Khan erwartet bereits die ''Enterprise'' und fängt sie noch vor Erreichen der Regula-Station ab. Während seines Exils entwickelt er einen unbändigen Hass gegenüber Kirk, welchen er mit folgendem Zitat einem seiner Untergebenen gegenüber offenbart:

Khan nähert sich seinem Gegner und täuscht dabei [[Kommunikation]]sstörungen vor. Als er in Position ist, lässt er das Feuer eröffnen und setzt die ''Enterprise'' außer Gefecht. Anschließend zeigt er sich dem verblüfften Kirk. Im Laufe des Gesprächs macht Kirk seinen [[Führungsoffizier]]en indirekt klar, dass er den [[Prefix-Code]] gegen die ''Reliant'' einsetzen will. Mit ihm gelingt es, die [[Schutzschild]]e der ''Reliant'' herunterzufahren und einen erfolgreichen Gegenschlag durchzuführen, woraufhin sich die Augments zunächst einmal zurückziehen.

Da Admiral Kirk weiß, dass er die ''Reliant'' im jetzigen Zustand nicht besiegen konnte, lockt er Khan in den nahegelegenen [[Mutara-Nebel]], wodurch beide Schiffe nun die gleichen Voraussetzungen haben. Während des Kampfes wird Khan sein zweidimensionales Denken zum Verhängnis. Die ''Enterprise'' kann schließlich mehrere Volltreffer landen und die ''Reliant'' nun kampfunfähig schießen. In dem Wissen, dass er all seine Anhänger verloren hat, aktiviert Khan mit letzter Kraft das Genesis-Projektil, um seinen Erzfeind Kirk mit in den Tod zu nehmen. Khans letzte Worten waren:

[[Spock]] jedoch opfert sein Leben, um den defekten [[Warpantrieb]] der ''Enterprise'' wieder funktionstüchtig zu machen und rettet so im letzten Moment die ''Enterprise'' vor der Explosionswelle des Projektils. ({{Film|2}})