Produzent des Filmes wurde [[Harve Bennett]] und die Regie übernahm [[Nicholas Meyer]]. Für den Film konnten wieder alle Schauspieler aus der originalen Serie gewonnen werden, wieder mit Ausnahme von Leonard Nimoy. Dieser konnte erst überzeugt werden, als er erfuhr, dass Spock im Film sterben würde. Als durchsickerte, dass der beliebte [[Vulkanier]] sein Leben lassen sollte, gab es viele Protestbriefe an Paramount, obwohl Gerüchte über ein alternatives Ende kursierten, in dem Spock nicht sterben würde. Alle Bemühungen blieben jedoch ohne Erfolg: Das , das alternative Ende wurde nie produziert.

Breits Bereits am 11. April 1986, noch während der Dreharbeiten zum vierten Film wurde bekannt verkündet, dass es einen fünften Film geben würde. Davon abgesehen hatte man dies auch am Ende des vorigen Films bereits angekündigt. William Shatner spielte im vierten Film unter der Bedingung mit, dass er im fünften Regie übernehmen durfte. Somit wurde Shatner zum Regisseur von "Star Trek V".

Am 18. Dezember 1998, fast wie in "<q>alten Zeiten" </q> im Zwei-Jahres-Takt, hatte "[[Star Trek: Der Aufstand]]" in den USA Premiere. Das [[Volk]] vom Planeten [[Ba'ku (Planet)|Ba'Ku]] soll vor den [[Son'a]] geschützt werden. Die Föderation selbst hat gegen ihren Grundsatz der obersten Direktive verstoßen. Dies können Jean-Luc Picard und seine Crew nicht zulassen und verhindern eine Umsiedlung der Ba'ku und die Zerstörung deren Paradieses.

Nach einer vierjährigen Pause wurde der nächste Film geplant. Alle Schauspieler mit Ausnahme von Brent Spiner sagten zu. Spiner konnte erst (, wie seinerzeit Leonard Nimoy für "Star Trek 2: Der Zorn des Khan") , davon überzeugt werden, im Film mitzuspielen, als er erfuhr, dass sein Charakter Data im zehnten Film sterben würde. Spiner beteiligte sich auch am Drehbuch. Für den Film stand ein Budget von etwa 60 Millionen Dollar zur Verfügung und auch Whoopi Goldberg erklärte sich für einen Gastauftritt in ihrer Rolle als Guinan bereit.

Ein Jahr nach Anlaufen der neuen Serie "Enterprise" hatte am 13. Dezember 2002 der Film "[[Star Trek: Nemesis]]" {{Film|10}} in den USA Premiere. [[Shinzon]], ein [[Romulaner|romulanischer]] [[Klon]] von Jean-Luc Picard, reißt die Macht auf [[Romulus]] an sich. Allerdings ist er nicht lebensfähig und braucht die [[DNA]] seines Ebenbildes. Picard ist allerdings nicht bereit, ihm zu helfen und sein eigenes Leben zu Opfern. Picard und seine [[Liste der Crew der USS Enterprise (NCC-1701-E)|Crew]] flüchten vor dem übermachtigen Schiff Shinzons, der ''[[Scimitar]]''. In der [[Schlacht im Bassen-Graben]] kommt er bei der Zerstörung seines Schiffes ums Leben. Und „Star Trek“ verliert wieder einen beliebten Charakter: Data, der [[Android]] mit dem Ziel, menschlicher zu werden, stirbt auch bei der Vernichtung der ''Scimitar''.

Selbst die Darsteller des Films waren wenig überzeugt von ihrem Werk. Viele gaben dem Regisseur [[Stuart Baird]] die Schuld am Mißerfolg des Films. Er selbst hatte vor seiner Arbeit für "Nemesis" keinen anderen Star-Trek-Film gesehen. In einem Interview gab er selbst zu, kein Trekkie zu sein und den Hintergrund nicht zu kennen. Für ihn sei es "<q>nur ein Film" </q> gewesen.

Viele Fans waren immer noch nicht ganz von der Serie überzeugt; , das änderte sich aber schlagartig in der vierten Staffel. In dieser Staffel wurden einige Veränderungen an der Serie vorgenommen, sogar das Intro wurde verändert. Dieses war im Vergleich zum alten Intro schneller und es wurden mehr Szenen mit Raumschiffen gezeigt.

Für das Ende der dritten Staffel hatten sich die Produzenten etwas besonderes ausgedacht: "[[{{E|Ein Jahr Hölle, Teil I|Das Höllen Jahr]]"}}. Die ''Voyager'' sollte von einem unbekannten [[Volk]], den [[Krenim]], angegriffen werden und schwerbeschädigt durch die vierte Staffel fliegen. Einen kleinen Vorgeschmack bekamen die Zuschauer in der Folge "[[{{E|Temporale Sprünge]]"}}. Dort wurden die Krenim das erste Mal gezeigt. Es wurde auch angekündigt, dass die ''Voyager'' gegen Ende des Jahres deren Raum durchfliegen würde.

Damit es aber nicht zuviele Hauptrollen in der Serie gab, wurde eine Rolle aus der Serie gestrichen. Als erstes war geplant, den bis dahin farblose Harry Kim sterben zu lassen. Da aber zu dieser Zeit Garrett Wang vom "People's Magazine" zu einen der 50 schönsten Menschen im Fernsehen gewählt wurde und somit gleichzeitig Werbung für die Serie machte, blieb die Rolle des Harry Kim erhalten. Somit fiel die Wahl auf die ebenfalls farblose Kes - und , Jennifer Lien verließ in der Folge "[[{{E|Die Gabe]]" }} die Serie. Allerdings sollte Lien noch ein Mal auf den Bildschirmen erscheinen, jedoch nicht ganz so freundlich, wie man von Kes gewohnt war.

Für die fünfte Staffel wurde ein neues [[Shuttle]], der ''[[Delta Flyer]]'', in die Serie eingeführt. In dieser Staffel gab es auch ein Jubiläum; "[[Temporale Paradoxie (Episode), {{E|Temporale Paradoxie]]" }} war die hundertste Folge. In dieser Episode hatte LeVar Burton einen Gastauftritt. Zum Ende der fünften Staffel wollte Kate Mulgrew aus der Serie aussteigen. Es war geplant, in der letzten Folge der fünften Staffel Janeway schwer zu verwunden und in der dritten Folge der sechsten Staffel an diesen Verletzungen sterben zu lassen. Die drei ersten Folgen der sechsten Staffel sollten ihr die Möglichkeit geben, sich von der Crew und den Fans zu verabschieden. Aber Mulgrew blieb der Serie weiter erhalten und der "Voyager" bis zur traditionellen siebten Staffel treu.

Nach dem Ende von "Deep Space Nine" waren sich die Produzenten bewusst, dass sich auch "Voyager" langsam dem Ende zuneigte. Aus diesem Grund entwickelten die Produzenten Berman und Braga ein Konzept für eine neue Serie. Man überlegte, ob die Serie überhaupt im 24. Jahrhundert spielen sollte. Ein anderes Konzept war eine Star-Trek-Serie, in der es fast nur um die beliebten Zeitreisen ging. Zu dieser Zeit bot sich George Takei für "Star Trek: The Adventure of Captain Sulu" an. In diesem Konzept sollte sollten die Abenteuer des heldenhaften Captain Sulu und seiner Crew auf der [[USS Excelsior|USS ''Excelsior'']] gezeigt werden. Die Serie sollte nach dem sechsten Kinofilm spielen. Aber auch dieses Konzept wurde zum Bedauern von Takei abgelehnt. Schließlich einigte man sich auf eine Serie, welche hundert Jahre vor der originalen Serie spielen sollte. In dieser Serie sollte die Sternenflotte noch in den Kinderschuhen steckten und der Weltraum wirklich noch das große Unbekannte sein. Die Menschheit hatte den Erstkontakt mit den Vulkaniern hergestellt und begann nun, dorthin zu gehen, ''wo kein Mensch zuvor gewesen ist''.

Dies war die erste Star-Trek-Serie, in der nicht die Worte „Star Trek“ im Vorspann zu lesen waren. Man wollte damit erreichen, mit der Serie neue Zuschauer zu gewinnen, die man nicht schon im Vorherein durch den Titel und die bekannten Star-Trek-Vorurteilen Vorurteile abschrecken wollte. Natürlich konnten sich die Produzenten auf die Trekkies verlassen, sie wussten auch ohne diese beiden Wörter im Titel, worum es ging.

Am 16. September 2006, pünktlich zum [[Star Trek Jubiläum|40-jährigen Geburtstag]] von „Star Trek“, wurde den Fans ein besonderes "Geschenk" gemacht. [[CBS Paramount Television]] überarbeitete unter der Leitung von [[Michael Okuda]] die originale Serie von Kirk und seiner Crew der ''Enterprise'' (NCC-1701) und verkaufte das Ergebnis an Fernsehsender in aller Welt. "[[Star Trek: The Original Series - Remastered]]" wird aber auch gegen Ende 2007, laut CBS, auf [[DVD|HD-DVD]] erscheinen. Das originale Filmmaterial wurde digital überarbeitet, vor allem die Weltraumaufnahmen wurden mit [[CGI]]-Technik neu erstellt. Somit wurde der , in 40 Jahren angesetzte , Staub entfernt, und es entstand eine neue ''Enterprise'' als Computermodell. Aber auch die Musik der Serie wurde neu aufgenommen oder überarbeitet. Sogar viele Kulissen wurden digital ersetzt, um realistischer zu wirken. Somit entstand eine Serie aus den 60er Jahren neu, sie wurde mit moderner Technik und Special Effects des 21. Jahrhunderts ausgestattet und eignet sich so wesentlich besser zur Neuvermarktung. Die Serie kann es nun mit jedem modernen Science-Fiction-Film aufnehmen.