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Als immer mehr [[Nyrianer]] auf dem Schiff erscheinen und Besatzungsmitglieder verschwinden, lässt Chakotay Neelix den nyrianischen [[Astrophysik]]er [[Rislan]] in den Maschinenraum bringen, damit er Torres unterstützen kann. Wenig später wird er auf einen Planeten transportiert. Nachdem die gesamte Besatzung von den Nyrianern weggebeamt wurden, sucht er nach brauchbaren Ersatzteilen, damit Tuvok eine Waffe bauen kann. Letztlich kann sich die Mannschaft der ''Voyager'' befreien und ihre Reise fortsetzen. ({{VOY|Translokalisation}})
Eine holografische Projektion von Neelix ist Teil des Holoprogramms [[Rebellion Alpha]]. Er verbarrikadiert sich mit weiteren Besatzungsmitgliedern im Kasino, als Chakotay [[Meuterei|meutert]]. Als dieser mit Torres und Seska das Kasino stürmt, wechselt er die Seiten. Seska will ihn erschießen, jedoch meint Chakotay, dass sie auch weiterhin einen Koch benötigen.
Als Neelix das Programm durchspielt, nimmt er an der Meuterei teil und versucht eine verschlüsselte Nachricht an Janeway zu schicken. Dabei wird er von Chakotay erwischt und erschossen. Er erzählt Tom Paris und B'Elanna Torres von seiner Erfahrung. Bei der nächsten Besprechung der Führungsoffiziere, offenbart sich Tuvok als Autor. Als dieser sich mit Paris im Kasino über die Fortsetzung des Holoromans unterhält, tritt Neelix hinzu und möchte Verbesserungsvorschläge, insbesondere für die Figur des Neelix machen. Daraufhin verlassen Tuvok und Paris das Kasino. Später stößt er gemeinsam mit den anderen Führungsoffizieren auf die Rettung von Tuvok und Paris vom Holodeck, auf dem sie durch eine Sabotage Seskas in Lebensgefahr geraten waren, an. ({{VOY|Rebellion Alpha}})
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