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Kurze Zeit später entdeckt man [[Terrasphäre 8]], eine Trainingsanlage von Spezies 8472, in der die Invasion der Erde vorbereitet wird. Chakotay und Tuvok infiltrieren die Anlage, um an Informationen zu gelangen. Chakotay, der sich als "[[Jason Hayek]]" ausgibt, macht dabei viele Aufnahmen mit seiner Holobildkamera. Auch nimmt er Kontakt zu "[[Boothby (Spezies 8472)|Boothby]]" und "[[Valerie Archer]]" auf und gelangt so an Informationen. Als er mit Tuvok zum Schiff zurückkehren will, werden sie von "[[David Gentry]]" gestellt. Jedoch kann Tuvok ihn betäuben und sie kehren mit Gentry zur ''Voyager'' zurück. Es stellt sich heraus, dass David Gentry ein Mitglied von Spezies 8472 ist. Daraufhin bespricht Chakotay das weitere Vorgehen mit den Führungsoffizieren, und entschließt sich wieder auf die Terrasphäre zu gehen. Bei einem gemeinsamen Abendessen, sammelt er weitere Informationen von Archer. Diese schöpft dabei jedoch Verdacht und nimmt eine DNA-Probe von Chakotay, um diese zu testen. Anschließend lässt "Boothby" Chakotay verhaften. "Boothby" und "Archer" verhören ihn. Nachdem sich die ''Voyager'' nähert, versucht er Archer zu überzeugen, dass sie eine friedliche Lösung finden können. In Verhandlungen können sie einen Waffenstillstand erreichen. ({{VOY|In Fleisch und Blut}})
Nachdem der Kontakt zum Deltaflyer verloren geht, besprechen die Führungsoffiziere die Vorbereitung einer Rettungsaktion. Nachdem man das Schiff auf einem Planeten entdeckt hat, bereitet er mit den Offizieren eine Bergung vor. Mit Kim beamt er herunter, um den Flyer näher zu untersuchen. Nachdem sie den Flyer lokalisiert haben, lässt er zwei Phaserbohrer in Stellung bringen, um den Flyer freizulegen. Auf diese Weise kann der Flyer geborgen werden und alle werden auf die ''Voyager'' zurückgebeamt. ({{VOY|Es war einmal}})
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