Wird der Kern zum Beispiel bei einem Angriff so stark beschädigt, dass es zu ein Warpkernbruch kommen kann, besteht die Möglichkeit den Warpkern außzustoßen. Die Abwurf-Sequenz kann nur mit dem Authorisierungscode des Chefingenieurs oder dem eines anderen Führungsoffizier eingeleitet werden. Der Kern wird bei Schiffen der Intrepid-Klasse durch eine Luke auf der Unterseite des Schiffes ausgestoßen und bewegt sich mit einer Schubdüse vom Schiff weg. Das Schiff verlässt seinerseits mit größtmöglicher Impuls-Geschwindigkeit den Gefahrenbereich.
Sollte der Kern nach dem Abwurf nicht brechen, kann er, wenn der Chefingenieur es für sicher hält, geborgen und wieder ins Schiff integriert werden (VOY: "Tag der Ehre").
Die andere Möglichkeit ist, den Warpkern nach dem Abwurf aus sicherer Entfernung zu sprengen ("Star Trek: Der Aufstand").