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Nachdem O'Brien Leeta und Rom wieder zusammengebracht hat, Bashir stolz auf seinen Freund und bezeichnet O'Brien scherzhaft als [[Cupido]]. ({{DS9|Liebe und Profit}})
Einige Zeit später muss Bashir General Martok behandeln, welcher sich beim [[Training ]] in der Holosuite verletzt hat. Nachdem Worf und Dax vorübergehend auf die [[IKS Rotarran|IKS ''Rotarran'']] muss Bashir einige Aufgaben von Worf übernehmen. So ist Bashir vorübergehend für die Geheimdienstberichte auf der Station zuständig. ({{DS9|Martoks Ehre}})
Während einer Mission im Gamma-Quadrant will Dax einen [[Gaia|unbekannten Planeten]] erforschen. Ein den Planeten umgebendes [[Energiefeld]] verhindert [[Scan]]s aus größerer Entfernung und so fliegt die ''Defiant'' mit modifizierten [[Schilde]]n durch das Feld hindurch. Bei dem Durchflug durch das Energiefeld bekommt Major Kira eine [[Energie]]entladung ab und wird leicht verletzt. Bashir behandelt darauf Kira. Aber er kann für Kira nicht viel tun, er muss Kira nach Deep Space Nine bringen um sie dort zu behandeln. Auf der Oberfläche des Planeten trifft die Crew der ''Defiant'' auf die eigenen Nachfahren. Die Mannschaft erfährt, dass die ''Defiant'' durch die Energiebarriere ins 22. Jahrhundert zurückgeschleudert wird und auf den Planeten abstürzt. Dort beginnt die Crew eine Siedlung aufzubauen. Bashir erfährt, dass er mit [[Angie Kirby]] zusammen kommt und mit ihr Kinder haben wird. Bashirs Nachfahren sind ebenfalls Ärzte und Bashir ist sehr stolz auf seinen Nachlass. Da man nicht will, dass die Siedlung aus der Geschichte ausgelöscht wird, lässt Sisko den Kurs der ''Defiant'' auf die berechneten Koordinaten setzen, damit das Schiff in die Vergangenheit geschleudert wird. Aber der Odo aus dieser Zeit hat die Flugroute der ''Defiant'' verändert damit das Schiff im 24. Jahrhundert bleibt. Er will mit dieser Aktion verhindern das Kira in der Vergangenheit aufgrund ihrer Verletzungen stirbt. Die Siedlung wird aus der Geschichte ausgelöscht und die ''Defiant'' kehrt nach Deep Space Nine zurück. ({{DS9|Kinder der Zeit}})