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Danach verließ die ''Voyager'' den Raum der Kazon und konnte auf ihrem Weg in die Heimat endlich neue Welten erforschen. Piller war von diesem neuen Konzept nicht sehr begeistert er wollte die Serie so weiterführen wie sie bisher lief. Er konnte sich aber nicht gegen Taylor und Berman durchsetzen und verließ daraufhin die Serie als Produzent.
Für das Ende der dritten Staffel hatten sich die Produzenten etwas besonderes ausgedacht: {{Ee|Ein Jahr Hölle, Teil I}}. Die ''Voyager'' sollte von einem unbekannten [[Volk]], den [[Krenim]], angegriffen werden und schwer beschädigt durch die vierte Staffel fliegen. Einen kleinen Vorgeschmack bekamen die Zuschauer in der Folge {{Ee|Temporale Sprünge}}. Dort wurden die Krenim das erste Mal gezeigt. Es wurde auch angekündigt, dass die ''Voyager'' gegen Ende des Jahres deren Raum durchfliegen würde.
[[Datei:VOY-Crew Staffel 7.jpg|thumb|left|Die Voyagercrew ab der vierten Staffel.]]
Doch durch die weiter sinkenden Einschaltquoten änderte man das Konzept und man griff auf die altbekannten, beliebten Borg zurück. Dadurch, dass durch den achten Kinofilm sehr viele Borg-Requisiten zur Verfügung standen, konnte man die Borg leicht als festen Bestandteil in die Serie einbringen. Es wurde auch geplant, eine ehemalige Borg in die Voyagercrew zu integrieren. Sie sollte etwas mehr Sexappeal in die Serie bringen, um vor allem das männliche Publikum anzusprechen. Schließlich wurde bekannt, dass [[Jeri Ryan]] ab der vierten Staffel [[Seven of Nine]] spielen würde.
Damit es aber nicht zu viele Hauptrollen in der Serie gab, wurde eine Rolle aus der Serie gestrichen. Zuerst war geplant, den bis dahin farblosen Harry Kim sterben zu lassen. Da aber zu dieser Zeit Garrett Wang vom ''People's Magazine'' zu einen der 50 schönsten Menschen im Fernsehen gewählt wurde und somit gleichzeitig Werbung für die Serie machte, blieb die Rolle des Harry Kim erhalten. Somit fiel die Wahl auf die ebenfalls farblose Kes, Jennifer Lien verließ in der Folge {{Ee|Die Gabe}} die Serie. Allerdings sollte Lien noch ein Mal auf den Bildschirmen erscheinen, jedoch nicht ganz so freundlich, wie man von Kes gewohnt war.
Das neue Konzept hatte Erfolg. Während der vierten Staffel stiegen die Einschaltquoten wieder. Der Zweiteiler {{e|Das Tötungsspiel, Teil I}} & {{e|Das Tötungsspiel, Teil II}} wurde sogar als eigenständiger Film im Fernsehen gezeigt.
Für die fünfte Staffel wurde ein neues [[Shuttle]], der ''[[Delta Flyer]]'', in die Serie eingeführt. In dieser Staffel gab es auch ein Jubiläum, {{Ee|Temporale Paradoxie}} war die hundertste Folge. In dieser Episode hatte LeVar Burton einen Gastauftritt. Zum Ende der fünften Staffel wollte Kate Mulgrew aus der Serie aussteigen. Es war geplant, in der letzten Folge der fünften Staffel Janeway schwer zu verwunden und in der dritten Folge der sechsten Staffel an diesen Verletzungen sterben zu lassen. Die drei ersten Folgen der sechsten Staffel sollten ihr die Möglichkeit geben, sich von der Crew und den Fans zu verabschieden. Aber Mulgrew blieb der Serie weiter erhalten und der ''Voyager'' bis zur traditionellen siebten Staffel treu.
[[Datei:Heimkehr der Voyager.jpg|thumb|Die Voyager hat ihr Ziel nach sieben langen Jahren endlich erreicht.]]