Außerdem hat er als Kommandant natürlich weitgehende Befugnisse, in die Abläufe unter seinem Kommando einzugreifen. Als [[Kasidy Yates]] nach ihrem [[Gefängnis]]aufenthalt wegen der Unterstützung des [[Maquis]] zurück nach [[Deep Space 9]] kommt, bietet ihr Captain [[Benjamin Lafayette Sisko|Sisko]] [[Kasidy Yates Quartier|ihr altes Quartier]] wieder an. Kasidy wundert sich, dass das [[Quartier]] noch nicht wieder vergeben ist. Darauf erwiedert Benjamin, dass er einen guten Draht zum CO der Station hat. ({{DS9|Heilige Visionen}}) Tatsächlich ist Sisko natürlich bereits seit [[2369]] der befehlshabende Offizier auf Deep Space 9. ({{DS9|Der Besuch|Heilige Visionen}})

Einige Sonderfrequenzen und Codes der Sternenflotte sind nur für den Kommandanten bestimmt, z.B. der [[Code 47]] ({{TNG|Die Verschwörung}}) oder die Bestimmungen der [[Omega-Direktive]]. ({{VOY|Die Omega Direktive}})