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Im [[22. Jahrhundert]] hielt man die ''Botany Bay'' für einen Mythos, da alle Beweise für den Start des Schiffes vernichtet wurden (''[[ENT]]: "[[Die Augments]]"'').
[[2267]] wurde die ''Botany Bay'' antriebslos von der [[USS Enterprise (NCC-1701)|USS ''Enterprise'']] im [[Mutara-Sektor]] gefunden. Nach einem erfolglosen Kaperversuch von Khans Gefolgsleuten wurden die Frachcontainer der ''Botany Bay'' auf [[Ceti Alpha V]] ausgesetzt (''[[TOS]]: "[[Der schlafende Tiger]]"'').
Erst [[2285]] wurde die ausgesetzte [[Crew|Mannschaft]] von der Besatzung der [[USS Reliant|USS ''Reliant'']] entdeckt und unbeabsichtigt befreit (''"[[Star Trek II: Der Zorn des Khan]]"'').