In der Folge {{e|Arbeiterschaft, Teil I}} nennt sich Chakotay [[Amal Kotay]], um seine Identität zu verschleiern, nachdem er mit einigen anderen Crewmitgliedern entführt wurde. Es gibt Hinweise darauf, dass dies sein Geburtsname ist; allerdings kann er ihn aber auch neu erfunden haben, um eine andere Identität anzunehmen.

Es gibt einige Unklarheiten bezüglich Chakotays [[Dienstgrad]] auf der ''Voyager''. Sein provisorisches Dienstgradabzeichen ähnelt dem eines regulären [[Lieutenant Commander]]s, und tatsächlich gibt es andere Belege dafür<!--z.B. B'Elanna Torres-->, dass die provisorischen Abzeichen der Maquis dem regulären System nachempfunden sind. Der Dienstgrad würde auch mit seinem letzten regulären Sternenflottendienstgrad übereinstimmen. Tatsächlich gibt Chakotay selbst seinen Dienstgrad in {{e|In Fleisch und Blut}} jedoch ausdrücklich mit [[Commander]] an, und es gibt auch keine einzige Gelegenheit während der ganzen Serie, bei der Chakotay als Lieutenant Commander angesprochen oder vorgestellt wird oder sich selbst als solcher vorstellt. Auch im Serienvorspann erscheint er in den ersten drei Staffeln als <q>Commander Chakotay</q> (später entfällt der Dienstgrad), allerdings werden im Vorspann auch Torres und Paris jeweils als <q>Lieutenant</q> bezeichnet.