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Einige Wochen später fliegen Commander Chakotay, Harry Kim und Neelix zu einer [[Diplomatie|diplomatischen]] Mission zu den [[Nar Shaddan]]. Der Kontakt verläuft erfolgreich. Auf den Rückweg zur ''Voyager'' leidet Harry Kim unter [[Magen (Organ)|Magenbeschwerden]], nachdem er einen [[Falah-Nektar]] getrunken hat. Als der ''Flyer'' die ''Voyager'' treffen will, ist diese nicht am vereinbarten Treffpunkt. Später findet der ''Flyer'' die verlassene ''Voyager'', welche nun vom [[Notfall-Kommando-Hologramm]] kommandiert wird vor. Die Crew ist in der Zwischenzeit auf den Planeten [[Quarra]] [[Entführung|entführt]] worden. ({{VOY|Arbeiterschaft, Teil I}})
Einige Zeit später gibt Tom Paris [[Icheb]] Flugunterricht im ''Delta Flyer''. Dabei begleitet ihn auch der vorübergehend aus dem [[Q-Kontinuum]] ausgestoßene [[Q (Sohn)|Q]]. Paris lässt auch einmal den jungen Q das Steuer übernehmen. Später [[Diebstahl|stiehlt]] Q den ''Flyer'' und nimmt auch Icheb mit, obwohl er dies nicht möchte. Q fliegt mit Icheb zum Planeten [[Golos Prime]], als plötzlich der ''Flyer'' von den [[Chokuzaner]] angegriffen wird. Es kommt zu einem Kampf bei dem Icheb verletzt wird und zu sterben droht. Der junge Q kehrt mit dem ''Flyer'' zur ''Voyager'' zurück und als er sieht, dass Icheb im sterben liegt, übernimmt er zum ersten Mal Verantwortung. Er kehrt zu den Chokuzanerzurück, um diese zu bitten Icheb zu helfen und er [[Entschuldigung|entschuldigt]] sich für den Angriff. Es stellt sich heraus, dass der Chokuzaner in Wirklichkeit Qs Vater [[Q]] ist, der seinen Sohn testen wollte. Q hat diese Prüfung bestanden und sein Vater heilt darauf Icheb. ({{VOY|Q2}})
[[Bild:Delta Flyer Flugstunden.jpg|thumb|left|Tom Paris nimmt Flugstunden mit den ''Delta Flyer II''.]]
Die ''Voyager'' bekommt von der [[Sternenflotte]] den Auftrag die [[Sonde]] [[Friendship 1]] zu bergen. Um diese Mission zu erfüllen fliegen Commander Chakotay, Tom Paris, [[Joe Carey]], Harry Kim und Neelix auf den Planeten [[Uxal]], um die Sonde zu bergen. Auf der Planetenoberfläche werden Paris, Neelix und Carey von den Bewohnern gefangen genommen, während Chakotay und Kim mit dem ''Flyer'' fliehen können. Die Bewohner machen die Menschen für die Situation auf den dem Planeten verantwortlich. Als Friendship 1 den Planeten erreicht hat, haben die [[Uxali]] die [[Technologie]] der Sonde kopiert. Da die Technik der Uxali fehlerhaft gewesen ist, kommt es zu [[Antimaterie]]explosionen und es folgt ein [[nuklearer Winter]] auf der Planetenoberfläche. Später können die [[Geisel]]n, außer Carey, welcher getötet wird, befreit werden und Captain Janeway hilft bei der Wiederherstellung der [[Atmosphäre]]. ({{VOY|Friendship One}})
Ende 2377 fliegt Tom Paris mit dem ''Flyer'' zu schnell im [[Orbit]] von [[Ledos]]. Paris wird von den [[Ledosianer]]n die [[Fluglizenz]] für den Flug in ihrem Gebiet entzogen und Paris muss zusammen mit dem Fluglehrer [[Kleg]] Flugstunden nehmen und dann an einer Prüfung teilnehmen. Paris macht dies nur widerwillig mit, da Kleg an allem was Paris tut etwas zu meckern hat. Kurz darauf kommt es zu einem Kampf zwischen der ''Voyager'' und den Ledosianern, da die ''Voyager'' die einheimischen [[Ventu]] schützen will. Paris hilft der ''Voyager'' und unterbricht seine Flugprüfung. Paris gelingt es mit dem ''Flyer'' die Ventu zu schützen, aber er fällt durch die Prüfung und darf nicht mehr durch das Gebiet der Ventu fliegen. ({{VOY|Ein natürliches Gesetz}})