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→DS9 und Bajor: Linkfix
Deep Space 9 ist ein Ort, in dem es zu ständigem Kontakt und Zusammenarbeit zwischen Bajoranern und Bürgern der Föderation kommt und ist daher von Zeit zu Zeit auch Ort und Gegenstand einiger Konflikte. Spät im Jahr 2369 wird die Station Gegenstand eines Streits zwischen bajoranischen religiösen Fundamentalisten, aufgehetzt durch [[Vedek]] [[Winn Adami]], und den Pro-Föderation-Gruppierungen. Dieser Vorfall rückt den heftigen Wettstreit um die Nachfolge von [[Kai]] [[Opaka]] in den Mittelpunkt des Aufmerksamkeit. Außerdem protestiert Winn gegen die Inhalte im Schulunterricht der Station, die das Wurmloch betreffen, was zu einer Kluft zwischen einigen konservative Bajoranern und aufgeklärten Vertretern der Föderation führt. ({{DS9|Die Prophezeiung|Blasphemie}})
Anfang des Jahres 2370 lehnt sich eine extremistische Gruppierung, die [[Allianz für ein freies Bajor globale Einheit]] - auch bekannt als "[[Der Kreis (Politik)|Der Kreis]]" - gegen die provisorische Regierung Bajors auf. Die Station wird zum Ziel der Aufständischen mit dem Bestreben, alle Nicht-Bajoraner dazu zu zwingen die Station zu verlassen. Das Personal der Sternenflotte sowie alle Föderationsbürger werden daraufhin von der Station evakuiert, nur eine Rumpfbesatzung aus Freiwilligen unter der Leitung von Commander Sisko bleibt zurück, um eine Übernahme durch den Kreis zu verhindern. Eine Gruppe der Bajoranischen Miliz, die auf Anweisung von [[Minister]] [[Jaro Essa]], dem Anführer des Kreises handeln kommt an Bord um die Kontrolle zu übernehmen. Stattdessen wird dies aber in ein zwei Tage andauerndes Katz-und-Maus-Spiel mit der verbliebenden Besatzung verwickelt. Währenddessen werden dem Ministerrat beweise zugetragen, die belegen, dass die Cardassianer über [[Kressari]] als Mittelsleute heimlich den Kreis mit Waffen unterstützen. Durch dies Aufdeckung bricht der Aufstand des Kreises zusammen und die Besatzungstruppe anbord der Station übergibt das Kommando wieder Commander Sisko. ({{DS9|Die Heimkehr|Der Kreis|Die Belagerung}})
In späteren Jahren sind die gelegentlich auftretenden Unruhen, wenn die Interessen der Föderation denen Bajors entgegenstehen weit weniger gefährlich, da mit der Zeit der Widerstand gegen den Einfluss der Föderation auf Bajor abnimmt, wozu auch die Rolle von Benjamin Sisko als der Abgesandte beiträgt.