An Bord eines [[Klingone|klingonischen]] Raumschiffs wird ein Klingone von zwei anderen in einen Rauzm Raum gebracht und auf Anweisung eines weiteren Mannes an einen Stuhl gefesselt. Der Gefangene verlangt, den [[Magistrat]] zu sprechen und erklärt, dass sein [[Todesstrafe|Todesurteil]] umgewandelt wurde. Dem Gefangen Gefangenen wird nun ein Flüssigkeit in einem Tropf verabreicht. Daraufhin hat er starke Schmerzen und schreit auf, während sich seine Stirnkämme beginnen aufzulösen.

[[Charles Tucker III|Tucker]] packt gerade seine Sachen, als die [[Enterprise (NX-01)|''Enterprise'']] das Raumdock passiert, wo die ''[[Columbia (NX-02)|Columbia]]'' liegt. [[T'Pol]] betritt das Quartier. Tucker fragt, ob sie zu seiner Abschiedsparty in die Messe kommt. T'Pol versteht jedoch die Logik hinter seiner Entscheidung nicht. Er würde Captain Archer nicht ohne triftigen Grund verlassen. Tucker behauptet, dass Hernandez einen Ingenieur braucht, der Weltraumerfahrung hat und draußen war. T'Pol fragt, ob er ihretwegen geht. TUcker Tucker sagt, dass die Sternenflotte seiner Versetzung zugestimmt habe. T'Pol stellt fest, dass dies keine Antwort auf ihre Frage sei. Tucker erklärt nun, dass sich nicht alles in seinem Leben um T'Pol drehen würde.

Beim [[Landurlaub]] auf der [[Erde]] verlassen [[Hoshi Sato]] und [[Doktor|Dr.]] [[Phlox]] gerade ein Restaurant und gehen. Sato meint, dass er [[Madame Chang's Mandarin Cafe]] wohl als Geheimtipp hüten wollte. Sato sagt, dass sie ein paar Freunden von dem Lokal erzählt hat. Phlox fragt, ob es nur ein paar waren und Sato antwortet, dass sie als Kommunikationsoffizier viele Freunde habe. Dann erkundigt sie sich, wie Phlox' Treffen mit dem [[IMA]] gelaufen sei. Sie haben ihn gefragt, ob er Interesse hätte, Direktor der [[Xenobiologie]] zu werden. Hoshi findet dieses Angebot toll, doch Phlox überlegt immer noch, da er die ''Enterprise'' lieb gewonnen hat und sie nicht verlassen will. Er fragt auch Hoshi nach ihrer Meinung, doch sie denkt, dass er die falsche Person fragt, da sie ein begründetes Interesse hat, ihn auf dem Schiff zu behalten. Da treten drei [[Rigelianer]] aus den Büschen hervor und fordern Phlox auf, mit ihnen zu kommen. Als er einer eine Waffe zieht, tritt Hoshi sie ihm aus der Hand und Phlox ringt mit dem zweiten Entführer. Hoshi steckt einen Treffer ein, kann den Rigelianer aber über ihre Schulter werfen. Anschließend schlägt sie jedoch ein dritter Mann nieder und betäubt Phlox mit einer [[Energiewaffe]]. Während sie Phlox wegbringen, öffnet Hoshi kurz die Augen und hört einige Sprachfetzen.

Bald darauf treffen Archer, Tucker und Reed am Tatort ein und der Captain fragt, wer für diesen Angriff verantwortlich sei. [[Commander]] [[Collins (Commander)|Collins]] von der Sternenflottensicherheit stellt sich vor und sagt, dass sie genau das herausfinden will. Archer stellt sich und Reed vor. Hoshi sagt, dass es drei Männer waren, die sie aber nicht wiedererkennen wird, da es zu dunkel war. Sie sagt, dass sie hörte, wie einer der Männer etwas sagte, bevor sie bewusstlos wurde. Allerdings kannte sie die Sprache nicht. Collins sagt, dass die einzige DNA, die sie gefunden haben , zu Sato und ihrem Arzt gehören. Außerdem haben sie einige Ionisierungsrückstände gefunden. Reed fragt, ob es eine [[Transporter]]signatur sein könne. Collins hält dies jedoch für unwahrscheinlich, da nur wenige Leute Zugang zu dieser Technologie haben. Sie spricht auch an, dass Phlox bei seinem letzte Besuch auf der Erde eine Auseinandersetzung hatte. Archer fragt, ob es da einen Zusammenhang gibt. Collins antwortet, dass Übergriffe auf Außerirdische selten sind. Reed sagt, dass der Mann ein Großmaul war und kaum genug Grips für die Planung einer Entführung hatte. Collins will in alle Richtungen ermitteln und geht dann. Archer lässt Reed bei der Sternenflotte nachfragen, ob ihr Satellit heute Nacht [[Transporter]]aktivität registriert hat.

Reed greift auf die Satellitenlogbücher 137 bei den Zeitparametern 19:00 und 19:45 zu. Jedoch sind laut dem Computer keine Daten für Gitter 137 verfügbar. Reed ruft nun die [[Einsatzplanung|Sternenflotten-Ops]]. Daraufhin meldet sich ein Mann und fragt ihn, ob er eine [[Nachtschicht]] einlegen würde. Reed ist überrascht , den Mann zu sehen und sagt, dass er dachte, dass er Sternenflotten-Ops gerufen hätte. Der Mann weiß schon Reeds Frage, nämlich warum das Sensorgitter, dass San Francisco abdeckt, für [[Wartung]]sarbeiten abgeschalten abgeschaltet war. Reed bestätigt dies und der Mann teilt ihm einen Treffpunkt mit, an dem er sich in einer Stunde einfinden solle.

T'Pol macht inzwischen eine [[Gedankenverschmelzung]] mit Sato. Diese spürt nichts. Archer rät T'Pol , ihre emotionale Unterdrückung etwas zu lockern. T'Pol sagt, dass sie fühlt, was sie fühlt und weiß, was sie weiß. Sato und T'Pol hören sich nun. Sie gehen zu dem Zeitpunkt zurück, wo sie das Restaurant verließen. T'Pol fragt, wo sie angegriffen wurden. T'Pol sieht die beiden Männer. Sie sieht, wie sie die Waffen ziehen und es zum Handgemenge kommt. T'Pol sagt Sato, dass sie die Schmerzen vergessen solle und sich auf diesen Moment konzentrieren solle. So hören sie die Worte <q>Dol'sha t'ung nev'Rleel.</q> - <q>Nehmt Sie mit.</q> Sie erkennt, dass dies [[Rigelianisch]] ist.

Auf der Brücke informiert T'Pol Archer, dass ein [[Rigelianischer Frachter|rigelianischer Frachter]] zwei Stunden nach der Entführung den Orbit verließ. Ihrem [[Flugplan]] zufolge, steuerten sie die [[Proxima-Kolonie]] an. Archer erkennt auf den Scannern, dass sie diese Flugbahn nicht einmal in die Nähe der Proxima-Kolonie bringt. Archer lässt nun Admiral [[Gardner]] rufen und in seinen Raum durchstellen. Außerdem streicht er den Landurlaub und beordert alle Crewmitglieder zurück an Bord.

[[Antaak|Ein Klingone]] arbeitet in einem Labor inzwischen mit DNA-Proben und ein anderer sieht ihm zu. Phlox wird von zwei Kriegern hereingeführt und der Andere andere begrüßt Phlox in der [[Qu'Vat-Kolonie]]. Er solle mit Dr. Antaak zusammenarbeiten. Phlox weigert sich. Daraufhin droht der Mann, dass Phlox dann sterben werde. Dieser eriwderterwidert, dass es sicher bessere Wege gebe, einen Laborassistenten zu rekrutieren. K'Vagh antwortet, dass er die Lage offenbar missversteht , und stellt klar, dass Antaak ihm assistieren wird. Dieser freut sich , Phlox wiederzusehen. Er sagt, dass er sich wohl nicht mehr an ihn erinnere. Sie sieen seien sich aber vor fünf Jahren bei der [[IMA]]-[[Konferenz]] auf [[Tiburon]] begegnet. Phlox kann sich allerdings nicht an Klingonen auf der Konferenz erinnern. Antaaks agt, dass er als Mitglied der [[Mazarit|mazaritischen]] Delegation verkleidet war, da sein Volk nicht eingeladen war. Der Mann schlägt vor, dass er schnell arbeitet, weil er einen Fortschritsbericht Fortschrittsbericht bei Sonnenaufgang erwartet. Nachdem der General gegangen ist, entschuldigt sich Antaak für sein Benehmen und erklärt dies damit, dass die Kriegerkaste nur sehr wenig von Protokollen halte. Phlox fragt, was er von ihnen will. Er sagt, dass das Reich wohl vor der größten Herausforderung seit der [[Hur'q-Invasion]] steht. Millionen sind bereits infiziert und wenn es anhält, wird die klingonische Spezies aufhören zu existieren. Phlox fragt, wieso sie nicht Denobula und die Sternenflotte um Hilfe baten. Antaak entgegnet, dass er die klingnonische klingonische Lebensart nicht verstehe. Um Hilfe zu bitten, würde sie in den Augen ihrer Feinde schwach aussehen lassen. Phlox wurde ausgewählt, weil er von seinem Referat über die Ausbreitung von Viren begeistert war. Der Denobulaner fragt nun, was für Forschungen sie hier genau betreiben. Antaak antwortet, dass sie hier metagenische Forschungen betreiben. Er hat das Virus bereits isoliert und nimmt an, dass er mit dem kartieren Kartieren der [[Nukleotid]]e beginnen will. Dann reicht er ihm eine [[Petrischale]] und Phlox nimmt sie entgegen.

Phlox entdeckt inzwischen, dass das Virus eine mutierte Form der [[Levodianische Grippe|levodianischen Grippe]] ist. Antaak sagt, dass es immun gegen alle ihre Antivirenmittel ist. Phlox will das IMA kontaktieren, dass ihnen vielleicht ihre Datenbank zur Verfügung stellen kann. Antaak sieht dafür keinen Grund und sagt, dass sie die gesamte Datenbank der IMA in ihren Besitz gebracht haben. Phlox stellt empört fest, dass sie sie [[Diebstahl|gestohlen]] haben. Antaak rechtfertigt sich damit, dass medizinische Forschung für den Hohen Rat keine Priorität habe und er gezwungen sei, Informationen zu sammeln, wo er kann. Phlox sagt, dass das nicht sehr ehrenvoll klingt. Antaak sagt, dass wenn er die Wahl hat zwischen Ehre und Leben retten, würde er das Letztere wählen. Phlox fragt, wie es wäre, wenn er einen [[Genomsequenzer]] stehlen lassen würde. Das Virus können sie nämlich nicht anwenden, ohne die entsprechende Technologie. K'Vagh lässt nun einen Klingonen hereinbringen. Phlox stellt fest, dass er infiziert ist und fürchtet, dass sie infiziert werden. Antaak sagt, dass er bei Stufe 1 ist und das Virus erst bei Stufe 3 ansteckend wird. Phlox sagt, dass er an einen Toten dachte, als er darum bat, ihm einen Körper zum Sezieren zu bringen. K'Vagh sagt, dass er nicht mehr allzu lange leben wird. Antaak will den Mann nun einschläfern, doch Phlox fällt ihm in den Arm und fragt, was er vorhabe. Antaak antwortet, dass er den Mann einschläfern will und es ehrenhafter sei, sein Leben der medizinischen Forschung zu opfern, als sinnlos zu sterben. Phlox erwidert, dass ihnen nicht diese Wahl obliege. Daraufhin erschießt K'Vagh den Mann und lässt Phlox weiterarbeiten.

Die ''Enterprise'' nähert sich inzwischen dem Wrack, während Reed eine verschlüsselte Komverbindung auf der Sternenflottenfrequenz 7-9-Baker herstellt. Dann spricht er mit Harris. Dieser bedauert den Vorfall, weil die Klingonen ihre Spuren verwischen mussten. Reed sagt, dass er die Waffensignatur analysiert hat. Harris fragt nach, ob Archer nichts wisse, was Reed bestätigt. Dieser weiß jedoch nicht, wie lange er es noch vor dem Captain verheimlichen kann. Es sei bekannt, dass in diesem Gebiet [[Orion]]-[[Pirat]]en operieren. Reed droht, dass er die Lage Archer erklären könnte. Harris wendet ein, dass Archer alle Erkenntnisse, die er bekommt, Admiral Gardner weiterleiten müsste. Die Folge wäre eine Untersuchung. Reed sagt, dass er kompromittiert wird und dies nicht mag. Harris sagt, ass dass er sich lange bevor er auf die ''Enterprise'' ging, ihnen verpflichtet hat. Da wird die ''Enterprise'' angegriffen und Hoshi ruft alle Mann auf die Stationen.

Ein [[Weitere Klingonische Schiffsklassen#Laneths Schiff|klingonisches Schiff]] greift die ''Enterprise'' an. T'Pol meldet, dass die Hüllenpanzerung hält und Hoshi erhält auf ihre Rufe keine Antwort. Archer lässt daher auf ihre Waffen zielen. Da wird die ''Enterprise'' von vier menschlich aussehnden aussehenden Männern geentert und ein Crewman niedergeschossen. Die Klingonen schließen ein Schloss kurz und klettern durch eine [[Jefferies-Röhre]] hoch. Sato bemerkt die Enterung auf dem D-Deck, Steuerbordseite, Zugangsröhre 7. Archer lässt Reed diese versiegeln und die MACOs hinschicken. Es kommt zu einem Feuergefecht und ein Klingone lässt mit den Waffen auf ihren Standort zielen. Die ''Enterprise'' wird dort getroffen und die MACOs durch eine Explosion außer Gefecht gesetzt. Archer befiehlt, dass die Klingonen aufgehalten werden sollen. Diese ziehen sich inzwischen zum Transportort zurück. Ein MACO schießt einen Klingonen nieder, ehe er betäubt wird. Zwei Sicherheitsleute nähern sich und so lassen sie den Verletzten zurück. T'Pol meldet, dass sie ihren Transporter aktiviert haben und Travis erkennt, dass sie auf Warp gehen. Archer befiehlt einen Verfolgungskurs. Jedoch reagiert das Steuer nicht.

Archer, T'Pol und Sato gehen nun auf die Krankenstation und Archer weist die Medizinerin an, den an ein Bett gefesselten Klingonen zu wecken. Archer fragt ihn, warum sie sie angreifen. Sato übersetzt, dass er dem Menschen Archer nichts zu sagen habe. T'Pol meint, dass ein Fehler vorliegen müsse. Seiner Biosignatur nach ist er Klingone. Archer wundert sich nun auch über sein Aussehen.

Bei einer Besprechung der Offiziere, vermutet Reed, dass er chirurgisch verändert wurde. Archer fragt nach weiteren Theorien, doch T'Pol braucht dafür weitere Daten. Außerdem hat ihr [[Enterkommando|Entertrupp]] ihre [[Flussregulator|Antimaterieflussregulatoren]] unbrauchbar gemacht. Der Warpantrieb sollte in sechs Stunden wieder einsatzbereit sein. Archer schickt Travis zu ihrem Chefingenieur und soll auch checken, ob die Klingonen noch andere Systeme sabotiert hätten. Archer fragt T'Pol, ob sie etwas aus der rigelianischen Blackbox herausbekommen habe. T'Pol meldet jedoch, dass sie gelöscht wurde und . Reed führt dies auf eine Sicherheitsvorkehrung zurück, die verhindern sollte, dass sie in falsche Hände fällt. T'Pol und Hoshi sollen nun versuchen , Daten zu rekonstruieren. Reed bleibt nachdenklich vor der Tafel stehen, während die anderen Offiziere auf ihre Stationen zurückkehren.

Phlox betrachtet inzwischen im Mikroskop die DNA-Sequenz und ihm kommt die [[Basenpaarsequenz]] sehr bekannt vor. Antaak fragt nach. Phlox bemerkt neben sich nun einen [[Targ]], der an seinem Fuß schnüffelt. Antaak ruft den Targ, der auf den Namen [[Boshar]] hört, zu sich und dann aus dem Raum, da die Fütterungszeit vorbei sei. Phlox fragt, ob er es klug hält, wilde Tiere hier zu halten. Antaak sagt, dass es auf seiner Krankenstation dutzende Kreaturen gebe, doch Phlox entgegnet, dass diese nicht frei herumlaufen. Er könnte Boshar niemals einsperren. Er hat ihn als Kind schwer verletzt gefunden und seine Wunden selbst genäht. Phlox erkennt nun, dass diese DNA zu Augments gehört und fragt, wie sie ihren Weg in dieses Virus fanden. K'Vagh fragt, ob er es wirklich so überraschend findet. Zwei Augments gelang es, sich einen Bird-of-Prey anzueignen und seine gesamte Crew zu ermorden. Das Reich könne einer minderwertigen Spezies nicht gestatten, einen Vorteil ihnen gegenüber zu erlangen. Er malt das Schreckensszenario von Sternenflottenschiffen, die mit Augments bemannt sind, an die Wand. Phlox sagt, dass Genmanipulationen auf der Erde seit Jahrzehnten verboten sind und die Augments, die sie angriffen, Relikte einer vergangenen Ära sind. K'Vagh berichtet, dass ihre Botschafter es dem Hohen Rat erzählt haben, aber nicht sehr überzeugend waren. Sie hätten nur auf eine Bedrohung reagiert. Sie fanden noch einige Embryos im Wrack des Bird-of-Prey. Sie benutzten sie, um einige Augments sequenziell neu zu ordnen. Es gab jedoch einige unerwartete Nebenwirkungen. Phlox weiß nun Bescheid und zählt die Nebenwirkungen auf: So begannen sich die Schädelkämme aufzulösen, die Augment-DNA war etwas aggressiver. Ihre Augments sahen zwar menschlich aus, waren aber Klingonen. Dann fingen jedoch ihre [[Nervenbahn]]en an, zu degenerieren. Sie starben qualvoll. Eine der Testpersonen litt an der [[Levodianische Grippe|levodianischen Grippe]]. Die Augment-Gene modifizierten das Virus. Jetzt wird es über die Luft übertragen. Phlox fragt, ob sie es ihm nicht früher sagen hätten können. K'Vagh schickt Phlox nun wieder an seine Arbeit, wenn er den Ort lebend verlassen will.

An Bord der ''Enterprise'' versuchen T'Pol und Sato inzwischen , das Datenverzeichnis des Rekorders zu rekonstruieren. Sato fragt, ob verrückte Träume, nach einer Gedankenverschmelzung ungewöhnlich sind. T'Pol sagt, dass unbewusste Gedanken ausgetauscht werden können und diese im Traum an die Oberfläche kommen. Sato erzählt ihr nun, von einem bizarren Traum, in dem sie mit Tucker an einem seltsamen Ort war, wo alles weiß war. Der Traum hatte fast eine romantische Qualität. T'Pol findet es ziemlich merkwürdig. Sie informieren Archer, dass die Speichervorrichtung von Reed gelöscht wurde. Sie fanden ihn im Lagerschrank C-14. Die letzte Person, die Zugang zu diesem Schrank hatte, war Lt. Reed.

Reed wird daraufhin von Captain Archer befragt. Er behauptet nicht zu wissen, worauf der Captain hinauswolle. Dieser erklärt, dass nur jemand, mit Geheimhaltungsstufe Alpha 4 oder höher Zugang zur Blackbox hatte. Diese haben nur Archer, T'Pol und Reed. Reed behauptet, dass es ein ziemliches Rätsel sei. Archer fragt, ob er sicher sei, dass dieser Frachter von Orion-Waffen zerstört wurde , und Reed bestätigt noch einmal seine Einschätzung. Der Captain hat jedoch T'Pol seine Analyse überprüfen lassen. Der Frachter wurde von klingonischen Disruptoren beschossen. Reed behauptet, dass es einen Fehler geben müsse. Archer sagt, dass er die [[Sensorenlogbuch|Sensorenlogbücher]] gesehen habe. Reed wirft ein, dass diese jemand manipuliert haben könne. Doch der Captain besteht darauf, zu erfahren, was hier vor sich gehe. Reed lehnt es nun ab, weitere Fragen zu beantworten , und gibt ihm das Datenmodul zurück. Archer fasst seinen Arm und meint, dass er es von ihm am wenigsten erwartet hätte. Dann ruft Archer [[Corporal]] [[W. Woods]] herein und lässt Reed in die Arrestzelle bringen. Bevor er geht, blickt Reed noch einmal zu Archer, der an die Wand starrt.

Archer sucht wenig später Reed in der Arrestzelle auf. Er sagt, dass sie Kurs auf klingonnisches klingonisches Territorium nehmen und , er muss möglicherweise in deren Raum fliegen. Er fragt Reed, ob er weiß, wohin sie Phlox gebracht haben. Reed gibt ihm sein Wort darauf, dass er nicht weiß, wo Phlox ist. Archer sagt, dass dieses im Moment nicht sehr viel wert sei. Dann betritt Archer die Zelle und sagt, dass der Malcolm Reed, den er kenne, eher sein Leben verliere, als dass er Verrat begehe. Reed steht auf und sagt, dass er nicht für die Klingonen arbeitet. Archer fragt, für wen er dann arbeitet. Reed sagt nur nichts. Archer sagt, dass er alles verraten habe, für was diese Uniform stehe. Reed sagt, dass es einige Verpflichtungen gibt, die über seine Loyalität zu ihm und der Crew hinausgehen. Archer schickt nun den MACO hinaus und fragt Reed, was das bedeuten solle. Reed könne nicht mehr sagen. Archer sagt, dass er nicht besonders viel gesagt habe. Er erzählte ihm von seinem Vater und der [[Royal Navy]] und ihren Traditionen. Er fragt, wie er reagieren wird, wenn er vor dem [[Kriegsgericht]] steht. Reed sagt, dass er es nicht weiß. Archer verlässt nun die Zelle. Reed bleibt verzweifelt in der Zelle zurück.

Im Maschinenraum sieht ein Offizier etwas auf dem Monitor und weist T'Pol darauf hin. Sie sieht, dass klingonische Schriftzeicehn Schriftzeichen von Zeit zu Zeit auftreten. T'Pol meldet Archer, dass die Warpmatrix durch ein klingonisches Unterprogramm manipuliert wurde. Es hat ihre Kommandoprotokolle infiltriert. Sie solle tun, was sie kann. Die Brücke ruft Archer. Der Druck steigt wieder. Archer lässt auf Warp 5,2 beschleunigen, da sie keine anderen Optionen hätten. Travis beschleunigt die ''Enterprise'' und diese wird erheblich durchgeschüttelt.

{{HGI|In dieser Folge, verlässt die [[Columbia (NX-02)|''Columbia'' NX-02]] endlich das [[Trockendock]]. Sie hätte es eigentlich schon viel früher verlassen sollen, hatte jedoch schwere Antriebsprobleme. ({{ENT|Vereinigt}})}}