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[[Datei:Die Crew verweigert die Befehlsausübung.jpg|thumb|Chakotay und die Offiziere verweigern den Befehl.]]
Während das Schiff eine Region, in der es keine Sterne gibt, durchfliegt, demoralisiert dies die Besatzung. Als das Holodeck durch eine vom Doktor und Tom Paris herbeigeführte Fehlfunktion ausfällt, erkundigt er sich über Interkom, was vorgefallen ist. Auf Paris' Versicherung, dass sie den Schaden sofort reparieren, reagiert er mit der Aufforderung die Reparatur schnell durchzuführen, da ein Ausfall der Holodecks zusätzliche Probleme bereiten würde. Nachdem man eine hohe [[Thetastrahlung]] ortet, informiert er Janeway darüber und lädt sie auf das Holodeck ein. Als kurz darauf die gesamte Energie auf dem Schiff ausfällt, hilft er dem hyperventilierenden Neelix. Gemeinsam stoßen sie auf einen Eindringling, der Chakotay angreift, aber von Janeway abgewehrt werden kann. Nachdem man mit diesem [[Nachtwesen]] Kontakt aufnimmt, spricht er mit Tuvok über Janeways Verhalten. Er kommt mit Tuvok überein, dass er keinen Alleingang Janeways tolerieren wird. Gemeinsam mit Torres erläutert er [[Controller]] [[Emck]] die Funktionsweise der Technologie, die ihre [[Thetastrahlung|Thetastrahlen]]abfälle reinigt. Als Emck ihre Vorschläge ablehnt, da sie ihn das Geschäft mit dem Mülltransport kosten würden, hält er Torres zurück. Daraufhin lässt er ihn in den Transporterraum bringen. Janeways Entschluss den Wirbel allein zu zerstören, akzeptieren er und die anderen Führungsoffiziere nicht. Daraufhin beginnt man die Operation und kann sie mit Unterstützung der Nachtwesen erfolgreich abschließen. ({{VOY|Nacht}})
Nachdem ein Shuttle mit Paris, Torres, Seven of Nine und dem Doktor in einem [[protostellarer Nebel|protostellaren Nebel]] in Not gerät, lässt Captain Janeway die Insassen herausbeamen. Chakotay begibt sich in den Transporterraum und empfängt die Geretteten. Als er am nächsten Morgen das Kommando auf der Brücke von Harry Kim übernimmt, meldet Seven of Nine, dass ihr Abstandstranceiver durch eine Borg-Präsenz aktiviert wurde. Nachdem im Wissenschaftslabor Energie umgeleitet wird, gibt er Roten Alarm, ruft Captain Janeway auf die Brücke und schickt Tuvok mit einem Sicherheitsteam dorthin. Man stellt fest, dass sich dort eine Borg-Drohne, [[Erster (Borg)|Erster]], entwickelt hat. Nachdem dieser unabsichtlich ein Abstandssignal an die Borg gesendet hat, schicken diese ein Schiff und Chakotay schickt die Besatzung auf die Gefechtsstationen. ({{VOY|Die Drohne}})
[[Datei: Chakotay will von B'Elanna Torres die Wahrheit wissen.jpg|thumb|left|Chakotay willvon will von Torres die Wahrheit wissen.]]
Nachdem eine Sonde in der [[Atmosphäre]] eines [[Gasriese]]n stecken bleibt, besprechen die Führungsoffiziere, wie man diese bergen kann. Als Torres lapidar meint, dass man sie nicht herausbeamen kann, erkundigt er sich nach den genauen Gründen dafür. Zunächst lässt er sich davon beruhigen. Unterdessen beginnt man mit der Bergungsaktion, und er analysiert die Atmosphäre. Inzwischen ist auch ein Malon-Frachter, unter dem Kommando von [[Vrelk]], eingetroffen, der ebenfalls die Sonde bergen soll. Später schlägt er vor die Schilde zu verstärken, falls Vrelk noch mehr Antimaterieabfall ablässt. Nachdem Torres nicht über das Kommunikationssystem antwortet, begibt er sich auf das Holodeck und veranlasst, dass sie auf die Krankenstation gebracht wird. Wenig später spricht er mit Janeway und Paris über Torres' Verletzungen. Sie wussten nichts von ihren Verletzungen. Daher stellen sie Nachforschungen in Torres' Holodeckprogrammen an. Aufgrund des Ergebnisses sucht Chakotay Torres auf und stellt sie zur Rede. Chakotay drängt sie dazu, sich mit ihm eines der Programme anzusehen. Er fragt sie, ob sie Selbstmord begehen will, was sie verneint. Sie berichtet, dass sie überhaupt keine Gefühle mehr hat. Chakotay meint, dass sie sich öffnen soll, worauf sie erwidert, dass sie jede Familie, die sie je hatte, verloren hat. Chakotay entgegnet, dass sie ihre Familie auf der ''Voyager'' nicht verlieren wird, da niemand auf der ''Voyager'' zulassen wird, dass sie sich auf dem Holodeck das Genick bricht. Nachdem sich Torres ihm öffnet, wird er auf die Brücke gerufen, da die Malon angreifen. Janeway befiehlt daher den Start des [[Delta Flyer (2375)|''Delta Flyers'']] und Chakotay soll mitfliegen. Auf dem Weg zur Shuttlerampe, wird er von Torres abgefangen, die die Mission übernehmen will. Dies gestattet er. Nach dem erfolgreichen Abschluss der Mission, scannt er das Malonshuttle und stellt fest, dass sie offenbar große Probleme haben, die Atmosphäre zu verlassen. Anschließend spricht er mit Torres und lobt sie für ihre Arbeit. ({{VOY|Extreme Risiken}})
[[Datei:Chakotay und Valerie Archer lernen sich kennen.jpg|thumb|Chakotay nimmt Kontakt mit "Valerie Archer" auf, um an Informationen zu gelangen.]]
Kurze Zeit später entdeckt man [[Terrasphäre 8]], eine Trainingsanlage von Spezies 8472, in der die Invasion der Erde vorbereitet wird. Chakotay und Tuvok infiltrieren die Anlage, um an Informationen zu gelangen. Chakotay, der sich als "[[Jason Hayek]]" ausgibt, macht dabei viele Aufnahmen mit seiner Holobildkamera. Auch nimmt er Kontakt zu "[[Boothby (Spezies 8472)|Boothby]]" und "[[Valerie Archer]]" auf und gelangt so an Informationen. Als er mit Tuvok zum Schiff zurückkehren will, werden sie von "[[David Gentry]]" gestellt. Jedoch kann Tuvok ihn betäuben und sie kehren mit Gentry zur ''Voyager'' zurück. Es stellt sich heraus, dass David Gentry ein Mitglied von Spezies 8472 ist. Daraufhin bespricht Chakotay das weitere Vorgehen mit den Führungsoffizieren, und entschließt sich wieder auf die Terrasphäre zu gehen. Bei einem gemeinsamen Abendessen, sammelt er weitere Informationen von Archer. Diese schöpft dabei jedoch Verdacht und nimmt eine DNA-Probe von Chakotay, um diese zu testen. Anschließend lässt "Boothby" Chakotay verhaften. "Boothby" und "Archer" verhören ihn. Nachdem sich die ''Voyager'' nähert, versucht er Archer zu überzeugen, dass sie eine friedliche Lösung finden können. In Verhandlungen können sie einen Waffenstillstand erreichen. ({{VOY|In Fleisch und Blut}})
Kurz darauf langweilt der Doktor die Crew mit einer Präsentation seiner Holofotos. Chakotay gehört zur ersten Gruppe, der der Doktor seine Aufnahmen präsentiert und missachtet daher den Befehl von Janeway, bei der zweiten Gruppe Roten Alarm auszulösen. Kurz darauf, wird das Schiff von einer Energiewelle getroffen und empfängt eine Nachricht. Chakotay lässt Kim diese Nachricht analysieren. Nachdem man ein beschädigtes Schiff entdeckt und den Piloten an Bord beamt, fällt dieser Torres auf der Krankenstation an und verbindet sich mit ihr. Während der Doktor Torres behandelt, versucht Chakotay mit Janeway die Sprache des fremden Schiffes zu entschlüsseln. Nachdem Tabor Crell Moset als Kriegsverbrecher wiedererkennt, fordert er Chakotay auf die Forschungsergebnisse Mosets aus der Datenbank zu löschen. Als Chakotay darauf nicht eingeht, will Tabor sein Offizierspatent niederlegen, was Chakotay ebenfalls ablehnt. ({{VOY|Inhumane Praktiken}})
Wenig später<nowiki> </nowiki>nimmt man Kontakt mit den Moneanern auf. Diese bitten um Hilfe, da sich<nowiki> </nowiki>das Eindämmungsfeld, welches den Ozean ihres Planeten erhält, schwächer<nowiki> </nowiki>wird. Ein Außenteam, dem auch Paris angehört, untersucht daraufhin das Eindämmungsfeld am Meeresgrund mit dem Delta-Flyer. Man entdeckt, dass der Ozean durch die [[Sauerstoffraffinerie]]n geschädigt wird und informiert<nowiki> </nowiki>die Moneaner darüber. Als die Moneaner nicht auf die Hinweise reagieren, greift Tom Paris mit dem Delta-Flyer die Sauerstoffraffinerien an. Um ihn zu stoppen, schlägt Chakotay den Einsatz eines Torpedos als Wassermine vor. ({{VOY|Dreißig Tage}})
Als Seven of Nine durch ein von [[Spezies 6339]] manipuliertes [[Vinculum]] von den Persönlichkeiten der Personen, die sie assimilierte kontrolliert wird und Tuvok versucht sie mit einer Gedankenverschmelzung zu behandeln, übernimmt Chakotay die taktische Station. ({{VOY|Das Vinculum}})
Nachdem Captain Janeway eine Übereinkunft mit den [[Varro]] getroffen hat, lässt er den Transfer von Energie beginnen. Als Tuvok wenig später ein Signal entdeckt, versucht Chakotay dieses mit ihm zu lokalisieren. Jedoch unterbricht Paris heimlich dieses Signal, da sch Kim mit einer Varro-Ingenieurin heimlich getroffen hatte und nun mit ihr kommuniziert. Wenig später entdeckt Tuvok einen Varro, der sich an Bord der Voyager geschmuggelt hat. Chakotay verhört diesen daraufhin mit dem Sicherheitschef, um etwas über ihn und seine Motive zu erfahren. ({{VOY|Das Generationenschiff}})
[[Datei:Chakotay sagt Boothby, dass er Angst hat.jpg|thumb|Chakotay sieht sich in einem Boxkampf.]]
Als das Schiff im [[Chaosraum]] strandet, wird Chakotay in einer Boxkampfsimulation auf dem Holodeck leicht verletzt. Er konsultiert daraufhin den Doktor. Dieser stellt fest, dass er eine neurale Verbindung mit fremden Wesen aufgebaut hat. Durch diese erlebt Chakotay Halluzinationen, und greift Tuvok an. Daraufhin wird er auf die Krankenstation gebracht, und vom Doktor untersucht. Später begibt er sich auf Visionensuche und begegnet seinem Großvater. Wenig später ist er jedoch wieder in der Boxsimulation, ehe er aufwacht. Jedoch bestärkt der Doktor ihn darin, Kontakt mit den Fremden aufzunehmen, um dem Chaosraum entkommen zu können. Der Kontakt überfordert Chakotay jedoch und er fleht den Doktor an, die Fremden zu entfernen. Janeway erklärt ihm, dass er es noch einmal versuchen muss und überzeugt ihn. In der Illusion versuchen ihn seine Freunde vom Kampf abzubringen, jedoch begibt er sich in den Ring. In diesem Moment wird er vom Doktor und Paris aufgeweckt, da er in seiner Visionensuche gefangen war. Er verlangt in den Ring zurückgebracht zu werden, wird jedoch vom Doktor betäubt. Als er wieder zu sich kommt, betäuert er gegenüber Janeway, dass im Chaosraum Wesen leben und ihn kontaktieren. Er will den Kampf fortsetzen. Allmählich glaubt Janeway Chakotay und lässt ihn wieder in die Simulation zurückkehren. Dort erfährt er, dass die Wesen aus dem Chaosraum stammen und dieser Humanoide vernichtet. Die Fremden informieren ihn, dass er die Sensoren neu ausrichten muss. Er begibt sich sofort auf die Brücke und gibt die Kurskorrektur ein. So kann die ''Voyager'' entkommen und Chakotay begibt sich auf das Holodeck, um den fremden Boxer zu besiegen. ({{VOY|Der Fight}})
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[[Datei:Chakotay protestiert gegen Janeways Vorgehen.jpg|thumb|Chakotay protestiert erfolglos gegen Janeways Befehl.]]
Chakotay verteidigt mit den anderen Offizieren die Brücke, wird dabei aber von einem der Wesen verletzt. Nach einer Behandlung beim Doktor nimmt er seinen Dienst wieder auf. Als Janeway Kontakt mit der nukleogenen Lebensform aufnehmen will, will er die Waffen einstecken. Jedoch befiehlt Janeway die Phaser zu ziehen. Anschließend spricht er mit Janeway in ihrem Raum und stellt klar, dass die Sicherheit des Schiffs nicht wegen einer Blutrache gefährdet werden darf. Gemeinsam mit Tuvok überwältigt er auf der Planetenoberfläche ein Außenteam der ''Equinox''. Er ist auch anwesend als Captain Janeway einen der Gefangenen, [[Noah Lessing]], im Frachtraum verhört. Als der Captain die Schilde um den Frachtraum deaktiviert, um Lessing zur Kooperation zu zwingen, ist Chakotay entsetzt und geht mit einem Phaser in den Raum, um die durchbrechenden Wesen zu vertreiben. Anschließend nimmt er Lessing mit und meint zu ihm, dass er seine Loyalität zu seinem Captain demonstriert hat und sie nun über die Ankari sprechen werden. Anschließend informiert er die Führungsoffiziere über diese Informationen und wird von Janeway wenig später vom Dienst entbunden. Nach der Zerstörung der ''Equinox'', wird er von Janeway rehabilitiert. Im Gespräch mit Janeway, meint er, dass viele Nerven strapaziert wurden und Neelix ein Reseessen organisiert. Als der Captain sich mit ihm ausspricht und meint, dass Chakotay auch einen Grund für eine Meuterei gehabt hätte, antwortet dieser, dass ihm der Gedanke kam, aber er damit zu weit gegangen wäre. Als Augenblicke später Janeway die heruntergefallene Widmungsplakette der ''Voyager'' entdeckt, nimmt Chakotay diese und hängt sie wieder an ihren Platz. ({{VOY|Equinox, Teil II}})
eines Notfalls zum Kommandierenden Notfallhologramm ernannt zu werden. Diesbezüglich besteht er außerdem auf einer förmlichen Antwort. Chakotay bietet Janeway an, dies zu übernehmen, jedoch wil sie sich persönlich darum kümmern, weshalb Chakotay das Kommando auf der Brücke übernimmt. Später gibt er Janeway einen Bericht und erfährt, dass sie überlegt, dem Doktor tatsächlich zu ermöglichen das Kommando zu übernehmen. Nachdem der Doktor von einem Fremden kontaktiert wird, der sie vor einem bevorstehenden Angriff warnt, lässt Chakotay Gegenmaßnahmen einleiten. Gemeinsam mit Tuvok arbeitet er nach Beginn des Angriffs an einer Möglichkeit eine Schwäche in den Schilden der Hierarchieschiffe auszunutzen. Das Schiff wird beschädigt, jedoch ziehen sich die Hierarchieschiffe dank eines Bluffs des Doktors zurück. Als dieser sich anschließend auf den Stuhl des Captains setzen will, meint Chakotay, dass er es verdient habe. Daraufhin lässt sich das MHN in den Stuhl fallen. ({{VOY|Dame, Doktor, As, Spion}})
[[Datei:Chakotay vergleicht die Vaadwaur mit einer Legende.jpg|thumb|Chakotay vergleicht die Vaadwaur mit einer Legende.]]
Chakotay hat das Kommando auf der Brücke, als das Schiff versehentlich in einen Subraumtunnel der [[Turei]] einfliegt. Daraufhin informiert er Janeway darüber. Nachdem man aus dem Tunnel freikommt, wird das Schiff von den Turei angegriffen. Daher sucht man Schutz im Orbit eines verstrahlten Planeten. Als man diesen untersucht, findet man eine Vielzahl von [[Vaadwaur]], die in Stasiskammern liegen. Man weckt einen Insassen, [[Gedrin]] auf und erfährt von ihm, dass sein Volk Krieg gegen eine von den Turei geführte Allianz führte und verlor. Um den Planeten verlassen zu können, entschließt sich Janeway das [[Bataillon]] von Gedrin aufzuwecken. Als der Captain, Gedrin und Chakotay die Höhle mit den Stasiskapseln erblicken, vergleicht Chakotay diesen Anblick mit der griechischen Sage von den "Zähnen des Drachen": Nachdem ein Drache im Krieg getötet wurde, entsprangen aus seinen Zähnen Krieger, die den Kampf fortsetzten. Wenig später stellt sich heraus, dass die Vaadwaur ihnen nicht die ganze Wahrheit berichtet haben. Daher informiert Janeway Chakotay darüber, dass sie Vorsichtsmaßnahmen einleiten werden, um die Vaadwaur unter Kontrolle zu halten. Nachdem sie diese darüber informieren, greifen sie die ''Voyager'' an und Chakotay ortet den Start weiterer 39 Schiffe. Nachdem sie Kontakt mit den Turei aufgenommen haben, überträgt Chakotay die Verbindung zum Satelliten und ermöglicht so die Flucht der ''Voyager''. ({{VOY|Die Zähne des Drachen}})
[[Datei:Chakotay und Neelix begrüßen Abaddon.jpg|thumb|left|Chakotay und Neelix begrüßen Abaddon.]]
Während Tuvok das Kommando auf der Brücke hat, stößt man auf einen Raumschiffsfriedhof im Weltlall. Tuvok hält diesen zunächst für eine fremde Flotte, gibt Roten Alarm und ruft Janeway und Chakotay auf die Brücke. Dort stellt sich heraus, dass man einen Schrottplatz entdeckt hat und beamt den Eigentümer, Abbadon für Verhandlungen an Bord. Chakotay begrüßt ihn mit Neelix im Transporterraum. Sogleich beginnen sie mit den Verhandlungen. Von Neelix und Paris wird er überzeugt, auch ein kleines Raumschiff zu erwerben. Wenig später fordert Paris zusätzliche Ersatzteile zur Reparatur seines Schiffes an. Chakotay lehnt diese Forderung jedoch ab und weist Paris auf die Bekleidungsvorschriften an Bord hin. Außerdem solle er sich wieder [[Rasur|rasieren]]. Paris zeigt sich scheinbar einsichtig und verlässt Chakotays Quartier. Jedoch fliegt er bald darauf mit ''[[Alice (Shuttle)|Alice]]'' eigenmächtig vom Schiff weg. Chakotay informiert darüber den Captain und lässt einen Verfolgungskurs setzen. Bei der Befreiung von Paris, verstärkt Chakotay den Eindämmungsstrahl, sodass der Transport gelingt. ({{VOY|Alice}})
Nachdem Tuvok bei einer Außenmission von den [[Ba'Neth]] angegriffen und schwer verletzt wird, nimmt man Kontakt mit den [[Kesat]] auf, die Ermittler [[Naroq]] auf die ''Voyager'' schicken. Chakotay, Neelix und Janeway sprechen mit diesem über die Angreifer. Als er erfährt, dass es vor diesem Zwischenfall 12 Kontakte mit den Ba'Neth gab, meint er, dass sie die Unglückszahl 13 erwischt hätten. Später begrüßt er den langsam genesenden Tuvok auf der Brücke. ({{VOY|Rätsel}})
[[Datei:Seven ist verärgert, dass der Flyer beschädigt wurde.jpg|thumb|Seven lässt Chakotay wissen, dass der ''Flyer'' durch seine Bergungsaktion schwer beschädigt wurde.]]
In seiner Freizeit liest er in seinem Quartier ein Buch. Als die Türklingel eine Fehlfunktion aufweist, ruft er die Brücke, wird jedoch mit Transporterraum 2 verbunden. Daraufhin verlässt er sein Quartier, muss wegen einer Fehlfunktion der Türautomatik, jedoch zwischen den Türflügeln durchspringen. Im Maschinenraum erfährt er von Seven of Nine, dass sie ohne Genehmigung die Energiesysteme des Schiffs rekonfiguriert hat. Chakotay verlangt von ihr daraufhin, die Arbeiten rückgängig zu machen. Sie werden jedoch unterbrochen, als ein schiffsweiter Energieabzug auftritt. Kim informiert sie darüber, dass sie auf eine Gravitonellipse gestoßen sind, die gravimetrische Verzerrungen der Stufe 9 verursacht. Mithilfe des Borgwissens von Seven of Nine, können sie der Anomalie entkommen. Chakotay erinnert sich in diesem Moment daran, dass eine der frühen Marsmissionen, Ares IV, in einer solchen Anomalie verschwand. Daher beginnt man eine genauere Untersuchung der Ellipse und entdeckt tatsächlich das Raumschiff Ares IV. Daraufhin informiert Chakotay mit Torres die Führungsoffiziere über die Ares-Mission. Anschließend sichtet er mit Paris die Daten der Ares-IV-Mission. Gemeinsam mit Seven of Nine begeben sie sich daraufhin mit dem ''Delta-Flyer'' auf eine Außenmission. Dort untersucht er mehrere Gesteinsproben. Als sie den Mars-Orbiter entdecken, befiehlt Chakotay ihn mit dem Traktorstrahl zu erfassen und trotz der drohenden Kollision mit der Anomalie, aus dem Asteroidenfeld zu schleppen. Als der Flyer von einer Energieentladung getroffen wird, wird Chakotay durch eine Energieentladung schwer verletzt und muss die Mission abbrechen. ({{VOY|Ein kleiner Schritt}})
[[Datei:Chakotay befiehlt Torres die Voyager zu sabotieren.jpg|thumb|left|Chakotay befiehlt Torres, die ''Voyager'' zu sabotieren.]]In seiner Freizeit nimmt sie gemeinsam mit Janeway ein Abendessen ein und tauscht<nowiki> </nowiki>sich über die neuesten Gerüchte auf dem Schiff aus. Später überwacht er auf der Brücke, wie der Fremde [[Tash]] sein Subraumkatapult benutzt um in seine Heimat zurückzukehren. Anschließend wird er von Seven of Nine gerufen, die ihn ins astrometrische Labor bittet. Dort informiert sie ihn, dass sie vermutet, dass Janeway die ''Voyager ''absichtlich im Delta-Quadranten stranden ließ. Sie vermutet eine Zusammenarbeit mit dem Fürsorger und den Cardassianer. Sie vermutet, dass die Föderation versucht eine militärische Präsenz im Delta-Quadranten zu etablieren. Chakotay hält diese Vermutung jedoch für reine Spekulation. Allerdings hat er gewisse Zweifel und trifft Vorbereitungen. Daher bringt er die Sensorendaten persönlich zu Torres und verlangt die Sabotage der Schildemitter um sechs Stunden Zeit zu gewinnen. Torres glaubt jedoch Seven nicht und hält es für einen Scherz. Als er wenig später eine Energiesignatur entdeckt und Sevens Alkoven untersucht, begegnet er Captain Janeway. Sie stellen fest, dass sie in die Irre geführt wurden. Daraufhin veranlasst Chakotay eine Untersuchung des Alkovens durch den Doktor. Es stellt sich heraus, dass Seven of Nine Fehlfunktionen hat, da sie zu viele Daten herunterlud. Captain Janeway gelingt es Seven of Nine davon zu überzeugen, dass sie sich geirrt hat. Anschließend spricht sie sich mit Chakotay bei einer Tasse Kaffee aus. ({{VOY|Die Voyager-Konspiration}})
Seven of Nine<nowiki> </nowiki>entdeckt wenig später ein Mikrowurmloch und empfängt eine Botschaft von<nowiki> </nowiki>der Sternenflotte. Darüber informiert sie die Brücke. Nachdem man Kontakt mit dem Sternenflottenkommando aufnehmen kann, stößt die Crew darauf im Kasino an. ({{VOY|Das Pfadfinder-Projekt}})
Als das Schiff<nowiki> </nowiki>auf eine Neutronenwellenfront trifft, bespricht sie mit den anderen Führungsoffizieren die Situation im astrometrischen Labor. Er erkundigt sich nach den Auswirkungen der Strahlung auf die Crew. Janeway antwortet, dass dieser durch eine Schutzimpfung begegnet werden soll. Er arbeitet auf der Brücke, als das Schiff die Wellenfront durchfliegt. Nach einiger Zeit, sucht er Janeway auf dem Holodeck auf und besucht später Neelix. Nachdem er wieder im Dienst ist, holt er bei Seven of Nine die neuesten Sensordaten ab und zeigt sie Janeway. Auf der Brücke, unterhält er sich mit Janeway über ihre Holodeckaktivitäten und freut sich darüber, dass sie auf dem Holodeck Spaß hat. Als man die Wellenfront schon fast verlassen hat, verstärkt sich diese wieder. Nachdem das umgekehrte Warpfeld, welches als Anker fungierte, versagt, lässt Chakotay die Manövriertriebwerke aktivieren um das Schiff zu stabilisieren. Jedoch bleibt diese Maßnahme ergebnislos. Daher will er den Deflektor aktivieren, um sich einen Weg durch die Wellenfront zu schneiden. Janeway stimmt diesem Plan zu und die ''Voyager'' kann den Sturm verlassen. ({{VOY|Fair Haven}})
Wenig später trifft man auf einen Planeten, auf dem die Zeit schnell vergeht und wird in dessen Orbit gefangen. Gemeinsam mit Captain Janeway und Seven of Nine analysiert er im astrometrischen Labor ihren Status. Anschließend startet er mit B'Elanna Torres im Maschinenraum eine Sonde, um Aufnahmen vom Planeten zu machen. Sie erkennen, dass der Planet die Industrialisierung durchläuft. Wenig später empfängt er mit Seven of Nine in der Astrometrie ein Funksignal von Astronomen des Planeten. Als man diese empfängt, ist der Absender allerdings bereits hundert Jahre tot. Man entschließt sich den Doktor herunterzuschicken. Dazu suchen Chakotay und Kim einen geeigneten Landungsort aus. Nachdem der Rücktransport des Doktors misslingt, scannt er mit Kim und Seven of Nine nach dem MHN und ermöglicht so den Rücktransport des Doktors. Als die ''Voyager'' wenig später mit Antimaterietorpedos angegriffen wird, informiert er den an Bord gekommenen Astronauten [[Gotana-Retz]], dass sie sein Volk nicht rufen können. Paris' Vorschlag das Feuer zu erwidern, lehnt er ab. Retz wird zurückgeschickt und kann erreichen, dass Schiffe gebaut werden, die die ''Voyager'' aus dem Orbit ziehen. ({{VOY|Es geschah in einem Augenblick}})
Nachdem die ''Voyager'' von dem [[Qomar]] auf ihre Heimatwelt eingeladen wird, entdeckt man, dass im Orbit eine Vielzahl von Raumschiffen und Raumstationen vorhanden sind. Chakotay wirft daher die Frage auf, ob die Qomar ihre Anwesenheit bei diesem Chaos überhaupt bemerkt haben. Jedoch wird das Schiff bereits im nächsten Augenblick von den Qomar gerufen. Sie wollen über den Verkauf des MHN verhandeln, was Janeway jedoch ablehnt. Stattdessen bietet sie den Qomar ein Konzert an, dass sich auch Chakotay anhört. ({{VOY|Der Virtuose}})
[[Datei:Debatte über die Zukunft des Mahnmals.jpg|thumb|Chakotay plädiert für eine Deaktivierung des Obelisken.]]
Später ist er Mitglied eines Außenteams, dass mit dem ''Delta-Flyer'' Vorräte sammelt. Dabei besucht er auch den Planeten [[Tarakis]] und durchlebt, wie auch der Rest des Außenteams, die Erinnerungen an ein [[Massaker]] auf diesem Planeten, welches vor 300 Jahren stattfand. Chakotay sieht sich dabei als Soldat, der in ein Gefecht verwickelt wird und dabei Zivilisten tötet. Als er seinen Kommandanten [[Saavdra]] nach Befehlen fragt, lässt dieser weiterfeuern. Nachdem er diese Erinnerungen in einem Traum durchlebt, weckt ihn Tuvok über Interkom und ruft ihn ins Kasino, da es dort einen SIcherheitsbruch gibt. Im Kasino hat sich Neelix verbarrikadiert, da er denkt, er werde angegriffen. Chakotay erkennt, dass der Talaxianer das gleiche Trauma durchlebt, wie er selbst und kann ihn überzeugen, dass die Kämpfe vorbei sind und einige Soldaten nur Freudenschüsse abgeben. Daraufhin lässt Neelix Naomi frei. Bei einer Besprechung versuchen sie die Ereignisse zu rekonstruieren. Chakotay berichtet dabei von einer Besprechung mit Saavdra, wobei er darauf hinwies, dass die Einheit übermüdet ist. Jedoch bestand Saavdra darauf, dass diese Mission durchgeführt wird. Bei der Evakuierung der Kolonisten wurden sie von einigen Bewaffneten angegriffen und erwiderten das Feuer. Im Chaos der Schlacht erschossen sie auch die Zivilisten, die in Panik durcheinanderliefen. Chakotay berichtet, dass sie 82 Zivilisten in dieser Nacht töteten und niemand überlebte. Gemeinsam mit Janeway und Seven of Nine analysiert er die Sensordaten des Delta-Flyers, um eine Antwort auf ihre Fragen zu finden. Im Orbit des Planeten angekommen, beamt er mit einem Außenteam herunter und sucht nach Spuren des Massakers. Gemeinsam mit Janeway findet er einen Obelisken. Dieser sendet die Erinnerungen aus. Er plädiert dafür, den Transmitter zu deaktivieren. Jedoch entschließt sich Janeway stattdessen eine Warnboje auszusetzen. ({{VOY|Das Mahnmal}})
Kurz darauf durchfliegt die ''Voyager'' einen [[J-Klasse-Nebel]], um dort ihre Deuteriumvorräte aufzufüllen. Jedoch gelangt dabei eine [[elektromagnetische Lebensform]] an Bord des Schiffes. Da die Lebensform in den Nebel zurück will übernimmt sie die Kontrolle über die Systeme der ''Voyager''. Chakotay meldet dem Captain die dadurch entstandenen Schäden. Wenig später häufen sich seltsame Vorfälle und Chakotay befiehlt, eine Diagnose der Schiffssysteme zu machen. Weil der Maschinenraum nicht antwortet, begibt sich Chakotay dorthin. Auf dem Weg, stürzt er mit dem Turbolift ab, ehe sich dieser wieder fängt. Sobald er den Maschinenraum erreicht, informiert ihn Torres, dass die Fehlfunktionen von einer Reihe von defekten Gelpacks verursacht werden. Gemeinsam untersuchen sie die Gelpacks und stellen fest, dass sie noch intakt sind. Auf dem Rückweg zum Maschinenraum, treffen sie auf Neelix und einige Verletzte, die sie zur Krankenstation eskortieren. Nachdem man erkennt, dass die Fehlfunktionen von einer Lebensform ausgelöst werden, vermutet Chakotay den Angriff einer feindlichen Spezies. Jedoch versucht Janeway mit der Lebensform zu kommunizieren. Wenig später deaktiviert die Lebensform die Lebenserhaltung und Chakotay verlässt mit der restlichen Besatzung das Schiff, während Captain Janeway an Bord bleibt. Nachdem Janeway eine Übereinkunft mit der fremden Lebensform getroffen hat, bleibt diese in einer Sektion auf Deck 12 und die Crew kann aufs Schiff zurückkehren. ({{VOY|Der Spuk auf Deck Zwölf}})
[[Datei:Chakotay befiehlt Torres das Kommando auf der Voyager zu übernehmen.jpg|thumb|Chakotay übergibt Torres das Kommando, während er die Tsunkatse-Kämpfe besucht.]]
Während eines Landurlaubs auf [[Norcadia Prime]] besucht er mit B'Elanna Torres die Tsunkatsekämpfe und ist von der Kampftechnik begeistert. Als Janeway zu einer Außenmission nach Tendari aufbricht, hat er das Kommando auf dem Schiff, reicht es jedoch an Torres weiter, um die Tsunkatsekämpfe sehen zu können. Später unterhält er sich mit Kim, Paris und Torres über diesen Sport. Anschließend teilt er Torres mit, dass er die Dienstpläne umgestellt aht und sie die Brücke hat, während Chakotay anthropologische Studien über das kulturelle Phänomen Tsunkatse durchführt. Mit Neelix, Paris und Kim besucht er einen Kampf und ist entsetzt, als sie feststellen, dass Seven of Nine gezwungen wird, in der Arena zu kämpfen. Er kontaktiert daraufhin Torres und befiehlt Seven aus der Arena zu beamen. Jedoch kann Torres kein Lebenszeichen erfassen, da der Kampf nur übertragen wird. Chakotay lässt das Außenteam daraufhin zurückbeamen und informiert Janeway. Man beginnt eine Suchoperation und Neelix versucht über diplomatische Kanäle an Informationen zu gelangen. Nach seiner Rückkehr muss er jedoch Chakotay berichten, dass von offizieller Seite keine Hilfe zu erwarten ist. Nachdem es Torres gelingt, den Ursprung der Übertragung auf einem Schiff zu lokalisieren, lässt er eine Nachricht an den Captain schicken und einen Abfangkurs setzen. Als Penk sich weigert Tuvok und Seven of Nine zu übergeben, befiehlt Chakotay den Angriff. Nachdem Tuvok, Seven of Nine und auch ein Hirogen befreit werden können, werden sie auf der Krankenstation behandelt. Dort informiert Chakotay den Hirogen, dass sie einen Jagdtrupp seines Volkes lokalisiert haben, der einem Rendezvous zugestimmt hat. Dafür bedankt sich der Hirogen. ({{VOY|Tsunkatse}})
Als auf der ''Voyager'' die Erste [[Jahr|jährliche]] [[Voyager-Wissenschaftsausstellung]] veranstaltet wird, betrachtet er mit Kathryn Janeway, B'Elanna Torres und Seven of Nine die Exponate. Wenig später nimmt man Kontakt mit den Brunali auf und übergibt Icheb seinen Eltern. Bald darauf ergeben sich allerdings Unstimmigkeiten in der Geschichte, welche diese erzählten und kehrt zum Planeten zurück. Dort angekommen, entdeckt Chakotay ein Transportschiff mit Ichebs Lebenszeichen, dass sich scheinbar mit Warp 9,8 fortbewegt. Anschließend befiehlt er Icheb an Bord zu beamen, was allerdings an einer Interferenz scheitert. ({{VOY|Icheb}})
Nachdem Seven<nowiki> </nowiki>of Nines Effizienzanalyse ergibt, dass besonders drei Crewman Probleme haben, effizient zu arbeiten, stellt Janeway fest, dass diese Offiziere auch noch nie auf einer Außenmission waren. Chakotay meint, dass Harren nie antritt, Celes die Leistungsanforderungen nicht erfüllt und Telfer immer vom Doktor krankgeschrieben wird. Chakotay will sie daher vom Dienst befreien und ihren Interessen nachgehen lassen. Janeway begibt sich auf eine Außenmission mit den Offizieren. Dabei werden sie von einer Dunkle-Materie-Lebensform angegriffen und werden nach einem Angriff bewusstlos. Die ''Voyager'' kann sie retten und Chakotay ist bei Janeway als sie erwacht und teilt ihr mit, dass es allen gut gehe. ({{VOY|Der gute Hirte}})
Da sich einige Betrüger als Crewmitglieder der ''Voyager'' ausgeben und ihre Handelspartner bestehlen, nimmt [[Orek]] mit ihnen Kontakt auf. Er fordert Dilithium zurück, dass Janeway<nowiki> </nowiki>angeblich gestohlen haben soll. Er präsentiert ihnen eine visuelle Aufzeichnung, die das belegen soll. Mit Orek kommen sie überein, die Fremden, die sich als Crew der ''Voyager'' ausgaben, zu verfolgen. Letztlich gelingt es die Betrüger aufzuspüren und zu verhaften. ({{VOY|Lebe flott und in Frieden}})
Weil bei einer Außenmission der Warpantrieb des ''Delta Flyers'' beschädigt wird, informieren Torres und Kim Chakotay über Subraumfunk darüber. Man leitet eine Such- und Rettungsaktion ein. Dabei trifft man auf ein Transportschiff, dass vor zehn Tagen den Notruf des ''Delta Flyers'' auffing, aber dessen Position nicht bestimmen konnte. Chakotay informiert darüber umgehend den Captain und leitet eine Suche nach dem L-Klasse-Planeten ein, auf dem Torres notlanden wollte. Als Tuvok bei der Suchaktion das Kommando auf der Brücke hat und vorübergehend einschläft, fordert er Chakotay als Ablösung an. ({{VOY|Die Muse}})
Als das Schiff einen Klasse-J-Nebel erreicht, arbeitet er auf der Brücke. Man entschließt sich dort die einige Monate zuvor aufgenommene Lebensform freizulassen. ({{VOY|Der Spuk auf Deck Zwölf}})
[[Datei:Chakotay befehligt die Voyager beim Kampf gegen den taktischen Kubus.jpg|thumb|Chakotay befehligt die ''Voyager'' beim Kampf gegen den taktischen Kubus]]
Bald darauf erscheint Tom Paris 22 Sekunden zu spät zum Dienst, weshalb ihn Chakotay zu seiner Konsole schickt und ihm folgt. Dort findet Paris ein Kästchen und Chakotay befiehlt ihm, es zu öffnen. Der Steuermann findet darin einen Rangpin vor, den Janeway ihm an den Kragen heftet und ihn so zum Lieutenant J.G. befördert. Augenblicke später piept die Konsole und Chakotay sieht die empfangenen Daten an. Er meldet dem Captain, dass sie gerade eine Trägerwelle ohne Nachricht empfangen haben. Nachdem man den Ursprungsort erreicht hat, stellt man fest, dass eine fremde Kolonie von den Borg zerstört wurde. Anschließend geht man auf den alten Kurs, jedoch hat Seven plötzlich in ihrem Regenerationszyklus Kontakt mit einer Gruppe abtrünniger Borg, die sich an einem virtuellen Ort, namens [[Unimatrix Zero]] aufhalten. Daher besprechen die Führungsoffiziere, die Situation und wie sie dieser Rebellengruppe helfen können. Captain Janeway sucht mittels einer Gedankenverschmelzung selbst Unimatrix Zero auf und spricht mix Axum. Als die Borg gerade zu diesem Zeitpunkt angreifen, tötet Janeway eine Drohne. Nach ihrer Rückkehr auf die ''Voyager ''spricht sie mit Chakotay und fragt ihn nach seiner Meinung, ob sie den abtrünnigen Borg helfen sollen. Er teilt ihre Meinung, dass sie auf diese Weise die Borg bekämpfen sollten und informiert die Crew. Man schmiedet einen Plan und Captain janeway fasst den Entschluss allein einen Borg-Kubus anzugreifen und das Virus freizusetzen. Dies wollen die anderen Offiziere aber nicht akzeptieren, weshalb Chakotay beim Captain durchsetzt, dass Tuvok und Torres sie begleiten werden. In diesem Augenblick beginnt das Licht zu flackern und Kim meldet, dass jemand versucht in ihr Komsystem einzudringen. Es ist die Borgkönigin, die versucht Kontakt aufzunehmen. Danach fragt Chakotay, was die Königin vorhat, worauf Janeway antwortet, dass sie besorgt ist. Beim Angriff auf den Kubus kommandiert Chakotay die ''Voyager''. Er befiehlt Paris nah am Kubus zu bleiben, bis das Außenteam seine Mission erfüllt hat. Nachdem das Außenteam assimileirt wurde, gibt er den Befehl zum Rückzug. ({{VOY|Unimatrix Zero, Teil I}})
Als Tom Paris und Harry Kim wenig später vorschlagen mit dem ''Delta Flyer II'' an der [[Antarianische Transstellarrallye|antarianischen Transstellarrallye]] teilzunehmen, ist er zunächst skeptisch. Nachdem der Captain die Teilnahme zugesagt hat, ist er auch bei deren Gesprächen mit [[Botschafter]] [[O'Zaal]] anwesend. Später beobachtet er das Rennen mit Janeway und weiteren Crewmitgliedern in der Astrometrie. Auf der Brücke verfolgt er dann Neelix' Rennreportage. ({{VOY|Das Rennen}})
[[Datei:Chakotay übernimmt mit den Maquis die Voyager.jpg|thumb|Chakotay übernimmt mit seinen Maquis die ''Voyager'']]
Nachdem [[Tabor]] bewusstlos auf dem Holodeck entdeckt wird, fragt der Doktor, ob er in den letzten Wochen an Außenmissionen teilgenommen und dabei gefährlichen Substanzen ausgesetzt war. Chakotay sieht daher Tabors Dienstplan ein. Kim findet unterdessen heraus, dass Jemand die Sensorlogbücher des Holodecks manipuliert hat, was Chakotay dem Captain mitteilt. Anschließend macht er eine Diagnose der internen Sensoren des Schiffs. Wenig später finden sie Jor bewusstlos im Kasino. Chakotay erkennt, dass alle Opfer ehemalige Maquis sind und informiert Janeway darüber. Daraufhin gehen die Maquis nur noch in Zweiergruppen durch das Schiff. Wenig später entdecken er und [[~/Person/VOY/7x04/1|eine Kollegin]] jedoch Chell allein im Flur. Dieser berichtet, dass Torres allein in Frachtraum 2 gegangen ist. Daraufhin schickt Torres seine Begleitung mit Chell mit und geht selbst dorthin. Er findet Torres bewusstlos vor und trifft Tuvok an, der meint, es sei eine heilige Zeit. Daraufhin greift dieser Chakotay an und betäubt auch diesen, ehe er die Sicherheit zu Hilfe rufen kann. Er macht eine Gedankenverschmelzung mit Chakotay, durch welche dieser ins Koma fällt. Nach 29 Stunden erwacht er wieder und erfährt von Janeway, dass sie nicht wissen, warum sie sich erholt haben. Sie zeigt ihm auch den Brief, welchen Tuvok erhielt und in dem eine Nachricht versteckt war, die Tuvoks neurale Bahnen beeinflussen sollte. Er erkennt den Mann auf der Aufzeichnung: Es ist [[Teero Anaydis]],ein bajoranischer [[Vedek]] im Maquis, der hinausgeworfen wurde, weil er Gedankenkontrolle zur Agentengewinnung einsetzen wollte. Chakotay erwähnt auch, dass Teero drohte, sich zu rächen. Als er mit Seven of Nine in der Astrometrie arbeitet wird er von Tuvok gerufen, der ihm die bajoranische Beschwörung nennt. Daraufhin verlässt Chakotay zielstrebig die Astrometrie und aktiviert bei den anderen Maquis durch Aufsagen der Beschwörungsformel eine Konditionierung. Dadurch meutern die Maquis und versuchen das Schiff zu übernehmen. Chakotay bringt Janeway selbst in die Arrestzelle. Dort schließt sich ihm Tuvok an. Anschließend lässt er Kurs auf einen Planeten der M-Klasse setzen, um die Sternenflottencrew aussetzen zu können. Um Tuvoks Loyalität zu testen, lässt er Captain Janeway hereinbringen und gibt dem Vulkanier einen Phaser und sagt ihm, dass dieser auf "Töten" gestellt ist. Tuvok feuert den defekten Phaser ab und Janeway bleibt unverletzt. Chakotay ist nun von Tuvoks Loyalität überzeugt, jedoch betäubt ihn der Vulkanier, sobald sie allein auf der Brücke sind und initiiert eine Gedankenverschmelzung. Dadurch wird Teeros Kontrolle über Chakotay gebrochen und die Rebellion endet. Anschließend besucht er mit einem großen Teil der Crew das Holodeck und sieht dort einen Film. ({{VOY|Verdrängung}})
Wenig später nimmt man Kontakt mit den Annari auf und Janeway führt mit Chakotay deren Captain [[Geral]] durch das Schiff. Nachdem die Annari die Voyager aus dem Raum eskortieren, meldet er das Abdrehen ihrer Eskorte und begibt sich mit Paris zur Shuttlerampe. ({{VOY|Nightingale}})
[[Datei:Janeway versucht Donik zu beruhigen.jpg|thumb|Chakotay begleitet Janeway zu ihrem Gespräch mit Donik.]]
Nachdem der Doktor zu einem [[Symposium]] der [[Ovioner]] eingeladen wird, lehnt Chakotay dessen Bitte um Urlaub ab, da das ovionische System zu weit hinter ihnen liegt und sie sonst auf ihn warten müssen. Während er seine Entscheidung noch dem Doktor erklärt, wird er auf die Brücke gerufen, weil man einen Notruf der Hirogen empfangen hat. Nachdem man die Quelle des Notrufs, eine Raumstation, erreicht, analysiert er die Sensordaten und stellt fest, dass es sich um eine Einrichtung der Hirogen handelt. Chakotay vermutet zunächst eine Falle, was Janeway jedoch nicht glaubt. Sie schickt Chakotay daher mit einem Außenteam auf die Station. Dort entdecken sie eine Vielzahl toter Hirogen, die mit Waffen aus dem Alphaquadranten getötet wurden. Sie orten jedoch auch ein Hirogen-Lebenszeichen in einer Höhle und nähern sich dieser. Jedoch werden sie von dem Überlebenden, [[Donik]], beschossen, da dieser glaubt, sie wären Hologramme, die ihn töten wollen. Nachdem es Tuvok gelingt diesen, mit dem vulkanischen Nackengriff auszuschalten, wird er auf die Krankenstation gebeamt. Das Außenteam entdeckt inzwischen den Hologenerator der Anlage und deaktiviert ihn. So entdeckt man eine Vielzahl von Leichen getöteter Hirogen. Chakotay berichtet Janeway davon und äußert die Vermutung, dass dies von der Holotechnologie stammt, die sie den Hirogen vor drei Jahren überließen. Auf der Krankenstation informiert er mit Janeway Donik über seine Situation. Anschließend kommen Janeway und der Alpha überein, die Hologramme gemeinsam zu jagen. Wegen dieser Entscheidung suchen Chakotay und Tuvok bald darauf Janeway in ihrem Bereitschaftsraum auf. Sie haben Bedenken, wegen Janeways Entscheidung an dieser Jagd teilzunehmen. Janeway überzeugt sie jedoch mit dem Argument, dass sie mitverantwortlich sind und, dass sie weitere Opfer vermeiden wollen. Durch einen Hinterhalt der Hologramme, wird das Hirogenschiff schwer beschädigt und verliert seine Lebenserhaltung. Die Überlebenden werden daher an Bord der ''Voyager'' gebeamt. Gleichzeitig greift das Raumschiff der Hologramme die ''Voyager'' an. Tuvok will die Schutzschilde reaktivieren, was ihm jedoch von Chakotay untersagt wird, da der Transport der Hirogen noch nicht abgeschlossen ist. Wenig später transferieren die Hologramme das Programm des Doktors auf ihr Schiff. Chakotay kann nur noch melden, dass das Schiff auf Warp gegangen ist. Man entwickelt anschließend einen Plan, um die Hologramme zu deaktivieren. Als man das Schiff der Hologramme erreicht, meint Chakotay, dass sie ihren Plan nur ausführen können, wenn die Schilde des Schiffs ausfallen. Da der Doktor sich jedoch auf das Schiff der Hologramme beamt, scheitert der Plan. ({{VOY|Fleisch und Blut, Teil I}})
Wenig später wird die ''Voyager'' von einem alten klingonischen Schlachtkreuzer angegriffen. Nachdem man diesen kampfunfähig geschossen hat, ist dessen Captain [[Kohlar]] zu Verhandlungen bereit und kommt an Bord. Dabei überreicht ihm Chakotay eine Kopie der [[Khitomer-Abkommen|Khitomer-Verträge]], um ihn davon zu überzeugen, dass Frieden zwischen dem Klingonischen Reich und der Föderation herrscht. Jedoch ist der Klingone mehr an Torres' ungeborenem Kind interessiert, dass er für die [[Kuvah'Magh]] hält. Wenig später stellt sich heraus, dass die Klingonen am [[Nehret]], einer tödlichen Krankheit leiden und auch Torres und ihr Baby infiziert sind. Dadurch bekommen viele Klingonen Zweifel, ob Torres' Kind die Kuvah'Magh ist und beschließen die ''Voyager'' zu übernehmen, um ihre Suche fortzusetzen. Chakotay wird dabei von T'Greth im Transporterraum niedergeschlagen. Der Übernahmeversuch wird vereitelt und der Doktor kann wenig später ein Gegenmittel erzeugen, weshalb die Klingonen sich auf einem Klasse-M-Planeten ansiedeln. ({{VOY|Die Prophezeiung}})
