Nanosonden sind Naniten, also mikroskopisch kleine Roboter, die von den Borg eingesetzt werden, um fremde Lebensformen oder Technologien zu assimilieren.
Nach der Assimilation verbleiben die Nanosonden im Körper der Borg-Drohne. Nanosonden reparieren auch beschädigtes Zellmaterial und Borgimplantate, solange noch genügend biomechanische Energie vorhanden ist (ENT: "Regeneration").
Die Nanosonden greifen bei der Assimilation zuerst die Erythrozyten des Opfers an und übernehmen dessen Funktionen sowie die des ganzen Organismus (VOY: "Skorpion, Teil I").
Es gibt auch ganz bestimmte Spezies, die vollkommen immun gegen die Nanosonden sind. Hierzu zählen beispielsweise Spezies 8472. Da die Zellen dieser Wesen ein Immunsystem besitzen, das im Prinzip alles angreift, wird jeder Versuch einer Assimilation abblockt.