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Bashir behandelt Jadzia Dax, [[Mora Pol]] und [[Weld Ram]], nach dem diese durch den Einfluss eines [[Gas]]es auf [[L-S VI]] verletzt worden sind. Später wird Mora Pol von einer unbekannten Kreatur, während er sich auf der Krankenstation befindet, angegriffen. Bashir wird auch von der Kreatur angegriffen, als er Mora Pol verteidigt. Später stellt sich heraus, dass Odo diese Kreatur ist. Durch den Einfluss des Gases von L-S VI verwandelt sich Odo unbewusst in diese Kreatur. ({{DS9|Metamorphosen}})
Kurz darauf werden Bashir und O'Brien von den [[T'Lani]] und [[Kelleruner]]n, gebeten bei der Vernichtung einer [[biologische Waffe|biologischen Waffe]], genannt [[Harvester]], zu helfen. Nach einer Woche harter Arbeit gelingt es den Wissenschaftlern diese Waffe zu vernichten. Nachdem die Harvester fast vollständig vernichtet worden ist, werden die Forscher angegriffen und getötet. Bashir und O'Brien gelingt es im letzten Moment zu entkommen und auf den Planeten [[T'Lani III]] zu beamen. Die Botschafter der T'Lani und der Kelleruner erklären die beide Offiziere für Tod und schicken eine Botschaft nach Deep Space Nine. Auf dem Planeten hat sich O'Brien mit der Harvester infiziert und droht zu sterben. Bashir tut alles um seinen Freund zu retten und versucht eine Nachricht nach Deep Space Nine zu schicken, in der Hoffnung dass beide gerettet werden. Sisko glaubt, dass an der Botschaft der T'Lani und der Kelleruner etwas faul ist und fliegt zu dem Planeten T'Lani III. Auf der Oberfläche werden Bashir und O'Brien von den Botschafter beider Völker gefunden. Diese wollen sie töten, da die beiden über die Harvester bescheid wissen. Im letzten Moment könne beide gerettet werden und werden von Sisko an Bord des Shuttles gebeamt. Die T'Lani und die Kelleruner greifen das Shuttle zwar an, aber Sisko kann entkommen. Nachdem Bashir und O'Brien fast gestorben währenwären, bemerken sie das dieses Erlebnis sie zusammen geschweißt hat und die beiden werden Freunde. ({{DS9|Das Harvester-Desaster}})
[[Datei:Bashir und Tain.jpg|thumb|left|Doktor Julian Bashir und Enabran Tain.]]
[[Datei:Bashir und Morn.jpg|thumb|Julian Bashir und Morn beim Dartspiel.]]
Einige Zeit später rettet Bashir das Leben von [[Rom]]. Quark hat seinen Bruder nicht medizinisch Behandeln lassen und an seiner Krankheit währe wäre Rom fast gestorben. Nachdem Quark seinen Angestellten den Lohn kürzt kommt es zu einem [[Streik]] im Quarks. Die Angestellten Kämpfen um ihre Forderungen nach mehr Lohn. Bashir und O'Brien wetten vor der Bar wer den Streik unterstützt oder die Bar besucht. Als Worf unerwartet die Bar besucht wollen die beiden ihn aufhalten. Es kommt zu einer kleinen Rangelei in der Bar und Bashir wird von Worf über den Tisch geworfen. Darauf werden die drei in eine [[Arrestzelle]] gebracht. Zur Strafe für dieses Verhalten lässt Sisko die drei über Nacht dort. In der Zwischenzeit geht Quark auf die Forderungen seines Bruders ein und der Streik wird beendet. ({{DS9|Der Streik}})
Als Keiko O'Brien nach einem Jahr auf Bajor nach Deep Space 9 zurück zieht, hilft Bashir O'Brien beim Aufräumen seines Quartiers. Da O'Brien sich nun um seine Familie kümmern muss hat er nun weniger Zeit für seinen besten Freund Bashir. Anstatt mit O'Brien verbringt Bashir seinen Dartabend mit Morn, aber das ist nicht das gleiche wie mit O'Brien. Auch Keiko bemerkt, dass es ihrem Mann schlecht geht bringt sie die beiden mit einem Trick wieder zusammen und die beiden treffen sich darauf wieder in der Holosuite. ({{DS9|Die Übernahme}})