und Worf zu treffen, die ebenfalls vom Dominion gefangen genommen worden sind. Um festzustellen, dass keiner ein Wechselbalg ist, macht Bashir mit den anderen einen Bluttest. Auch Enabran Tain ist ein Gefangener im Lager. Bashir ist dabei, als Tain stirbt und Tain sich von Garak verabschiedet. So erfährt Bashir das Tain Garaks Vater ist. Garak, Worf, Martok und Bashir beginnen darauf mit der Planung der Flucht aus dem Internierungslager. ({{DS9|Die Schatten der Hölle|Inquisition}})

Kurz darauf werden Sisko und seiner Crew von Worf und General Martok gerettet. Die Offiziere verbringen einige Zeit auf der ''Rotarran''. Als die ''Rotarran'' schließlich Sternenbasis 375 erreicht, sind vor allem O'Brien und Bashir froh kein klingonisches Essen und Gesänge mehr hören zu müssen. ({{DS9|Söhne und Töchter}})

Kurz darauf übernimmt die ''Defiant'' die [[Argolis-Mission]]. Zu der Zeit ist Sisko der [[Adjutant]] von Admiral Ross und arbeitet auf der Sternenbasis 375 und Dax wird der neue Kommandant der ''Defiant''. Die ''Defiant'' hat bei dieser Mission den Auftrag eine [[Sensorenphalanx]] des Dominions zu vernichten. Während der Mission übernimmt Bashir die [[Conn]] für den erkrankten [[Haj]]. Dax ist erstaunt, dass Bashir ein so guter Pilot ist. Die Mission ist erfolgreich und die Phalanx wird vernichtet. Nach dieser Mission feiern die Offiziere bei Sternenbasis 375 ihren Erfolg. ({{DS9|Hinter der Linie}})  

[[Datei:Bashir und O'Brien leiden.jpg|thumb|left|Bashir und O'Brien leiden während der Kal'Hyah.]]

Wenig später bereitet Captain Sisko auf der Sternenbasis 375 die [[Operation Rückkehr]] für die Rückeroberung von Deep Space 9 vor. Die Föderationsflotte bricht auf, um die Station zurück zu erobern. Es kommt zu schweren Gefechten mit den Cardassianern und den Dominion. Mit Hilfe der Klingonen gelingt es der Föderation Deep Space 9 zurück zu erobern. Als Bashir und O'Brien wieder zurück auf der Station sind, verabreden sich die beiden für die Holosuite, um ihre Schlachten wieder durch zu spielen. ({{DS9|Ein kühner Plan|Sieg oder Niederlage?}})

Kurz darauf wird die [[USS Honshu|USS ''Honshu'']], auf der sich zu dieser Zeit Captain Sisko und der gefangene Dukat befinden, von Cardassianern angegriffen und zerstört. Die ''Defiant'' bekommt den Auftrag nach Überlebenden der ''Honshu'' zu suchen. Bashir behandelt einige verletzte Crewmitglieder der ''Honshu'' und auch später Captain Sisko, nachdem dieser gerettet worden ist. ({{DS9|Das Gute und das Böse}})

Nachdem O'Brien nach Deep Space 9 zurück gekehrt ist, will O'Brien Quark beim [[Tongo]] schlagen und er bittet Bashir um Unterstützung. Während die beiden Tongo Üben, erkennt O'Brien das Potential von Bashir und schlägt diesem vor, dass er Quark beim Tongo heraus fordert. Quark ist ein sehr guter Spieler und hat zu dieser Zeit eine Glückssträhne, aber O'Brien glaubt, dass Bashir mit seinem genetisch Aufgewerteten Intellekt Quark schlagen kann. Bashir willigt ein und fordert Quark zu einem Tongospiel heraus. Anfangs führt Bashir bei dem Spiel, bis Quark plötzlich anfängt über Jadzia Dax und ihre Beziehung zu Worf zu erzählen. Da Bashir Dax noch immer liebt, ist er schließlich abgelenkt und wird in ein tiefes Gespräch mit Quark über Dax verwickelt. Durch diese Ablenkung macht Bashir einen Fehler und Quark gewinnt das Spiel. ({{DS9|Wandel des Herzens}})  

In den nächsten Monaten leitet die zum [[Colonel]] beförderten Kira die Station. Bashir und O'Brien befinden sich in dieser Zeit mit der ''Defiant'' häufig auf Konvoimissionen und dies bedrückt sie. Den beiden fällt es auch auf, dass Worf nach dem Verlust seiner Frau sehr schlecht geht. Bashir und O'Brien versuchen Worf zu helfen und finden heraus, dass es Worf bedrückt das seine Frau nicht ehrenvoll gestorben ist und sie nach den klingonischen Sitten nicht ins [[Sto'Vo'Kor]] gelangt. Durch die Konvoimissionen, hat Worf auch keine Möglichkeiten ihre Ehre in einem glorreichen Kampf wieder herzustellen, damit ihre Seele ins Sto'Vo'Kor gelangen kann. Darauf bitten Bashir und O'Brien General Martok, dass dieser eine gefährliche Mission für Worf plant, damit dadurch die Seele von Jadzia ins Sto'Vo'Kor gelangen kann. Mit der IKS ''Rotarran'' plant Martok die Schiffswerft des Dominion im Orbit von [[Monac IV]] an zu greifen und Worf willigt sofort ein an dieser Mission teil zu nehmen. Als Freunde von Jadzia Dax wollen Bashir, O'Brien und auch Quark Worf auf dieser Mission begleiten, um diese zu ehren. ({{DS9|Das Gesicht im Sand}})

[[Datei:Worf bedroht Bashir.jpg|thumb|Worf bedroht Bashir.]]  

Einige Wochen später begibt sich O'Brien heimlich nach [[New Sydney]] um nach [[Miroca Bilby]] zu suchen. Da sie mit dem [[Orion-Syndikat]] zu tun hat, verheimlicht O'Brien Captain Sisko, dass er nach ihr sucht. O'Brien weiht nur Bashir wegen dieser Sache ein. Als sich O'Brien mehre Tage nicht meldet, macht sich Bashir sorgen um seinen Freund. Schließlich berichtet er Sisko was geschehen ist. Bashir bekommt von Sisko Ärger, da er dies um O'Brien verheimlicht hat. Da Dax von New Sydney stammt, schickt er sie dorthin um nach dem Chief zu suchen. Wenig später kann Dax O'Brien auf New Sydney aus findig machen. ({{DS9|Die verlorene Tochter}})

Odo trifft einige Zeit später den Wechselbalg [[Laas]] und will diesen darauf seinen Freunden vorstellen. Aber Laas mag die [[Solid|Humanoiden]] nicht besonders und er gibt dies auch zum Ausdruck. Er [[bericht]]et, überall wo sich Humanoide ausbreiten, zerstören sie die Natur und töten [[Tier]]e. Gerade als Laas davon berichtet, bringt Quark Bashir ein [[Vilm-Steak]]. Als Laas Bashir darauf böse ansieht, zieht Bashir seine Bestellung zurück und sagt zu Quark, dass er das [[Steak]] erstmal warm halten soll. Später nimmt Laas die Form von [[Nebel (Atmosphäre)|Nebel]] an und breitet sich auf dem Promenadendeck aus. Bashir und O'Brien ist dies sehr unangenehm. Auf Bitten von Odo nimmt Laas darauf wieder die Humanoide Gestalt an. Doch plötzlich greift ein Klingone Laas an und Odo geht dazwischen. Doch Laas verletzt darauf einen weiteren Klingonen tödlich und obwohl Bashir diesen darauf behandelt kann Bashir nichts mehr für ihn tun und der Klingone stirbt. Darauf wird Laas verhaftet, doch mit Kiras Hilfe kann Laas fliehen und dieser zieht weiter. ({{DS9|Hirngespinst}})  

Aufgrund seiner Erfahrungen mit den Biogenen Waffen des Dominions wird Bashir zu einer Konferenz auf [[Romulus]] eingeladen. Vor seinem Abflug wird Bashir von Sloan besucht, welcher ihm für eine Mission für Sektion 31 beauftragt. Admiral Ross fliegt ebenfalls zu der Konferenz und Bashir informiert ihn über Sloan und sein Vorhaben auf Romulus. Ross empfiehlt ihm erstmal mit Sloan zusammen zuarbeiten. Die [[USS Bellerophon (NCC-74705)|USS ''Bellerophon'']] bringt Bashir, Admiral Ross und die Föderationsdelegation nach Romulus. An Bord der ''Bellerophon'' informiert Sloan Bashir über seine wahre Mission. Bashir soll für Sektion 31 feststellen, ob der Vorsitzende des [[Romulaner|romulanischen]] [[Geheimdienst]]es [[Tal Shiar]] [[Koval]] an dem unheilbaren [[Tuvan-Syndrom]] erkrankt ist. Auf der Konferenz trifft Bashir schließlich auf Koval. Bashir kann aber nichts an ihm feststellen. Als Bashir Sloan schließlich durch Admiral Ross verhaften lassen will, erkrankt der Admiral plötzlich. Bashir ist schließlich auf sich allein gestellt und da er niemanden trauen kann wendet er sich an die romulanische Senatorin [[Kimara Cretak|Cretak]]. Als Bashir auf Romulus wieder auf Koval trifft, bringt er Bashir plötzlich in einen Verhörraum. Koval glaubt Bashir sei ein Föderationsagent, welcher ihn töten will. Bashir wird sogar vor dem romulanischen Senat gebracht und dort gesteht Bashir, dass Sektion 31 geplant hat Koval zu töten. Bashir erklärt auch das Sektion 31 eine illegale Organisation ist. Da Cretak Bashir bei dieser Verschwörung geholfen hat wird diese verhaftet. Plötzlich bringt Koval den schwer verletzten Sloan hinein. Koval erzählt, dass Sloan ursprünglich für den [[Geheimdienst der Sternenflotte]] gearbeitet habe und die Sektion 31 erfunden hat, damit er Koval ungestraft töten kann. Bashir wird darauf freigesprochen und darf zur ''Bellerophon'' zurück, während Sloan durch einen Kampf mit einer romulanischen Wache getötet wird. Zurück auf der ''Bellerophon'' stellt Bashir Admiral Ross zur Rede, da er nicht daran glaubt, dass Sloan tatsächlich tot ist. Ross räumt ein, dass Sloan kurz vor dem Phasertreffer weggebeamt werden sollte, wisse aber nichts über dessen Verbleib. Außerdem bestätigt er, dass Koval eigentlich für Sektion 31 arbeitet, man deswegen auf ihn angewiesen ist. Nachdem Bashir nach Deep Space 9 zurück gekehrt ist taucht Sloan plötzlich wieder auf und dankt Bashir für seine Hilfe. ({{DS9|Unter den Waffen schweigen die Gesetze}})

Worf und Dax gelingt es mit der Hilfe von Damar dem Dominion zu entkommen. Auf Deep Space 9 angekommen, berichten die beiden von der neuen [[Dominion-Breen-Allianz]]. Bashir freut sich, dass Dax sicher zur Station zurück gekehrt ist. Währenddessen beginnen die Breen mit einem [[Überfall auf die Erde|Angriff auf die Erde]] und es kommt zu einer Wende im Dominion-Krieg. Auf der Station bereitet man sich ebenfalls auf einen Angriff vor. Um sich von dem Stress abzulenken, spielen O'Brien und Bashir an einem [[Modell]] des Alamo und den denken sich dort neue Strategien aus, um bei der Schlacht von Alamo zu gewinnen. Worf und Dax beobachten die beiden dabei. Worf findet das Verhalten der beiden kindisch, während Dax es süß findet, wie sich Bashir mit dem Modell beschäftigt. Beim Spiel mit dem Modell verliert Bashir die Figur des [[William Travis]] und dies verärgert O'Brien etwas. Kurz darauf greift das Dominion zusammen mit den Breen [[Chin'toka-System]] an. Bashir nimmt an an Bord der ''Defiant'' an der [[Dritte Schlacht von Chin'toka|dritten Schlacht von Chin'toka]] teil, um das System zu verteidigen. Doch mit einer neuen [[Energiedämpfungswaffe]] gelingt es den Breen die Flotte der [[Föderationsallianz]] aus zu löschen. Auch die ''Defiant'' wird bei dem Kampf schwer beschädigt und Sisko befiehlt das Schiff zu evakuieren. Bashir bringt die verletzte Kira von Bord der ''Defiant'' in eine [[Fluchtkapsel]] und kurz darauf wird die ''Defiant'' vernichtet. Allerdings beginnt nach der Schlacht von Chin'toka Damar mit der [[Cardassianische Rebellion|cardassianische Rebellion]] gegen das Dominion zu kämpfen und die Föderation hat somit einen weiteren Verbündeten. ({{DS9|Im Angesicht des Bösen}})

Nach der Niederlage von Chin'toka versucht die Föderation Damars Rebellion zu unterstützen. Kira, Odo und Garak werden zu Damar geschickt, um ihn zu unterstützen. Bevor Odo aufbricht, bittet Bashir ihn um eine Probe seiner [[Morphogene Matrix|morphogenen Matrix]], da er mit dieser [[Synthetisches Organ|synthetische Organe]] herstellen will. Während seiner Forschung macht Bashir sich Sorgen, dass Dax wieder mit Worf zusammen kommt. Als Dax gerade zu Bashir kommt, um ihre Gefühle ihm gegenüber zu offenbaren, stellt Bashir fest, dass Odo an den [[Morphogener Virus|morphogenen Virus]] leidet, welcher sein Volk tötet. Bashir teilt dies Odo mit und beginnt sofort mit der Forschung an einem Heilmittel für Odo. Bashir bittet darauf die [[Sternenflotten-Medizin]] um Hilfe, doch weder Fähnrich [[Weldon]], noch Commander [[Hilliard]] sind Bashir eine Hilfe. Hilliard bezichtigt Bashir sogar des Verrats, da er ein Heilmittel für die Gründer finden will. Erst mit Hilfe von Sisko bekommt Bashir sämtliche Informationen, von der Sternenflotte, die er benötigt. Aber Bashir stellt fest, dass die Daten gefälscht sind und vermutet, dass Sektion 31 hinter der Krankheit der Gründer steckt. Bashir stellt schließlich fest, dass Sektion 31 Odo 2372 mit dem Virus infiziert hat, damit mit diesem Virus sämtliche Formwandler ausgelöscht werden. Bashir muss nun ein Heilmittel finden, ohne das Sektion 31 davon etwas mitbekommt. ({{DS9|Ein Unglück kommt selten allein}})

Die nächsten Wochen forscht Bashir erfolglos nach einem Heilmittel gegen Odos Krankheit, aber er ist erfolglos. Auch hat er keinen Erfolg dabei Sektion 31 aufzuspüren, um so an ein Heilmittel zu gelangen. Bashir arbeitet schließlich bis zur völligen körperlichen Erschöpfung. Da Bashir keinen Erfolg hat ein Heilmittel zu finden, versucht dieser mit einem Trick Sektion 31 auf die Station zu locken. Bashir gibt der Sternenflotte bekannt, dass er ein Heilmittel für die Krankheit der Gründer gefunden hat und hofft das Sektion 31 den Köder schließlich schluckt. Bashir hofft so von Sektion 31 das Heilmittel zu bekommen. ({{DS9|Kampf mit allen Mitteln}})

Odo kehrt inzwischen von seiner Mission nach Deep Space 9 zurück, doch Bashir gibt Odo nur noch eine Woche zu leben. Bashir gelingt es die Schmerzen von Odo zu lindern und setzt seine Forschungen fort. Allerdings hat Odo die Hoffnungen aufgegeben und er bereitet sich auf seinen Tod vor. O'Brien berichtet Sisko, dass er und Bashir Sektion 31 auf die Station locken will. Als Sisko erfährt, dass diese Krankheit, welche die Gründer tötet von Sektion 31 stammt, genehmigt er Bashirs plan, da Sisko nicht für einen Völkermord mit verantwortlich sein will. Bashirs Trick geht inzwischen auf und eines Nachts taucht Sloan auf und fordert das Heilmittel von ihm. Da Bashir mit Sloans erscheinen gerechnet hat, gelingt es ihm Sloan gefangen zu nehmen. Sloan bemerkt den Trick mit Bashirs Heilmittel und gibt zu, überrascht zu sein. Bashir und O'Brien versuchen darauf mit [[Romulanischer Gedächtnisscanner|romulanischen Gedächtnisscanner]] in seinen Geist einzudringen, um so an die Informationen für das Heilmittel zu gelangen. Aber mit Hilfe einer [[Neurodepolarisationsvorrichtung]] begeht Sloan Selbstmord und er droht innerhalb einer Stunde zu sterben. Mit Hilfe einer [[Multitronischer engrammatischer Übersetzer|multitronischen engramatischen Übersetzers]] dringen die beiden in das Gehirn und den Geist von Sloan ein, um so an die Information zu gelangen. Bashir und O'Brien wissen das sie nur wenige Zeit haben, um an die Informationen in Sloans Geist heranzukommen und Sloan tut alles um dies zu verhindern. Schließlich gelingt es den beiden die Information zu bekommen. Sloan versucht Bashir mit in den Tod zu reißen und bietet ihn noch viele weitere Informationen über Sektion 31 an. Bashir kann dieser Falle nicht widerstehen und will noch mehr Information, aber O'Brien kann Bashir davon überzeugen den sterbenden Geist von Sloan zu verlassen. Den beiden gelingt es noch rechtzeitig Sloan zu verlassen und mit dem Heilmittel gelingt es Bashir Odo zu heilen. ({{DS9|Extreme Maßnahmen}})

Bashir hat die nächsten Tage auch weiterhin auch Probleme seine Gefühle gegenüber Dax zu offenbaren. Zur selben Zeit wird die [[USS Sao Paulo|USS ''Sao Paulo'']] nach Deep Space 9 stationiert und durch einen Sondererlass wird die ''Sao Paulo'' in ''Defiant'' umbenannt. Als erstes begutachtet Bashir die Krankenstation der neuen ''Defiant''. Wenig später schreibt Bashir Odo wieder für Diensttauglich, da er nun vollständig genesen ist. Bashir informiert Odo auch, dass Sektion 31 ihn mit den Virus 31 infiziert hat und somit für einen Völkermord verantwortlich ist. Wenig später hat Bashir eine weitere peinliche Begegnung mit Dax und er geht ihr darauf wieder aus dem Weg. Als sie sich zufällig im Replimat begegnen sprechen sie schließlich darüber und beschließen nur Freunde zu bleiben. Doch bei einer weiteren Begegnung im Turbolift ändern die beiden ihre Meinung und beginnen sich zu küssen. ({{DS9|In den Wirren des Krieges}})

Als sich das Dominion in den cardassianischen Raum zurück zieht fliegt ein Kampfverband der Föderation, der Klingonen und der Romulaner nach Cardassia um den Krieg zu beenden. Auch Bashir und Dax, welche nun ein Paar geworden sind, fliegen mit den Kampfverband nach Cardassia. Während des Fluges versucht O'Brien mehrfach seinem Freund mit zu teilen, dass er Deep Space 9 verlassen wird, aber er kommt nicht dazu. Kurz darauf beginnt die die [[Schlacht um Cardassia]]. Die ''Defiant'' kämpft mit den anderen Schiffen der Föderationsallianz gegen die starke Übermacht des Dominions, der Breen und der Cardassianer. Während des Kampfes macht sich Bashir vor allem um Dax Sorgen, er hat Angst sie bei dem Gefecht zu verlieren. Bei dem Kampf wird O'Brien verletzt und Bashir muss diesen behandeln. Während Bashir O'Brien behandelt, gesteht dieser Bashir das er Deep Space 9 verlassen und zur Erde zurückkehren wird. Doch die Verletzung des Chiefs ist schwer und Bashir befiehlt diesen sich auf die Krankenstation zu begeben. Währenddessen verläuft der Kampf schlecht für die Föderationsallianz, doch plötzlich wechselt die cardassianische Flotte die Seiten und schließt sich der Föderationsallianz an. Die Schlacht verläuft erfolgreich und das Dominion und die Breen ziehen sich nach Cardassia zurück. ({{DS9|Das, was du zurückläßt, Teil I}})

Die Föderationsallianz erreicht Cardassia und trifft dort auf die letzten Flotten des Dominions und der Breen. Die Gründerin weiß das der Krieg verloren ist, jedoch schwört sie jeden Jem'Hadar und Breen kämpfen zu lassen das es in der Föderationsallianz so viele Opfer gibt das ein Sieg der Allianz so hart sein wird wie eine Niederlage. Doch darauf beamt sich Odo auf die Planetenoberfläche, er heilt die Gründerin und kann diese überzeugen den Krieg zu beenden. Auf Cardassia trifft Bashir Garak wieder, doch Bashir ist entsetzt über die cardassianischen Opfern. Darauf verabschiedet sich Bashir von seinem Freund Garak, da dieser auf Cardassia bleiben will. Beide versprechen sich wieder zu sehen. Wenig später wird auf Deep Space 9 der Friedensvertrag mit dem Dominion unterzeichnet und der Dominion-Krieg ist offiziell beendet. Danach findet im Vics eine Feier für das Ende des Krieges und die Personen welche Deep Space 9 verlassen werden statt. Auf der Feier erklärt Bashir das er O'Brien vermissen wird, aber beide versprechen sich im echten Alamo auf der Erde wieder zu treffen. Wenig später verschwindet Sisko nachdem er seine Pflicht als Abgesandter erfüllt hat. Sisko gelangt nach seinem Sieg über die Pah-Geister in das Wurmloch und will dort vorerst bei den Propheten bleiben. Kira übernimmt nun das Kommando über die Station. Inzwischen verabschiedet sich Bashir von seinem Freund O'Brien. Danach beginnt für Bashir ein neues Leben zusammen mit Dax auf Deep Space 9. ({{DS9|Das, was du zurückläßt, Teil II}})

[[Elim Garak]] arbeitet als Schneider an Bord der Station. Bashir lernt diesen Anfang 2369 kennen. Da Bashir noch ziemlich naiv ist misstraut er den Schneider und hält ihn für einen Spion. Aber nachdem Garak Bashir hilft eine Verschwörung der Duras-Schwestern und Tahna Los auf zudecken, werden beide Freunde und treffen sich einmal die Woche zum Essen. ({{DS9|Die Kohn-Ma}})  

In einer [[Alternative Zeitlinie|Alternativen Zeitlinie]] wird Captain Sisko 2372 durch einen Unfall in den [[Subraum]] gezogen. Da es keine Möglichkeit gegeben hat Sisko zu retten, wird dieser für tot erklärt. Bashir nimmt auch mit an der Gedenkfeier für Sisko teil. 2373 taucht Sisko wieder auf und Bashir untersucht ihn darauf. Aber Bashir kann nicht verhindern, dass Sisko wieder in den Subraum gezogen wird. In der Zwischenzeit verschlechtern sich die Beziehung zwischen den Klingonen und der Föderation immer mehr und schließlich verlässt die Sternenflotte Deep Space 9. Jake Sisko versucht einige male seinen Vater zurück zu holen, aber es gelingt ihm nicht. [[25. Jahrhundert|2422]] versuchen Jake Sisko, Dax, Bashir und Captain Nog Sisko aus dem Subraum zu befreien. Bashir ist in dieser Zeit bereits zum Commander befördert worden. Bashir führt in dieser Zeit viele Referate oder er kümmert sich um seine Kinder. Auf der ''Defiant'' wird der Unfall, durch den Sisko in den Subraum gezogen worden ist, nachgestellt. Aber auch dies misslingt Jake Sisko und ihm gelingt es nicht seinen Vater zu retten. Jahre später findet Jake heraus, dass sein Tod seinen Vater retten kann. Beim letzten Besuch von seinen Vater tötet sich Jake und Benjamin Sisko wird zu dem Moment des Unfalls zurück geschleudert. Sisko kann diesen Unfall verhindern und diese [[Zeitlinie]] wird aufgelöst. ({{DS9|Der Besuch}})

 

{{HGI|Julian Bashir wurde von [[Alexander Siddig]] dargestellt. Seine [[Synchronisation|Synchronstimme]] erhielt er von [[Boris Tessmann]].}}

== Externe Links ==

[[ca:Julian Bashir]]

[[Kategorie:Mensch|Bashir, Julian]]

[[Kategorie:Sternenflottenpersonal|Bashir, Julian]]