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Nachdem das Schiff ein [[Auto]] von der Erde des [[20. Jahrhundert]]s und in der Nähe einen Planeten entdeckt, fragt er Janeway, ob es wirklich nötig ist, auf dem Planeten zu landen. Janeways Einwand, dass jemand das Auto quer durch die [[Galaxie]] befördert hat und dies eine Möglichkeit zur Heimreise sein könnte, überzeugt ihn jedoch. Chakotay gehört auch dem Außenteam an, welches die Quelle eines [[SOS]]-[[Notsignal|Notsignals]] auf einem fremden Planeten sucht. Dort entdecken sie eine Vielzahl von Menschen in Stasiskammern. Nachdem bei der anschließenden Besprechung, beschlossen wird, die Menschen aufzuwecken, empfiehlt Chakotay, dass nur menschliche Besatzungsmitglieder dabei anwesend sind. Dem stimmt Janeway zu. Nachdem das Außenteam von [[Fred Noonan]] als Geiseln genommen wird, nimmt er dessen Ultimatum entgegen. Anschließend begibt er sich mit Tuvok und einem Sicherheitsteam zum Frachtraum. Nachdem das Außenteam runtergebeamt wurde, wird es in einen Kampf verwickelt. Jedoch gelingt es Janeway die Feinde zu umgehen und zu stellen. Anschließend kommt es zu Verhandlungen mit den Angreifern, welche sich als die Nachfahren der Menschen aus den [[Stasiskammer|Stasiskammern]] entpuppen. Chakotay nimmt auch an den weiteren Gesprächen mit diesen Menschen teil. So kann der Konflikt beigelegt werden und sie besuchen die Städte dieser Menschen. Als diese anbieten, Jeden von der ''Voyager'', der es wünscht aufzunehmen, bespricht er das mit dem Captain. Er selbst möchte auch nach Hause, jedoch hat der Captain Zweifel. Sie weist darauf hin, dass sie hundert Personen zum Betrieb des Schiffes benötigen. Falls mehr sich zum Bleiben entschließen, strandet die gesamte Besatzung auf diesem Planeten. Er und Janeway machen sich Sorgen und spekulieren darüber, welche Besatzungsmitglieder auf dem Planeten bleiben werden. Als sie jedoch gemeinsam den Frachtraum betreten, in dem sich alle versammeln sollten, die das Schiff verlassen möchten, ist dieser leer. Anschließend gehen sie auf die Brücke und die ''Voyager'' hebt von der Planetenoberfläche ab. ({{VOY|Die 37er}})
Als er zwei Besatzungsmitglieder im Turbolift beim Küssen ertappt, bezeichnet er dies als indiskrete Verbrüderung. Er meldet dies dem Captain, der dagegen jedoch nichts unternehmen will. Als die ''Voyager'' wenig später auf eine Lebensform trifft, die in einem Schwarm lebt, vermutet Chakotay, dass diese Nährstoffe aus dem Weltraum durch ihre extrem poröse Außenhaut absorbieren können. Weil diese Lebensform damit beginnt das Schiff anzuziehen, informiert er Janeway permanent über den Status des Schiffes. Er bespricht mit Janeway auch Kes' Situation. Dabei kommen sie auch auf das Problem der Fortpflanzung im Allgemeinen zu sprechen. Sie sind sich einig, dass sie niemandem verbieten können, ein Kind zu bekommen. Nachdem die Voyager auf einen Schwarm von Lebensformen trifft, erkennt Chakotay, dass sich die kleineren Lebensformen an das Schiff anlagern, wie an die größere Lebensform. Er vermutet, dass der Plasmaausstoß des großen Wesens eine Art Imponiergehabe gegenüber dem Raumschiff, als Konkurrenten war. Nachdem ein Rammstoß die Kreatur nicht zum Abzug bewegt, will Chakotay sich zurückziehen und ein Unterwerfungsritual durchführen. Dies führt zur Ablösung der kleinen Kreaturen vom Schiff und es kann seine Reise fortsetzen. ({{VOY|Elogium}})
Auch wenn er nicht immer dieselbe Meinung wie [[Captain]] [[Kathryn Janeway|Janeway]] hat, wird er im Laufe der Zeit zum engsten Vertrauten des Captains.