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Wenig später feiert er mit den anderen Führungsoffizieren und der Besatzung die Beförderung von Tuvok zum Lieutenant-Commander im Kasino. Später bespricht er mit Kim den DIenstplan, da dieser nicht mit Seven an einem Projekt weiterarbeiten möchte. Er verdeutlicht ihm, dass er und Seven ein gutes Team sind und an diesem Projekt weiterarbeiten werden. ({{VOY|Der Isomorph}})
Bei den Verhandlungen über eine Passage durch den Raum der [[B'omar]], verhandelt er mit Janeway und Paris mit [[Kanzler]] [[GaumanGaumen (B'omar)|Gaumen]]. Während der Verhandlungen greift Seven of Nine Neelix an und versucht zur Shuttlerampe zu gelangen. Chakotay übernimmt die Taktische Station, als sich Tuvok mit einem SIcherheitsteam zu ihr begibt. Wenig später versiegelt er Deck 6, was Seven jedoch nicht aufhält. Auch bei Sevens weiterem Weg verfolgt er sie mit den Sensoren. Er lässt Kim alle Energie in die Kraftfelder auf Deck 10 leiten, was Seven jedoch nicht aufhalten kann. Anschließend entscheiden die B'omar der ''Voyager'' keine Passage zu gestatten und Chakotay bringt die Delegierten in den Transporterraum. Wenig später informiert er Janeway, dass die B'omar ihre Patrouillienschiffe verdoppelt haben. Im Gespräch mit Janeway, meint er, dass sie sich möglicherweise dem Kollektiv wieder anschließen will. Janeway widerspricht dem jedoch. Wenig später informiert sie der Doktor, dass sich ein Teil der Borgtechnologie in Sevens Körper reaktiviert hat. Als Janeway erkennt, dass Sevens Verhalten durch die Nähe zu ihrem ursprünglichen Schiff, der [[USS Raven|USS'' Raven'']], verursacht wird, scannt er nach diesem. Nachdem sie es entdeckt haben und feststellen, dass es von drei B'omarschiffen angegriffen wird. Chakotay übernimmt die taktische Station und schießt die B'omarschiffe kampfunfähig. ({{VOY|Der schwarze Vogel}})
Wenig später ruft er Captain Janeway auf die Brücke, als man binäre Pulsare entdeckt. Er soll deren Untersuchung leiten, da sich Janeway zu angespannt dafür fühlt. Während er in seinem Quartier arbeitet, beginnen seine Hände plötzlich zu zittern und er verliert seine Haare. Eine Untersuchung des Doktors ergibt, dass er an einer rapiden Beschleunigung des Alterungsprozesses leidet. Anschließend unterhält er sich mit Neelix darüber, wer von beiden mehr Einschränkungen unterliegt. ({{VOY|Verwerfliche Experimente}})
