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Wenig später steuert Mayweather die ''Enterprise'', als diese ein [[Arctic One|Schiff]], welche von einer [[Borg|unbekannten Spezies]] übernommen worden ist. Da diese Spezies eine große Bedrohung ist, ist Archer schließlich gezwungen das Schiff der Fremden zu vernichten. ({{ENT|Regeneration}})
Als Archer von dem [[Tellarit]]en [[Skalaar]] entführt. Mayweather steuert die ''Enterprise'', als sich die Crew auf die Suche nach den vermissten Archer begibt. Wenig später gelingt es Archer zu entkommen und kehrt auf die ''Enterprise'' zurück. ({{ENT|Kopfgeld}})
Einige Wochen später erhält die ''Enterprise'' die Nachricht, dass die Erde von einer [[Xindi-Sonde|unbekannten Sonde]] angegriffen worden ist. Darauf wird die ''Enterprise'' zur Erde zurück beordert. Auf dem Rückweg wird Archer von den Suliban gefangen genommen und zu deren [[Befehlshaber der Cabal|Kontaktperson aus der Zukunft]] gebracht. Dieser verrät dem Captain, dass eine Rasse namens [[Xindi]] für den Angriff auf die Erde verantwortlich ist und dass eine noch gefährlichere Waffe gebaut werden soll. Der Anführer erklärt Archer auch, dass die Xindi Hilfe von Fremden aus der Zukunft bekommen. Als die ''Enterprise'' das [[Sol-System]] erreicht, wird diese von [[Duras, Sohn des Toral|Duras]] dem ehemaligen Kommandanten der IKS ''Bortas'' angegriffen. Doch mit weiteren Schiffen der Sternenflotte, wird Duras mit seinem [[Klingonischer Bird-of-Prey (22. Jahrhundert)|Bird-of-Prey]] vertrieben. Archer informiert das Sternenflottenkommando, dass ein weiter Angriff der Xindi auf die Erde bevorsteht. Archer liefert die Beweise, dass die Xindi Technologie aus der Zukunft verwenden und Archer will mit der ''Enterprise'' in die [[Delphische Ausdehnung]] fliegen und nach den Xindi zu suchen. Die ''Enterprise'' wird für diese Mission in der Delphischen Ausdehnung technisch Aufgerüstet. Mayweather bleibt an Bord fliegt mit der ''Enterprise'' in die Ausdehnung. Auf den Weg dorthin wird die ''Enterprise'' mehrmals von Duras angegriffen, doch der ''Enterprise'' gelingt es immer wieder Duras zu entkommen. Nach sieben Wochen mit Warp fünf erreicht die ''Enterprise'' die Delphische Ausdehnung. Da die Ausdehnung von einer [[Thermobarische Wolke|Thermobarischen Wolke]] umgeben ist, muss die ''Enterprise'' hindurch fliegen. Doch dort wird die ''Enterprise'' wieder von Duras angegriffen und verfolgt. Mit einem [[L-4]] [[Liste von Flugmanövern|Flugmanöver]] steuert Mayweather die ''Enterprise'' hinter den Bird-of-Prey und mit Hilfe der neu installierten [[Photoniktorpedo]]s gelingt es Archer den Bird-of-Prey von Duras zu vernichten. Kurz darauf dringt die ''Enterprise'' in die Delphische Ausdehnung ein. ({{ENT|Die Ausdehnung}})
Innerhalb der nächsten Wochen versucht die ''Enterprise'' erfolglos Kontakt mit den Xindi aufzunehmen. Captain Archer erhält einen Hinweis, dass sich ein Xindi auf einem Planeten im benachbarten System befinden soll. Er geht diesem Hinweis nach, jedoch wird Archer vom Vorarbeiter der Mine gefangen genommen. Dieser plant die gesamte Crew der ''Enterprise'' zu [[Sklaverei|versklaven]]. Mayweather steuert eine Fähre mit einem Truppe von [[MACO]]s auf die Planetenoberfläche. Den MACOS gelingt es Archer, Tucker und einen [[Xindi-Primat]]en zu befreien. Kurz vor seinem Tod gibt er die Koordinaten der [[Xindus|Xindi Heimatwelt]] preis und Mayweather setzt einen Kurs dorthin. Kurz darauf erreicht die ''Enterprise'' die Heimatwelt der Xindi und findet diese zerstört vor und Archer befiehlt Mayweather einen Kurs zu setzen und tiefer in die Ausdehnung zu fliegen. ({{ENT|Die Xindi}})
Nachdem die ''Enterprise'' durch eine [[Delphische Anomalie|Anomalie]] schwer beschädigt worden ist, wird das Schiff von [[Räuber]]n angegriffen. Archer lässt die Spur des Schiffes der [[Osaarianer]] verfolgen und findet es bei einer [[Delphische Sphäre|Delphischen Sphäre]]. Mit einer Fähre fliegt ein Außenteam in die Sphäre. Zu dem Außenteam gehört auch Mayweather, welcher Hinweise über einer geklauten Xindi-[[Datenbank]] bei den Osaarianern findet. Das Außenteam findet außerdem einen großteil der geklauten Daten. Als die Osaarianer die ''Enterprise'' angreifen, gelingt es Hoshi Sato, eine Xindi-[[Datenbank]] vom Schiff sicherzustellen. ({{ENT|Die Anomalie}})
Durch diese Datenbank erhält Archer Informationen über einen Planeten, auf dem sich vor kurzem einige Xindi befunden haben. Archer, T'Pol, Reed und Sato erforschen diesen Planeten. Plötzlich mutiert die [[DNS]] des Außenteams. Alle mit Ausnahme vom Subcommander werden durch einen Virus in eine andere Spezies, genannt [[Loque'eque]], umgewandelt. Auch T'Pol wird von dieser Umwandlung betroffen, jedoch ist die Mutation bei ihr nicht so umfassend. T'Pol behält, entgegen dem Rest des Teams die Kontrolle über sich und informiert die ''Enterprise'' darüber. Zu der Zeit hat Mayweather das Kommando und er versucht zusammen mit Phlox und Tucker ein Heilmittel für die mutierten Crewmitglieder zu finden. Tucker begibt sich mit einigen MACOs in einem Raumanzug auf die Oberfläche und er nimmt Reed mit an Bord der ''Enterprise''. Da T'Pol gegen diesen Virus fast immun zu sein scheint, versucht Phlox mit Hilfe ihrer DNS ein Heilmittel zu finden. Plötzlich taucht ein fremdes Schiff auf und ihr Kommandant [[Tret]] warnt die ''Enterprise'' vor dem Virus auf der Planetenoberfläche und das sie jeden infizierten töten. Doch Phlox findet schließlich ein Heilmittel und kann somit das infizierte Außenteam zu heilen, bevor dieses von den Fremden getötet wird. Captain Archer übergibt Tret eine Probe von dem Heilmittel. ({{ENT|Transformation}})
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