Später verließ Chakotay die Sternenflotte und schloss sich dem [[Maquis]] an. Durch seine Führungsstärke stieg er dort rasch auf und erhielt bald das Kommando über die [[SS Val Jean]], ein [[Maquis-Raider]]. Zusammen mit seiner Crew wurde er dann [[2371]] vom [[Fürsorger]] in den [[Delta-Quadrant]]en verschleppt. ''([[VOY]]: "[[Der Fürsorger, Teil I]]")''.