Janeway ist außer sich vor Wut, da Chakotay die gesamte Kommandostruktur, sowie alle Prinzipien, an die er glaubt, unterwandert hat. Sie befiehlt Tuvok, die Sicherheitsmaßnahmen an Bord des Schiffes zu erhöhen, damit dies nicht wieder vorkommen kann. In einem Gespräch mit Torres, welche Partei für ihn ergreift, findet sie die Beweggründe für sein handeln heraus, kann dies aber weiterhin nicht gutheißen. Jedoch ist sie der Ingenieurin dankbar, dass sie ihr diese Einblicke verschafft hat und beschließt nun, entgegen dem Wunsch des Commanders, eine Rettungsaktion durchzuführen. Die riskante Aktion gelingt und Chakotay kann gerettet werden. Im darauffolgenden Gespräch zwischem dem Captain und dem Commander stellt sie unmissverständlich klar, dass sie ein solches Verhalten nicht erneut tolerieren wird. ({{VOY|Das Signal}})

Nachdem der Tausch vollzogen ist, wird die Gruppe um Janeway angegriffen. Neelix gelingt es, mit einer Probe der Substanz zu entkommen, jedoch wird der Captain verletzt und Torres und Tuvok werden gefangen genommen.

Sie erwacht im Haus eines Mannes namens [[Caylem]]. Dieser hält Janeway für seine, lange verloren geglaubte Tochter. Trotz intensiver Versuche des Captains, ihn vom Gegenteil zu überzeugen, beharrt dieser auf seiner Ansicht. Mit seiner Hilfe gelingt es ihr, in das streng bewachte Gefängnis der Stadt einzudringen und das Außenteam zu befreien. Dabei wird Caylem getötet. Janeway ist sichtlich getroffen von seinem Tod, da sie ihn mittlerweile ins Herz geschlossen hat. In den letzten Lebensmomenten gibt sie sich als seine Tochter aus und verspricht ihm, seine Frau aus dem Gefängnis zu befreien. Kurz darauf wird das Team zurück auf die ''Voyager'' gebeamt. ({{VOY|Die Resistance}})