Einige Zeit später kommt der [[Haakonianer|haakonianische]] [[Wissenschaftler]] [[Ma'Bor Jetrel]] an Bord der ''Voyager'', um Neelix zu untersuchen, ob dieser an [[Metremia]] erkrankt ist. Bei seiner Untersuchung stellt er fest, das Neelix an dieser Krankheit erkrankt ist. Jetrel ist an Bord der ''Voyager'' von der modernen Technologie fasziniert, vor allem über den Doktor, ein Hologramm, das sich selbst deaktivieren kann. Später deaktiviert Jetrel den Doktor, um sein Experiment zur Rettung der Opfer von [[Rinax]] in Ruhe durchzuführen. Aber Jetrels Experiment scheitert. Jetrel gibt darauf zu, dass Neelix nicht erkrankt ist, er wollte mit dieser Lüge nur an Bord der ''Voyager'' gelangen, um sein Experiment durchzuführen. Kurz darauf stirbt Jetrel an Metremia. ({{VOY|Dr. Jetrels Experiment}})

Als die [[Bioneurales Gelpack|bioneuralen Gelpacks]] an Bord der ''Voyager'' ausfallen, bringt Torres eines der Gelpacks auf die Krankenstation, damit der Doktor die organischen Komponenten untersucht. Der Doktor findet heraus, dass die Gelpacks mit [[Bakterie]]n infiziert sind. Der Doktor versucht die Bakterien in den Gelpack abzutöten, aber er scheitert. Schließlich findet der Doktor die Lösung: Durch [[Fieber]], beziehungsweise durch Hitze können die Gelpacks behandelt werden. Durch diese Behandlung werden die Bakterien in den Gelpacks abgetötet und die Gelpacks sind wieder voll funktionsfähig. ({{VOY|Erfahrungswerte}})

Einige Wochen später beginnen die Überreste des Fürsorgers zu vibrieren. Der Doktor meldet dies dem Captain. Sie vermutet, dass sich ein weiteres Wesen dieser Spezies in der Nähe befindet. Da diese Spezies sehr mächtig ist, hilft der Doktor mit, ein Mittel zu entwickeln, des dieses Wesen etwas schwächt. Die ''Voyager'' trifft schließlich auf [[Suspiria]], die auch die ''Voyager'' angreift, aber schließlich in Schach gehalten wird. ({{VOY|Suspiria}})

Nachdem die Kazon Transportertechnologie von der ''Voyager'' gestohlen haben, verwendet der [[Erster Maje|Erste Maje]] [[Culluh]] diese Technologie, um einen verfeindeten Maje aus einer anderen Kazon-Sekte zu töten. Als die ''Voyager'' die Leichname im [[Weltraum]] vorfindet, untersucht der Doktor sie und findet heraus, dass diese Kazon lebendig ins All gebeamt worden und dadurch gestorben sind. ({{VOY|Das Signal}})

Während eines schweren Gefechtes mit den Kazon wird Crewman [[Kurt Bendera]] schwer verletzt und auf die Krankenstation gebracht. Doch auch der Doktor kann nichts mehr für ihn tun und Bendera erliegt seinen Verletzungen. Später als eine Gruppe von [[Trabe]] an Bord der ''Voyager'' kommt, behandelt der Doktor auch sie. ({{VOY|Allianzen}})

Nachdem Tom Paris mit einem Shuttle [[Warp 10]] erreicht hat, zeigt sein Körper einige Mutationen. Der Doktor versucht Paris zu behandeln, aber Paris stirbt kurz darauf an den Folgen der Mutationen. Doch wenige Stunden später erwacht Paris wieder zum Leben, jedoch mutiert er weiter. Der Doktor schlägt darauf vor die mutierte DNS mit Hilfe von [[Antiproton]]en aus dem [[Warpkern]] zu zerstören und die ursprüngliche wiederherzustellen. Doch bei dieser Behandlung flieht Paris und entführt dabei Captain Janeway. Paris führt einen weiteren [[Transwarp]]sprung durch und auch Janeway mutiert. Doch die beiden können auf einem Planeten gefunden werden und der Doktor stellt ihre ursprüngliche DNS wieder her. ({{VOY|Die Schwelle}})

Während der Doktor auf dem Holodeck eine [[Oper]] singt, beginnt er plötzlich seinen Text zu vergessen. Der Doktor kann sich dies allerdings nicht erklären. Zur gleichen Zeit werden Paris und Torres auf einem Shuttle von einer fremden Spezies, die sich der [[Schwarm (Spezies)|Schwarm]] nennt, angegriffen und verletzt. Paris wird dabei schwer verletzt. Dei der Behandlung bemerkt der Doktor immer mehr Erinnerungslücken. Als der Doktor Paris operieren will, hat er vergessen, wie er diese Operation durchführen muss, doch dank der Hilfe von Kes gelingt es dem Doktor dennoch Paris erfolgreich zu operieren. Torres untersucht das Programm des Doktors und stellt fest, dass es im Programm des Doktors zu einer [[Kaskadenüberladung]] kommt, die sein Programm überlastet und beginnt seine [[Speicherkreise]] zu löschen. Um das Programm des Doktors zu retten, wäre ein kompletter Neustart des Programms nötig, allerdings würde damit der Doktor die Erfahrungen, die er in den letzten zwei Jahren gesammelt hat, verlieren. Torres versucht darauf auf Kes’ Bitten einen anderen Weg finden den Doktor zu retten. Torres aktiviert auf dem Holodeck das [[Diagnoseprogramm Alpha-11 der Jupiter-Station]], das speziell für die Wartung und Reparatur des MHNs erschaffen wurde. Doch auch dieses Programm kann dem Doktor nicht helfen und empfiehlt auch den kompletten Neustart des Programms des Doktors. Das Diagnoseprogramm untersucht weiter den Doktor, um eine Möglichkeit zu finden den Doktor zu retten. Dabei findet das Diagnoseprogramm viele unnötige Unterprogramme des Doktors, wie etwa Freundschaften zur Crew, Hobbys und Musik. Währenddessen hat sich das Programm des Doktors so zersetzt, dass er niemanden mehr wiedererkennt, und er benimmt sich wie ein Kleinkind. Schließlich finden Kes und das Diagnoseprogramm eine gemeinsame Lösung, um den Doktor zu retten. Da das Diagnoseprogramm die selbe [[Holomatrix]] wie der Doktor hat, will Kes die Matrix des Diagnoseprogramms in die Matrix des Doktors transplantieren. Durch die [[Transplantation]] der Matrix des Diagnoseprogramms in die des Doktors geht zwar das Diagnoseprogramm verloren, aber der Doktor kann gerettet werden. Der Doktor wird wieder aktiviert und muss langsam beginnen seine Erinnerungen zu sammeln. ({{VOY|Der Schwarm}})

Nachdem die [[Ferengi]] [[Arridor]] und [[Kol]], an Bord der ''Voyager'' gekommen sind, schlagen sie Fähnrich [[Murphy (Sicherheitsoffizier)|Murphy]], der sie in Arrest bringen soll nieder und fliehen mit ihrem [[Ferengi-Shuttle|Shuttle]] durch das [[Barzan-Wurmloch]]. Der Doktor und Kes behandeln darauf Murphys Verletzungen. ({{VOY|Das Wurmloch}})

Während die ''Voyager'' weiter zum Alpha-Quadranten fliegt, empfängt das Schiff plötzlich eine seltsame Botschaft mit dem Symbol Omega. Die Sensoren der ''Voyager'' haben das [[Omega-Molekül]] entdeckt und Janeway muss die [[Omega-Direktive]] ausführen. Janeway hat den Auftrag, da dieses Molekül zu gefährlich ist, es zu vernichten. Da sie dies nicht allein bewältigen kann, informiert Janeway ihre Führungsoffiziere, darunter auch den Doktor über die aktuelle Situation. Janeway gelingt es mit ihren Führungsoffizieren schließlich die lokalisierten Omega-Moleküle zu vernichten. ({{VOY|Die Omega Direktive}})

Wenige Wochen später kommt die [[Ramura]] [[Kellin (Ramuranerin)|Kellin]] an Bord der ''Voyager''. Sie behauptet, dass sie vor ein paar Wochen bereits auf der ''Voyager'' gewesen sei und mit Chakotay sogar eine Beziehung gehabt habe. Der Doktor untersucht sie darauf, kann aber nichts an ihr feststellen, da der Tricorder ihren Körper nicht scannen kann. Doch Kellin gelingt es ihre Behauptung zu beweisen. Sie bittet Captain Janeway um Asyl, da sie auf der Flucht vor ihrem Volk ist. Doch Kellin wird aufgespürt, ihre Erinnerungen an die ''Voyager'' werden gelöscht und der Doktor kann nichts für sie tun. Auch die Crew verliert kurz darauf sämtliche Erinnerungen über die Ramura und setzt ihre Reise fort. ({{VOY|Unvergessen}})

Kurze Zeit später beginnt Seven of Nine verschiedene Persönlichkeiten anzunehmen und der Doktor untersucht das seltsame Verhalten von Seven of Nine. Mit der Zeit übernehmen aus dem [[Hive-Bewusstsein]] stammende Persönlichkeiten immer mehr die Kontrolle über den Körper von Seven of Nine. Der Doktor tut zwar alles, was er kann, aber ihm gelingt es nicht diese Persönlichkeitsstörung zu behandeln. Inzwischen findet die ''Voyager'' in der Nähe eines Trümmerfeldes ein [[Vinculum|Borg-Vinculum]], das für die Persönlichkeitsstörungen von Seven of Nine verantwortlich ist. Die Deaktivierung des Vinculums scheitert und Seven of Nine übernimmt immer mehr Persönlichkeiten. Tuvok schlägt schließlich vor Seven of Nine mit einer Geistesverschmelzung zu helfen, allerdings ist der Doktor gegen diesen Vorschlag. Da dem Doktor keine andere Möglichkeit einfällt Seven of Nine zu retten, stimmt er Tuvoks Vorschlag widerwillig zu. Tuvok verbindet seinen Geist und nimmt Kontakt mit Seven of Nine auf. Inzwischen gelingt es Torres das Vinculum zu deaktivieren und schließlich erhält Seven of Nine wieder die Kontrolle über ihre Persönlichkeit wieder. ({{VOY|Das Vinculum}})

Einige Zeit später wird Torres von einer fremden Lebensform angegriffen, die sich dann mit Torres’ Körper verbindet. Der Doktor findet keine Möglichkeiten beide wieder voneinander zu trennen. Da er Hilfe von einem Experten in [[Xenobiologie]] benötigt, sucht der Doktor einen Experten in der Datenbank, der das nötige Fachwissen hat. Darauf erscheint ein [[Crell Moset (Hologramm)|Hologramm]] des Cardassianers [[Crell Moset]]. Beide versuchen darauf einen Weg zu finden, Torres und das fremde Wesen voneinander zu trennen, ohne beide zu töten. Bei weiteren Arbeiten erkennt der Bajoraner [[Tabor]] Crell Moset als den Massenmörder der medizinische und Folterexperimente an Bajoranern durchgeführt hat. Der Doktor steht nun vor einem moralischen Konflikt, da er das Fachwissen von Moset benötigt, obwohl Moset das Wissen durch den Tod unschuldiger Bajoraner erlangt hat. Der Doktor stellt später das Hologramm von Moset zur Rede, doch das Hologramm erklärt, er sei nur ein Hologramm, das mit den Taten des echten Moset nichts zu tun hat. Währenddessen weigert sich Torres von Moset behandeln zu lassen, da sie weiß, dass er ein Massenmörder ist. Später entscheidet Captain Janeway, um Torres zu retten, dass der Doktor weiter mit Moset zusammen arbeiten darf, obwohl sie weiß, dass es moralisch falsch und gegen den Willen von Torres ist. Dem Doktor gelingt es zusammen mit Moset Torres von dieser Kreatur zu befreien. Später wird das Wesen zurück zu seinen Artgenossen gebeamt. Nach der Operation löscht der Doktor vollständig das Programm von Moset. ({{VOY|Inhumane Praktiken}})

Wenige Wochen später entdeckt die ''Voyager'' ein Wurmloch, das direkt zurück zur Erde führt. Doch als Seven of Nine von einer Außenmission zurückkehrt, bemerkt sie das seltsame Verhalten der Crew und berichtet dies dem Doktor. Der Doktor will deshalb die Crew untersuchen, doch er wird deaktiviert, da sein Programm im Wurmloch beschädigt werden könnte. Auch Seven of Nine wird außer Gefecht gesetzt und die ''Voyager'' fliegt in das vermeintliche Wurmloch. In Wirklichkeit handelt es sich bei dem Wurmloch um eine [[Telepathische Werferpflanze]], die sich von der Energie der ''Voyager'' und ihrer Crew ernähren will. Während sich die Crew in dieser Werferpflanze befindet, verliert die gesamte Besatzung ihr Bewusstsein. Nur Naomi Wildman bleibt bei Bewusstsein und hilft Seven of Nine wieder zu sich zu kommen und Seven aktiviert sofort dem Doktor. In der Telepathischen Werferpflanze befindet sich ein weiteres Schiff mit einem Fremden namens [[Qatai]]. Beide Schiffe versuchen aus dem Schlund der Werferpflanze zu entkommen. Qatai will die Werferpflanze töten, doch der Doktor sträubt sich dagegen, da er gegen das Töten dieser Kreatur ist. Doch beiden Schiffen gelingt es mit Energieausstößen zu entkommen und die Werferpflanze speit beide Schiffe wieder aus. ({{VOY|Euphorie}})

Nachdem die ''Voyager'' eine [[Borg-Sonde]] vernichtet hat, beamt die Beatzung die [[Trümmer]] an Bord. Der Doktor ist sehr begeistert, als er in den Trümmern einige medizinische Komponenten entdeckt. Zu der Zeit beschließt Captain Janeway von den Borg eine [[Transwarpspule]] zu stehlen, damit die ''Voyager'' mit dieser Technologie schneller zurück in den Alpha-Quadranten reisen kann. Doch bei dem Diebstahl der Transwarpspule bleibt Seven of Nine auf dem Borgschiff zurück und kehrt zum [[Borg-Kollektiv]] zurück. Janeway plant eine Rettungsmission und lässt die gestohlene Transwarpspule in den [[Delta Flyer|''Delta Flyer'']] installieren. Der Doktor soll diese Rettungsmission begleiten, da er sich um den medizinischen Zustand von Seven of Nine kümmern soll. Der ''Flyer'' fliegt durch einen [[Transwarpkanal]] zum [[Unikomplex]] der Borg. Doch das Programm des Doktors scheint den Flug durch den Transwarpkanal nicht richtig zu vertragen und er wird [[Raumkrankheit|raumkrank]]. Später gelingt es Janeway Seven of Nine aus der Gewalt der Borg zu befreien und der Doktor stellt fesst, dass Seven vollständig gesund ist. Später kehrt der ''Flyer'' zur ''Voyager'' zurück. Mit der Transwarpspule gelingt es der ''Voyager'' 20.000 Lichtjahre näher an den Alpha-Quadranten hinzu gelangen. ({{VOY|Das ungewisse Dunkel, Teil I|Das ungewisse Dunkel, Teil II}})

Kurz darauf beginnt Seven of Nine Interesse an romantischen Beziehungen zu zeigen und der Doktor beginnt sie über Romantik zu unterrichten. Der Doktor übt mit Seven of Nine Verabredungen auf dem Holodeck, doch die Verabredungen scheitern zunächst. Als Tom Paris dies mitbekommt, [[wette]]t er mit dem Doktor, dass Seven of Nine niemals eine Verabredung zustande bringen werde. Paris wettet, falls er verliert, macht er einen Monat [[Doppelschicht]]en auf der Krankenstation, ansonsten bekommt er einen Monat frei. Der Doktor geht darauf ein. Als Seven of Nine eine Verabredung mit [[William Chapman]] hat, sieht der Doktor sich schon als Sieger dieser Wette, doch die ganze Verabredung läuft schief. Chapman wird sogar von Seven of Nine bei der Verabredung verletzt und muss auf die Krankenstation. Darum beschließt der Doktor selbst mit Seven of Nine auszugehen, um die Wette mit Paris doch noch zu gewinnen. Als Paris sieht, dass der Doktor es doch geschafft mit Seven of Nine auszugehen, gesteht er ein, dass er die Wette verloren hat. Als Seven of Nine mitbekommt, dass sie ein Wetteinsatz gewesen ist, ist sie sehr über den Doktor verärgert. Später entschuldigt sich der Doktor bei ihr und sie nimmt die Entschuldigung an. Der Doktor merkt allerdings, dass er sich inzwischen in Seven of Nine verliebt hat. Doch Seven of Nine macht dem Doktor schnell klar, dass sie momentan kein Interesse mehr an romantischen Beziehungen hat und der Doktor muss dies schweren Herzens hinnehmen. ({{VOY|Liebe inmitten der Sterne}})

Als die Führungsoffiziere über ihre Familien und Vorfahren sprechen, scherzt Tom Paris über die Verwandtschaft des Doktors und bezeichnet sie als [[rasieren|Rasierer]]. ({{VOY|23 Uhr 59}})

Einige Zeit später modifiziert Seven of Nine ihren [[Alkoven]] so um, dass sie auch während der Regeneration Daten, die von der ''Voyager'' empfangen werden, auswerten kann. Doch ihr Gehirn kann diese Daten nicht richtig verarbeiten. So vermutet sie, dass [[Tash]], der ein [[Subraumkatapult]] gebaut hat, zu den [[Nacene]] gehört. Doch der Doktor kann dies widerlegen. Später stellt Seven of Nine immer wildere Spekulationen auf und der Doktor untersucht die Modifikation des Alkovens von Seven of Nine, um sie darauf behandeln zu können. ({{VOY|Die Voyager-Konspiration}})

Nachdem es Lieutenant Reginald Barclay gelungen ist, von der Erde aus Kontakt mit der ''Voyager'' aufzunehmen, feiert die Crew der ''Voyager'' dieses Ereignis im Kasino. Der Doktor hat nebenher einige Untersuchungen über Barclay betrieben und herausgefunden, dass er unter vielen Phobien leidet. Trotzdem wird Barclay zum Ehrencrewmitglied der ''Voyager'' ernannt. ({{VOY|Das Pfadfinder-Projekt}})

Nachdem sich Chakotay, Paris, Neelix und Kim in der Gewalt von fünf Borg-Kindern befinden, untersucht die Crew der ''Voyager'', den verlassenen Borg-Kubus der Kinder, auf dem sich die Geiseln befinden. Alle erwachsenen Drohnen an Bord sind gestorben und der Doktor findet heraus, dass diese Drohnen durch einen Virus getötet wurden sind. Später beamt Seven of Nine ein Borg-Baby vom Kubus auf die Krankenstation und der Doktor kann das verletzte Baby im letzten Moment retten. Später gelingt es Seven of Nine vier der Borg-Kinder zu überzeugen ihre Geiseln frei zu lassen. Nur der [[Erster (junger Borg)|fünfte Borg]] will dies nicht zulassen. Doch er wird kurz danach getötet, während die übrigen vier Kinder Seven of Nine auf die ''Voyager'' begleiten. Der Doktor hilft bei der Reassimilierung der Kinder. ({{VOY|Das Kollektiv}})

Einige Wochen später erleidet das Holoprogramm ''Paris 042'' einige Fehlfunktionen und die Holofiguren bemerken, dass es sich bei der Crew der ''Voyager'' in Wirklichkeit um Fremde aus einer fernen Welt handelt. Als Paris und Kim das fehlerhafte Programm auf dem Holodeck reparieren wollen, werden sie von der Bevölkerung gefangen genommen. Da die Sicherheitskontrollen nicht mehr funktionieren, befinden sie sich in Lebensgefahr. Darauf wird der Doktor ins Holodeck geschickt, da die Hologramme ihm nichts anhaben können. Doch auch der Doktor wird gefangen genommen und der mobile Emitter wird ihm abgenommen. Dadurch wird seine Matrix auch in das fehlerhafte Programm integriert. Da die Hologramme aus Fair Haven alles über die Fremden wissen wollen, [[Hypnose|hypnotisieren]] sie den Doktor. Der Doktor glaubt zwar, er sei dagegen immun. Doch weil er in das fehlerhafte Programm integriert ist, lässt er sich hypnotisieren und gibt sämtliche Informationen über die ''Voyager'' preis. Später gelingt es Janeway mit den Bewohnern von Fair Haven zu verhandeln und erzählt ihnen die ganze Wahrheit über die ''Voyager''. Darauf werden die Geiseln frei gelassen. Der Doktor erhält seinen Emitter zurück und wird aus der Hypnose befreit. ({{VOY|Das Geistervolk}})

Einige Zeit später erscheint eine [[Kobali]], die behauptet, die im Jahr 2374 verstorbene [[Lyndsay Ballard]] zu sein. Schließlich bestätigen sich die Aussagen von Ballard und siewird wieder in die Crew aufgenommen. Der Doktor untersucht sie, wie es den Kobali gelungen ist sie wiederzubeleben und in einen der ihrigen zu transformieren. Der Doktor findet einen Virus, der dafür verantwortlich ist, allerdings kann er nichts gegen den Erreger tun. Doch dem Doktor gelingt es wenigstens ihr menschliches Aussehen herzustellen. Doch Ballard merkt, dass sie aufgrund ihrer Kobali-DNS nicht mehr dieselbe ist und auch nicht mehr zur Voyager-Crew gehört. Da der Erreger in ihr sich der Behandlung des Doktors anpasst, müsste sie regelmäßig auf die Krankenstation, damit sie ihr menschliches Aussehen behalten kann. Schließlich entscheidet sich Ballard die Behandlung abzubrechen und kehrt zu ihrem neuen Volk zurück. ({{VOY|Asche zu Asche}})

Als die ''Voyager'' die Heimatwelt des ehemaligen Borg-Jungen [[Icheb]] erreicht, ist er sehr nervös seine Eltern wieder zu treffen, doch der Doktor versucht Icheb zu beruhigen. Icheb verlässt kurz darauf die ''Voyager'' und bleibt bei seinen Eltern. Doch sie bringen ihn zurück zu den Borg, damit der Erreger, der sich in Icheb befindet, die Borg wie beim letzten Mal tötet. Nachdem Icheb von der ''Voyager'' vor den Borg gerettet worden ist, wird er vom Doktor behandelt und der unterdrückt vorläufig den Erreger in Icheb. ({{VOY|Icheb}})

Dem Händler [[Gar]] gelingt es wenig später das Programm des Doktors von der ''Voyager'' zu stehlen. Damit die Crew der ''Voyager'' nichts bemerkt, hinterlässt Gar eine billige Kopie des Doktors. Gar verkauft das Programm des Doktors mit seinem mobilen Emitter an [[Chellick]], den Leiter des [[Hospitalschiff 4-2|''Hospitalschiffs 4-2'']]. Der Doktor weigert sich zunächst zu helfen. Als er jedoch die vielen Verletzten sieht, beginnt er sofort mit seiner Arbeit. Inzwischen bemerkt die Crew, dass der Doktor entführt worden ist und durch ein billiges Programm ersetzt worden ist. Janeway beginnt Gar verfolgen zu lassen, um herauszufinden wo sich der Doktor befindet. Währenddessen erkennt der Doktor die Klassengesellschaft auf dem Hospitalschiff. Der Doktor wird auf die Ebene Blau versetzt, wo privilegierte Patienten behandelt werden, doch der Doktor ist mit diesen Behandlungsmethoden nicht einverstanden, da für ihn jeder Patient wichtig ist. Als der Doktor heimlich Patienten mit niedrigerem Status behandelt und sie mit Medikamenten versorgt, manipuliert Chellick das Programm des Doktors, damit er nur noch seine Einsätze auf der Ebene Blau verrichten kann. Doch dem Doktor gelingt es mit Hilfe von Doktor [[Voje]] die Flucht und zeigt dann Chellick wie es ist ein Patient in seinem eigenen Krankenhaus zu sein. Der Doktor infiziert Chellick mit einem Krankheitserreger und programmiert den Computer, dass Chellick ein Patient mit niederer Stufe ist und somit auch nicht die benötigten Medikamente bekommt. Auch [[Dysek]], der Chefarzt der Ebene Blau, unterstützt den Doktor bei seinen Taten. Chellick wird jetzt dazu gezwungen, dass er alle Patienten auf dem Schiff gleichwertig behandelt. Kurz darauf erscheint ein Außenteam der ''Voyager'' und der Doktor kehrt auf sein Schiff zurück. ({{VOY|Kritische Versorgung}})

In den nächsten Wochen schickt die Sternenflotte ein [[Reginald Barclay (Hologramm 2377)|Hologramm von Reginald Barclay]] zur ''Voyager''. Das Hologramm berichtet, dass die Sternenflotte einen Weg gefunden hat die ''Voyager''zurück in den Alpha-Quadranten zu bringen. Die Sternenflotte plant die ''Voyager'' durch eine [[geodätische Falte]], die gleichzeitig im Alpha- und im Delta-Quadranten erzeugt wird, zurück nach Hause zu bringen. Das Barclay-Hologramm soll dabei helfen, dass die ''Voyager'' eine geodätische Falte in der Nähe eines [[Roter Riese|roten Riesen]] erzeugt. Da das Barclay-Hologramm sich deswegen im ganzen Schiff frei bewegen muss, übergibt der Doktor ihm seinen mobilen Emitter. Wegen der Strahlung, die durch die geodätische Falte erzeugt wird, bereitet der Doktor die Impfungen für die Crew vor. Während der Vorbereitung für diese Mission macht sich das Barclay-Hologramm sehr beliebt bei der Crew, doch als der Doktor mit dem Hologramm seine Freizeit verbringen will, wird das Barclay-Hologramm plötzlich aggressiv ihm gegenüber. Der Doktor meldet das seltsame Verhalten des Barclay-Hologramms ihm gegenüber Captain Janeway. Darauf untersucht Torres das Programm und findet keine Fehler vor. Der Doktor entschuldigt sich darauf bei dem Hologramm. Doch keiner der Crew ahnt, dass dieser Barclay in Wirklichkeit von Ferengi programmiert worden ist, damit die ''Voyager'' durch die geodätische Falte fliegt. Die Ferengi wissen, dass die Crew dies nicht überleben wird, aber sie wollen nur an die Nanosonden von Seven of Nine heran gelangen, um diese Sonden profitabel zu verkaufen. Mit einer List gelingt es der Sternenflotte die Ferengi zu überzeugen die geodätische Falte zu schließen. Als die Crew auf der ''Voyager'' sieht, dass das Barclay-Programm wirklich so aggressiv ist, wie Doktor es beschrieben hat und Seven of Nine angreift, wird es von der Crew deaktiviert und untersucht. ({{VOY|Eingeschleust}})

Ein paar Wochen später stößt die ''Voyager'' auf eine Subraummine und das Schiff wird verstrahlt. Der Doktor muss die Crew behandeln, doch Janeway beschließt die ''Voyager'' zu evakuieren. Janeway aktiviert den Doktor als Notfall-Kommando-Hologramm, das die Strahlung beseitigen soll. Doch plötzlich wird die ''Voyager'' von fremden Schiffen angegriffen und der Doktor versteckt die ''Voyager'' in einem Nebel. Die übrige Besatzung wird von den fremden Schiffen entführt und auf den Planeten [[Quarra]] gebracht. Dort wird das Gedächtnis der Crew verändert, so dass sie glauben glücklich auf Quarra zu leben und zu arbeiten. Inzwischen kehrt der ''Delta Flyer'' von einer Außenmission zurück und findet die verlassene ''Voyager'' in dem Nebel vor. Dem Doktor ist es inzwischen gelungen die Strahlung zu beseitigen und einige der Schäden des Angriffs zu beheben. Unter dem Kommando von Chakotay repariert der Doktor weitere Systeme der ''Voyager''. Als die ''Voyager'' Quarra erreicht, fliegen Chakotay und Neelix mit der [[Baxial|''Baxial'']] zum Planeten, um dort nach den vermissten Crewmitgliedern zu suchen. Doch währenddessen streiten sich Kim und der Doktor, wer nun das Kommando über die ''Voyager'' hat. Auf der Oberfläche gelingt es Chakotay Torres aufzuspüren und zusammen mit Neelix an Bord der ''Voyager'' zu beamen. Plötzlich tauchen Sicherheitskräfte auf und verfolgen Chakotay, während die ''Voyager'' im Orbit angegriffen wird. ({{VOY|Arbeiterschaft, Teil I}})

Chakotay gelingt es zwar den Wächtern zu entkommen, allerdings wird er dabei verletzt. Währenddessen gelingt es dem Doktor dank seines taktischen Wissens die angreifende Schiffe außer Gefecht zu setzen und die ''Voyager'' entkommt den Angreifern. Der Doktor versteckt die ''Voyager'' in einem Krater auf einem Mond. Dort können Kim und Neelix die Reparaturen fortsetzen, während der Doktor sich um Torres kümmert. Neelix hilft Torres ihre Erinnerungen wieder zu finden. Auf Quarra gelingt es Chakotay inzwischen das Vertrauen von Janeway zu gewinnen, doch plötzlich tauchen Fremde auf und nehmen Chakotay gefangen. Die Entführer zwingen Chakotay die ''Voyager'' mit einer falschen Nachricht in eine Falle zu locken. Zur selben Zeit überlegt der Doktor dauerhaft ein Kommandohologramm zu sein, da er große Freude an diesem Beruf hat und er bittet Kim nach dieser Mission einen neuen Doktor zu programmieren. Doch plötzlich erhält die ''Voyager'' den falschen Notruf von Chakotay. Die ''Voyager'' begibt sich zum Planeten und erhält plötzlich eine Nachricht von Janeway. Janeway ist erstaunt, dass der Doktor und Kim sie als Captain bezeichnen, doch die beiden bestätigen Chakotays Aussagen gegenüber Janeway. Unerwartet tauchen wieder fremde Schiffe auf und greifen die ''Voyager'' an. Diesmal gelingt es Kim die Angreifer auszutricksen und die Schiffe werden schwer beschädigt. Nachdem Janeway auf dem Planeten die Schildemitter deaktiviert hat, können Kim und der Doktor die gesamte Crew wieder an Bord beamen. Der Doktor hilft beim Wiederherstellen der Erinnerungen der Crew und übergibt schweren Herzens das Kommando wieder an Janeway. ({{VOY|Arbeiterschaft, Teil II}})

Wenig später fliegen der Doktor und Captain Janeway mit dem ''Delta Flyer'' auf ein medizinisches Symposium. Als sich der ''Flyer'' auf dem Rückflug befindet, wird er von abtrünnigen Mitgliedern der Hierarchie angegriffen. Janeway und der Doktor werden gefangen genommen. Die beiden [[Zet]] und [[Nar]] fordern vom Doktor den Warpkern der Voyager, ansonsten töten sie Janeway. Der Doktor begibt sich darauf mit dem ''Flyer'' zurück zur ''Voyager'' und nimmt mit Hilfe des mobilen Emitters die Gestalt von Captain Janeway an. Die falsche Janeway warnt Chakotay vor den [[R'Kaal]], die die Warptechnologie verbieten und für die Auslieferung des Warpkerns die ''Voyager'' ansonsten verschonen wollen. Da Chakotay keine Wahl hat, bereitet er den Abwurf des Warpkerns vor. Doch Chakotay wundert sich über das seltsame Verhalten von Janeway und bittet den Doktor sie zu untersuchen. Chakotay erfährt aber vom Doktor, dass bei Janeway alles in Ordnung sei. Später testet Chakotay Janeway und erfindet eine falsche Geschichte und die falsche Janeway fällt darauf herein. Sie greift Chakotay an und Chakotay wird betäubt. Damit das Verschwinden von Chakotay nicht auffällt übernimmt er nun auch die Gestalt von Chakotay. Später ist der Doktor gezwungen auch noch die Gestalt von Torres anzunehmen, um seine Arbeiten mit dem Warpkern durchzuführen. Als Kim dem Doktor mit seinem falschen Spiel auf die Spur kommt, muss der Doktor auch Kim betäuben und übernimmt auch seine Gestalt. Als Tuvok dem Doktor auf die Spur kommt, versucht der Doktor ihn ebenfalls zu überwältigen, doch dem Doktor gelingt es nicht und Tuvok will den Doktor festnehmen. Doch der Doktor kann entkommen und täuscht auf den Holodeck Tuvok mit vielen falschen Doktor-Hologrammen. Der Doktor flüchtet in den Maschinenraum. Als Kommandohologramm lässt er den Warpkern ausstoßen und flüchtet in den ''Delta Flyer'', um nun den Warpkern zu übergeben. Doch Janeway wird nicht freigelassen und auch der Doktor wird eingesperrt. Janeway ist verärgert, da der Doktor nicht auf sie gehört hat und nun doch den Warpkern übergeben hat. Zet will den Doktor weiter modifizieren, damit er noch mehr stehlen kann. Währenddessen findet die Crew der ''Voyager'' eine versteckte Botschaft des Doktors. Mit einem Shuttle verfolgen Paris und Tuvok die Spur des ''Delta Flyers'' und spüren die beiden Gefangenen auf. Tuvok und Paris gelingt es den Warpkern zurückzubeamen und mit Hilfe von Nar können der Doktor und Janeway entkommen. An Bord der ''Voyager'' wird der Doktor aufs Holodeck transferiert. Durch die Modifizierung von Zet und die vielen Gestalten, die er innerhalb kürzester Zeit angenommen hat, droht das Programm des Doktors zu zerfallen. Da der Doktor glaubt, dass er sterben wird, beichtet er den Führungsoffizieren seine schlimmsten Taten, doch Torres kann das Programm des Doktors retten. Der Doktor schämt sich für seine Beichte und zieht sich auf die Krankenstation. Doch nach einer Woche kommt Janeway vorbei und erklärt, dass dieser Vorfall für sie erledigt ist, und lädt den Doktor aufs Holodeck ein. ({{VOY|Renaissance Mensch}})

Wenige Wochen später erlebt Torres einige Scheinwehen, doch der Doktor kann nichts tun und muss weiter warten, bis die Geburt eintritt. Bei Tuvok brechen inzwischen Symptome einer Krankheit aus, die ihn geistig verwirren wird. Der Doktor kann nicht viel für ihn tun, da nur eine Geistesverschmelzung mit einen Familienmitglied ihn retten kann. Zu der Zeit entdeckt die ''Voyager'' einen Nebel, in dem sich viele Wurmlöcher befinden, doch da sich in dem Nebel viele Borg-Kuben befinden, beschließt Janeway weiterzufliegen. Seven of Nine bittet wenig später den Doktor ihren Kortikalknoten zu deaktivieren, damit sie endgültig alle Emotionen erleben kann und der Doktor führt die Operation durch. Kurz darauf erscheint eine temporale Verzerrung und ein [[Shuttle SC-4|Shuttle der Sternenflotte]] erscheint aus der Verzerrung. Eine alte Admiral Janeway meldet sich auf den Bildschirm und erklärt, sie will die ''Voyager'' nach Hause bringen. ({{VOY|Endspiel, Teil I}})