Der Begriff Flotte bezeichnet eine militärische Organisationseinheit verschiedener Arten von Kriegschiffen. Eine Flotte besteht aus mehreren Geschwadern, die je nach Einsatzspektrum variieren und zusammengesetzt sein können. Die Geschweder bestehen dann entweder aus Angriffsschiffen, Kreuzern oder Zerstörern. Geführt wird die Flotte von einem Admiral, kann jedoch auch, in Ausnahmefällen, von untergeordneten Rängen befehligt werden, wenn es dem Einsatz entspricht. In diesem Fall spricht man dann von einer Sondereinsatz-Flotte oder auch von einem Sonderkampfverband.
Commander Benjamin Sisko befehligte unter anderen einen solchen Sonderkampfverband während der Rückeroberung von Deep Space 9. Auch Jean-Luc Picard führte einen solchen Verband an die Grenze des Klingonisch - Romulanisch Raumes während des Klingonischen Bürgerkrieges zwischen Gowron und der Familie Duras.
Die gesamte Sternenflotte wird vom Sternenflotten-Hauptquartier in San Francisco geführt. Die einzelnen Teil-Flotten der Sternenflotte haben ihre einzelnen Führungszentren im gesamten Föderationsraum verteilt. Meist finden sich diese Hauptquartiere in einer Sternenbasis oder einer Raumstation der Sternenflotte.