Um bei der Forschung schnellere und größere Fortschritte zu erreichen, verwendet [[Doktor]] [[David Marcus]] vermutlich illegaler Weise illegalerweise instabile [[Protomaterie]]. Zudem wird die Vorbereitung der dritten Phase durch das Eingreifen einer Gruppe Exilanten um den macht- und [[rache]]besessenen [[Khan Noonien Singh|Khan]] massiv gestört, so dass sich aus Sicht des Projekts kaum verwertbare Daten über diese Phase sammeln lassen und im gleichen Zug ein Schiff der Sternenflotte zerstört wird.