Nach der Ausbildung wird der Spieler zum Kommandanten eines klingonischen Zerstörers und muss sich hauptsächlich mit anderen klingonischen Schiffen herumschlagen, da ein neuer Bürgerkrieg ausgebrochen ist, als Melkor, Bruder von Kelnor, den Vorsitz über den [[Klingonischer Hoher Rat|Hohen Rat]] für sich beansprucht. Überdies ist inzwischen Kanzler Lorak gestorben und [[Gorkon]] soll sein Nachfolger werden.

Da Chang, zu dessen Gruppierung der Spieler gehört, die Friedensbemühungen Gorkons mit der Föderation aber nicht gutheißt, gleichzeitig aber nicht mit ansehen will wie Melkor (der sich inzwischen zum Imperator ausgerufen hat) den Thron besteigt, befindet sich der Spieler in einer schwierigen Position, da Chang sich dazu entschließt, einen eigenen Weg zu gehen.