Zur selben Zeit auf der Erde: ein Sternenflottenoffizier begiebt sich ins Krankenhaus zum Bett seiner unheilbarkranken Tochter. Er und seine Frau haben die Hoffnung bereits aufgegeben. Plötzlich taucht ein mysteriöser Mann auf und verspricht ihm zu helfen. Wenig später bekommt er ein Packet in welchem sich ein Ring der Sternenflotte und eine Ampulle mit Blut befinden. Nachdem das Blut dem Kind verabreicht wurde, verbessert sich plötzlich sein Zustand. Kurz darauf betritt der Offizier ein Archiv der Sternenflotte in London, begiebt sich zu einem Terminal, nimmt den Ring den er erhalten hatte und lässt ihn in ein Glas Wasser fallen. Daraufhin kommt es zu einer schweren Explosion die die ganze Stadt erschüttert.

Im Hauptquartier der Sternenflotte bekommen Spock und Kirk von Admiral Pike eine safitige Moralpredigt weil sie die oberste Direktive schon allein damit verletzt haben indem sie die Bewohner des Planeten Niburu vor dem Untergang gerettet haben, obwohl sie den Planeten nur beobachten hätten sollen. Besonders James Kirk muss sich den Vorwurf gefallen lassen, die Konsequenzen seiner Handlungen zu ignorieren. Als Strafe wird Spock auf ein anderes Schiff versetzt und Kirk soll zurück an die Akademie. Restlos depremiert zieht sich Kirk in eine Bar zurück um seinen Frust durch Alkohol und Frauen zu erleichtern. Da stößt Pike zu ihm um ihm zu versichern dass er immer noch fest an ihm glaube und sich für ihn vor dem Oberkommando der Sternenflotte eingesetz hat, sodass Kirk als erster Offizier unter Pike auf der Enterprise bleiben darf. In dem Moment bekommt Pike die Nachricht dass eine Sitzung der obersten Offiziere der Flotte einberaumt wurde.

Unter der Leitung von Admiral Marcus soll über das Vorgehen nach dem Terroranschlag in London beraten werden. Marcus muss zugeben dass der Attentäter, ein Mann nammes John Harrison, einer der besten Agenten der Sternenflotte war. Kirk meldet sich als erster Offizier unter Christopher Pike zu Wort, da er nicht versteht, warum ein einfaches Archiv zerstört wurde. Als ihm laut der Gedanke kommt, dass das Protokol vorsieht dass sich nach so einem Anschlag alle Offiziere an einem bestimmten Ort treffen sollen, erscheint hinter ihnen ein kleines Schiff und eröffnet das Feuer. Hinter dem Steuer sitz Harrison. Kirk gelingt es das Schiff zum Ansturz zu bringen doch Harrison schafft es sich rechtzeitig wegbeamen zu lassen. Unter den Opfern dieses Anschlages ist auch Admiral Pike. Kurz vor seinem Tod gelingt es Spock noch mittels Gedankenverschmelzung seine letzten Gedanken zu erfahren. Kirk ist schockiert über den Tod seines Mentors und will Rache nehmen. Durch Scotty erfährt er dass sich Harrison mittels der von ihm aufgestellten Transwarpgleichung nach Kronos beamen konnte, der klingonischen Heimatwelt. Kirk bittet Admiral Marcus um die Erlaubnis Harrison zu vefolgen und auszuschalten. Dazu möchte er umbedingt Spock wieder als seinen ersten Offizier haben. Der Admiral gesteht Kirk dass Harrson kein Archiv sondern eine geheime Basis einer Organisation der Sternenflotte namens Sektion 31 zerstört habe. Marcus, der glaubt dass ein Krieg mit den Klingonen überfällig ist, gibt Kirk die Erlaubnis und obendrein noch 72 spezielle Torpedos, mit denen Kirk Harrison vom Planetenorbit aus beschießen soll.

Am Weg zur Enterprise bekommt Kirk noch einen neuen Wissenschaftsoffizier zur Seite gestellt: Dr. Carol Wallace. Als Scotty gegen die neuen Torpedos protestieren will, fühlt er sich nicht ernst genommen. Er quitiert den Dienst und bittet Kirk als Freund die Waffen nicht einzusetzen. Danach verlässt er das Schiff und Kirk macht Pavel Chekov zu seinem Nachfolger am Maschienendeck. Als die Enterprise Kronos erreicht, kommt es zu einem Maschienenschaden der das Schiff im feindlichen Gebiet stranden läßt. Kirk besteigt mit Spock und Uhura, die er wegen ihrer klingonischen Sprachkenntnisse mitnimmt, ein Shuttle und steuert auf den Planeten zu. Dort kommt es zu einer Verfolgungsjagt mit den Klingonen. Uhura versucht auf klingonisch zu erklären, dass sie einen Mann jagen der ohne Ehre ist. Als einer der Klingonen sie jedoch stark bedroht, kommt es zu einem Feuergefecht. Plötzlich erscheint ein unbekannter Mann und beginnt selbst gegen die Klingonen zu kämpfen. Es ist Harrison. Als nur noch er, Kirk, Spock und Uhura übrig sind verlangt Kirk von Harrison sich zu ergeben da er sonst seine Position mit Spezialwaffen beschießen lässt. Als Harrison erfährt dass es 72 solcher Waffen sind, gibt er auf und lässt sich festnehmen. Doch zuvor lässt Kirk noch seine Wut an ihm aus indem er ihm mehrmals schlägt.

In der Arrestzelle der Enterprise erklärt Harrison dem wütenden Kirk seine Motive: er habe sich ergeben weil es an Board 72 Gründe dafür gebe. Er sei in Wirklichkeit ein genetisch verbesserter Mensch der vor 300 Jahren eingefroren wurde und den Admiral Marcus als Waffe gebrauchen will. Außerdem sei sein Name nicht John Harrison sondern Kahn. Und wenn er wissen wolle, warum er die Föderation angegriffen habe, solle er die Torpedos genauer untersuchen und zusätzlich gibt er ihm Koordinaten in der Nähe des Jupiters. Obwohl er ihm misstraut, will Kirk Antworten haben und schickt Dr. Carol Wallace, die in Wiklichkeit die Tochter von Admiral Marcus ist mit einem dieses Torpedos von Board um ihn zu untersuchen. Dabei kommt herraus dass sich in diesem eine alte Stasiskapsel befindet. Kahn erklärt Kirk dass diese insgesamt 72 Personen seine Mannschaft sind die er beschützen wolle. Der Böse sei nicht er sondern in Wirklichkeit Admiral Marcus. Kirk bittet Scotty über Funk als Freund sich anzusehen, was sich bei den Koordinaten die er von Kahn erhalten hatte befindet. Als Scotty dort ankommt, traut er seinen Augen nicht.

Auf dem Weg zurück zur Erde wird die Enterprise von einem riesigen Schiff der Sternenflotte überrascht. Dieses Schiff ist der Enterprise in jeder Hinsicht überlegen und es wurde nur zu einem Zweck gebaut: Krieg. Das Kommando hat Admiral Marcus der die sofortige Freigabe von Kahn fordert, da er sonst die Enterprise vernichten wird. Kirk offenbart Marcus dass seine Tochter an Board ist mit der Hoffnung dass dieser wegen ihr das Feuer nicht eröffnet. Als sich Kirk bereit erklärt Kahn zu übergeben um seine Mannschaft zu retten, beamt Marcus seine Tochter zu sich an Board und befiehlt auf die Brücke der Enterprise zu feuern. Kirk der erkennt dass sie keine Chance haben, wendet sich an seine Crew und entschuldigt sich dafür dass er sie nicht beschützen kann. Doch Scotty ist es gelungen beim Jupiter sich an Board von Marcus Schiff zu schmuggeln und dessen Waffen zu sabotieren. Jetzt sieht Kirk doch noch eine Chance zu überleben. Er verbündet sich mit Kahn der sich selbst als Opfer von Marcus sieht. Beide versuchen im Raumanzug von der Enterprise durch den leeren Raum unbemerkt auf das andere Schiff zu gelangen. Spock der Kahn zutieft misstraut, nimmt Kontakt nach Neu-Vulkan auf um sein zukünftiges Ich zu befragen. Dieser eröffnet ihn dass Kahn über die Maßen gefährlich ist und dass er selbst seiner Zeit nur durch ein großes Opfer gestoppt werden konnte.

Als Kahn und Kirk Admiral Marcus auf dessen Brücke erreichen, verrät Kahn Kirk, attakiert ihn und tötet Marcus. Dann fordert er von Spock seine 72 Männer und Frauen herrauszugeben. Spock geht zum Schein auf diese Forderung ein indem er die 72 Torpedos zu Kahn beamen lässt und diese später sprengt. Kirk und Carol Marcus gelingt die Flucht auf die Enterprise. Doch das Schiff gerät unter schweren Beschuss und beginnt auf die Erde abzustürzen. Spock ordnet die Evakuierung an doch Sulu und andere Offiziere weigern sich das Schiff zu verlassen. Scotty gelingt es nicht die Hauptenergie wieder herzustellen, damit ist das Schiff praktisch tot. Doch Kirk sieht noch einen Weg: er begibt sich in den stark verstrahlten Maschienenkern des Schiffes um ihn wieder zum Laufen zu bringen. Er hat Erfolg: der Antrieb kann wieder gestartet werden und die Enterprise kann sich aus dem Orbit befreien. Doch der Preis ist hoch: Kirk wurde zu stark verstrahlt und stirbt kurz darauf. Spock ist traurig und fassungslos - er will sich dafür an Kahn rächen.

Als dessen Schiff durch die Explosion der 72 Torpedos so stark beschädigt wird dass es abstürtzt, versucht Kahn das Schiff mit den letzten Energiereserven in das Hauptquatier der Sternenflotte zu lenken. Kahn selbst überlebt den Absturz und versucht unter zu tauchen. Doch Spock ist ihm dicht auf den Fersen, fest entschlossen Kahn zur Strecke zu bringen. Auf der Enterprise beobachtet McCoy wie ein toter Tripple durch eine Bluttransfusion von Kahns Blut wieder zu leben beginnt. Da erkennt er die Chance auch Kirk wieder zum Leben zu erwecken. Desswegen folgt Uhura Spock nach um ihm davon zu überzeugen dass man um Kirk zu retten, Kahn lebend braucht. Schlussendlich gelingt es beiden Kahn zu fassen und mit dessen Blut Kirk wieder zu beleben.

Kahn wird wieder eingefroren und zusammen mit seiner Mannschaft die Spock vor der Übergabe aus den Torpedos entfernt hatte, weggesperrt. Auf der Trauerfeier zitiert Kirk seinen Lehrer Pyke und meint dass er seine Worte nun verstanden hätte. Dr. Carol Marcus wird offiziel ein Teil der Besatzung und die Enterprise bricht zu ihrer großen und lang erwarteten fünf Jahres Mission auf.

== Dialogzitate ==