Seit der Begründung der irdischen [[Sternenflotte (Erde)|Sternenflotte]] hat diese Institution viele typische Traditionen und Bezeichnungen aus der Geschichte der Seefahrt übernommen. Dazu gehören beispielsweise Namen wie "Trockendock", die Kommandostruktur und deren [[Rang|Dienstgrade]], sowie die klassische Taufe eines Schiffes, kurz bevor es offiziell vom Stapel läuft. Als z.B. die [[USS Enterprise (NCC-1701-B)|USS ''Enterprise''-B]] im Jahr [[2293]] vor ihrem [[Jungfernflug]] steht, wurde kurz davor eine alte Flasche [[Champagner ]] am Rumpf des neuen Schiffes zerschlagen (''"[[Star Trek: Treffen der Generationen]]"''{{Film|7}}).

Im [[22. Jahrhundert]] existiert bereits eine "Vorform" der Sternenflotte in Form der [[Sternenflotte (Erde)|Erd-Sternenflotte]]. In Aufbau und Funktion ist sie der späteren Version sehr ähnlich. Erst mit der Entwicklung des [[NX-Programm]]s gelingt es der Sternenflotte eine Möglichkeit zu entwickeln das [[Sol-System]] verlassen zu können. Im Laufe der Zeit werden zahlreiche [[Erstkontakt]]e etabliert und legen letztlich den entscheidenen Grundstein für die spätere Gründung der [[Föderation]]. Als schließlich im Jahre [[2161]] diese gegründet wird, übernimmt die neue Sternenflotte auch die Pflichten und Aufgaben der [[UESPA]] und ihrer ehemaligen Vorgängerin, der Erd-Sternenflotte. Desweiteren werden auch die gesamten Flottenverbände der [[Andorianer]], [[Vulkanier]] und [[Tellarit]]en in die neue Sternenflotte integriert. Parallel dazu werden neue Stellen und Positionen geschaffen und mit dem erforderlichen Personal besetzt (''[[{{ENT]]: "[[|Stunde Null]]"''}}).

Im [[23. Jahrhundert]] setzt die [[Föderation]] ihre Expansionspolitik fort, während die Sternenflotte viele neue Technologien ([[Isolinearer Chip]], leistungsfähigere [[Schutzschild]]e, usw.) und [[Liste der Schiffsklassen der Föderation|Schiffsklassen]] erforscht bzw. konstruiert. Allerdings entsteht auch eine langfristige Auseinandersetzung mit dem [[Klingonisches Imperium|klingonischen Reich]], die erst im Jahr [[2293]] mit der historischen [[Konferenz von Khitomer]] beendet wird (''"[[Star Trek VI: Das unentdeckte Land]]"''{{Film|6}}).

Im [[24. Jahrhundert]] steht die Sternenflotte ihrer bisher härtesten Bewährungsprobe gegenüber. Grund dafür sind zahlreiche militärische Auseinandersetzungen mit den [[Borg]], dem [[Klingonisches Imperium|klingonischen Reich]], dem [[Dominion]], sowie viele weitere Konflikte. Ob die Sternenflotte alleine in der Lage gewesen wäre diese militärischen Konflikte zu lösen ist fraglich, doch haben starke diplomatische Bemühungen oftmals Allianzen und Bündnisse schmieden können, die zumindest den jeweiligen Krieg über andauerten. Als den verlustreichsten Einschnitt in den Schiffsbestand ist der langanhaltende [[Dominion-Krieg]] zu sehen, obgleich die [[Borg]] bei einem ernsthaften Konflikt wahrscheinlich noch verherrendere Auswirkungen hätten (''"[[Star Trek: Der erste Kontakt]]"{{Film|8}}; [[{{DS9]]: "[[|Das, was du zurückläßt, Teil II]]"}}; [[{{TNG]]: "[[|Angriffsziel Erde]]"''}}).

Im [[29. Jahrhundert]] hat es sich die Sternenflotte zur Aufgabe gemacht, neben ihrer primären Aufgabe das [[Universum]] zu erforschen, auch den linearen Zeitverlauf zu überwachen. Der Hauptgrund für die Einführung dieses neuen Arbeitszweiges der Sternenflotte ist die Tatsache, das es in der Zukunft mehrere verschiedene [[Rassen und Kulturen|Völker]] geschafft haben temporale Technologie zu entwickeln mit dem Bestreben, diese dann auch in der Praxis einzusetzen. Somit sind sie in der Lage, sich ebenfalls in beide Richtungen des Zeitverlaufes fortbewegen zu können. Am Anfang existiert jedoch noch keine gemeinsame Kontrollinstanz, die dazu imstande gewesen wäre für die notwendige Sicherheit zu sorgen. Erst später realisieren die einzelnen Völker, das dringend Gesetze geschaffen werden müssen um eine Gefahr des Mißbrauchs auszuschließen (''[[{{ENT]]: "[[|Der kalte Krieg]]"''}}).<br />Um für die notwendige Sicherheit zu sorgen, stehen der Sternenflotte hochmoderne [[Zeitschiff]]e zur Verfügung, darunter auch die [[Wells-Klasse|''Wells''-Klasse]]. Alle Schiffe dieses Typs sind mit der nötigen Technologie ausgerüstet, den Zeitverlauf permanent überwachen zu können. Sobald eine temporale Veränderung lokalisiert worden ist, beauftragt die Sternenflotte ein Zeitschiff diese Veränderungen durch Einsatz spezieller Maßnahmen zu eliminieren (''[[{{VOY]]: "[[|Zeitschiff Relativity]]"''}}).

Nach einem langen und harten Krieg mit dem [[Klingonisches Imperium|klingonischen Reich]] kann im Jahr [[2293]] durch die historische [[Konferenz von Khitomer]] ein dauerhafter Friedensvertrag zwischen den beiden [[Regierung und Politik|Großmächten]] des [[Alpha-Quadrant]]en geschlossen werden. Zwar wird durch ein Attentat versucht, die Konferenz zu sabortieren, jedoch gelingt es [[Offizier]]en der Sternenflotte dies zu verhindern (''"[[Star Trek VI: Das unentdeckte Land]]"''{{Film|6}}).

In den [[2360er]] gelingt es [[Captain]] [[Rudy Ransom|Ransom]], das Volk der [[Yridianer]] ausfindig zu machen, die eigentlich als ausgestorben galten (''[[{{VOY]]: "[[|Equinox, Teil I]]"''}}).

Im Jahr [[2365]] entdeckt die [[USS Yamato|USS ''Yamato'']] den Standort der geheimnisvollen [[Heimatwelt]] der [[Iconianer]]. Diese alte Zivilisation galt als ausgestorben und in ferner Vergangenheit verlor sich ihre Spur. Anschließend entdeckt die [[USS Enterprise (NCC-1701-D)|USS ''Enterprise''-D]] Hinweise darauf, das einige Iconianer noch existieren könnten (''[[{{TNG]]: "[[|Die Iconia-Sonden]]"''}}).

Die USS ''Enterprise''-D löst [[2369]] ein altes Rätsel, indem sie entdecken, das alle großen Zivilisationen des [[Alpha-Quadrant]]en von einem einzigen [[Urhumanoide|Urvolk]] abzustammen scheinen (''[[{{TNG]]: "[[|Das fehlende Fragment]]"''}}). Parallel dazu entdeckt die neue [[Raumstation]] ''[[Deep Space 9]]'' das einzig existierende stabile [[Bajoranisches Wurmloch|Wurmloch]] im Quadranten. Es bildet eine direkte Verbindung zum entfernten [[Gamma-Quadrant]]en (''[[{{DS9]]: "[[|Der Abgesandte, Teil I]]"''}}).

Obwohl die historische [[Schlacht von Wolf 359]] im Jahr [[2367]] als Tragödie für die Streitkräfte der Sternenflotte endet, konnte doch ein Erfolg verzeichnet werden. Nachdem [[Vice Admiral]] [[J.P. Hanson]] getötet worden war gelingt es unter der Flottenführung von [[Captain]] [[Jean-Luc Picard]] den [[Borg-Kubus]] mit einem Trick zu zerstören (''[[{{TNG]]: "[[|Angriffsziel Erde]]"}}; [[{{DS9]]: "[[|Der Abgesandte, Teil I]]"''}}).

Im Jahr [[2373]] versucht ein weiterer Borg-Kubus die gesamte [[Mensch]]heit zu [[Assimilation|assimilieren]], was jedoch durch die erfolgreiche [[Schlacht von Sektor 001]] unterbunden werden kann (''"[[Star Trek: Der erste Kontakt]]"''{{Film|8}}).

Im Jahr [[2368]] versucht eine Flotte der Sternenflotte, die sich unter dem [[Kommandant|Kommando]] von Captain Picard befindet mit Hilfe eines [[Tachyongitter]]s herauszufinden, ob das abtrünnige [[Klingone|klingonische]] [[Haus des Duras]] durch Waffenlieferungen der [[Romulaner]] unterstützt wird. Der Plan gelingt und der [[Klingonischer Bürgerkrieg|klingonische Bürgerkrieg]] kann durch diese Enthüllung schließlich beendet werden (''[[{{TNG]]: "[[|Der Kampf um das klingonische Reich, Teil II]]"''}}).

Der größte militärische Erfolg stellt eindeutig der gewonnene [[Dominion-Krieg]] dar, auch wenn die Verluste der Sternenflotte und ihrer Verbündeten sehr hoch gewesen ist. Darunter zählen auch viele erfolgreiche militärische Operationen, wie beispielsweise die "[[Operation Rückkehr]]" (''[[{{DS9]]: "[[|Sieg oder Niederlage]]", "[[|Das, was du zurückläßt, Teil II]]"''}}).

:''In einer möglichen [[Alternative Zeitlinie|alternativen Zeitlinie]] kämpfen im [[26. Jahrhundert]] mehrere Schiffe der Klingonen und der Sternenflotte erfolgreich gegen die [[Sphärenbauer]]. Bekannt ist dieses Ereignis als die [[Schlacht von Procyon V]] ([[{{ENT]]: "[[Azati Prime (Episode)|Azati Prime]]"}}).

Trotz verlustreicher Erfahrungen in der Vergangenheit, wie beispielsweise der [[Dominion-Krieg]] oder die Abwehr eines angreifenden [[Borg-Kubus]] hat sich die Sternenflotte immer wieder erholt und ist jeweils gestärkt aus den vergangenen Ereignissen hervorgegangen. Durch die Erlebnisse der im [[Delta-Quadrant]]en gestrandeten [[USS Voyager|USS ''Voyager'']], oder auch der [[Enterprise (NX-01)|''Enterprise'' (NX-01)]], gab es mehrere Blicke in die entfernte Zukunft. Dadurch läßt sich erkennen, daß der Einfluß und auch die Stärke der zukünftigen Sternenflotte immens ansteigen wird (''[[{{VOY]]: "[[|Zeitschiff Relativity]]"}}; [[{{ENT]]: "[[Azati Prime (Episode)|Azati Prime]]"''}}).