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Nachdem Tom Paris die ''Voyager'' verlässt, sieht Chakotay die Sendung von Neelix über den Abschied von Tom. Nachdem Paris das Schiff verlassen hat, fragt er Janeway nach Ersatzkandidaten. Nachdem Neelix einem Verräter auf dem Schiff auf die Spur kommt, bespricht er die Situation mit Neelix, Tuvok und Janeway. Er ist enttäuscht, als sie ihm mitteilen, dass Pairs' Verhalten nur Teil eines Planes war, einen Verräter an Bord des Schiffes zu entlarven. ({{VOY|Der Verräter}})
Er wartet mit den anderen Führungsoffizieren auf der Brücke auf die Geburt von Samantha Wildmans Baby. Er meint, dass er so nervös ist, als wäre es sein eigenes Kind. Janeway fügt daraufhin hinzu, dass es gewissermaßen ihrer aller Kind ist. Nachdem die ''Voyager'' in einem Nebel erheblich beschädigt wird und Harry Kim versucht den Antiprotonenbeschuss des Warpkerns aufzuhalten, übernimmt Chakotay Kims Station. Wenig später versucht er die Hülle zu magnetisieren um das Schiff zu stabilisieren. Nachdem man erkennt, dass die ''Voyager ''verdoppelt wurde, fragt er, wie sie genug Energie für einen solchen Ausstoß mobilisieren können. Wenig später werden sie von Vidiianern angegriffen, weshalb Janeway die geenterte ''Voyager'' durch Selbstzerstörung vernichtet. ({{VOY|Die VerdopplungVerdoppelung}})
Vor den ersten Verhandlungen mit den [[Drayaner]]n, informiert er Janeway über Neelix' Informationen über die Drayaner. Anschließend empfängt er die drayanische Delegation im Transporterraum und führt sie mit dem Captain durch das Schiff. Nachdem die ''Voyager'' plötzlich zum Abflug aufgefordert wird, kann Tuvoks Shuttle nicht erreicht werden. Nachdem sich Janeway entschließt, entgegen den Forderungen der Drayaner, zu einem Mond zu fliegen, um das vermisste Shuttle zu bergen, übernimmt er das Kommando auf der ''Voyager''. ({{VOY|Unschuld}})