Auf der Oberfläche wird die Crew von [[Krall]] gefangen gehalten. Dieser will ein seltenes Artefakt von der ''Enterprise'' und aus diesem Grund hat Krall das Schiff angegriffen. Währenddessen hilft Keenser [[Nyota Uhura]] und [[Hikaru Sulu (Neue Zeitlinie)|Hikaru Sulu]] durch ein kräftiges [[Niesen]] bei der Flucht. Sein Schleim, welcher dabei entsteht , ätzt die Tür auf und so können Sulu und Uhura entkommen, bevor es die Wachen mitbekommen. Allerdings werden Sulu und Uhura schnell wieder in Gewahrsam genommen. Inzwischen gelingt es Scott , den [[Frachttransporter]] auf dem abgestürzten Föderationsschiff [[USS Franklin|USS ''Franklin'']] zu reparieren. Mit Hilfe von [[Transporterverstärker]]n wird die Crew an Bord der ''Franklin'' gebeamt. Als Scott Keenser zurück beamt, will er diesen vor Freude umarmen, doch dann [[Händeschütteln|schüttelt er ihn ihm nur die Hand]] und heißt ihn an Bord willkommen.

Mit seinen Schwarmschiffen, welche bereits die ''Enterprise'' zerstört haben, fliegt Krall nun zur Sternenbasis. Kirk will nun mit der ''Franklin'' aufbrechen und die Sternenbasis warnen. Scott und Keenser kümmern sich im Maschinenraum um den Betrieb des Schiffes. Die Crew findet zur selben Zeit heraus, dass die Schiffe untereinander verbunden sind und somit kann man mit hohen Frequenzen die Flotte vernichten. Scott kommt auf die Idee , dies mit lauter [[Musik]] zu tun. Mit Hilfe der lauten Musik kann die Flotte von Krall vernichtet werden, allerdings kann Krall entkommen. Es stellt sich heraus, dass Krall in Wirklichkeit der Mensch [[Balthazar M. Edison]] und der ehemalige Kommandant der ''Franklin'' ist. Krall macht die Föderation dafür verantwortlich, dass man ihn und sein Schiff auf den Planeten vergessen hat und das man kein Suchteam raus geschickt hat und dafür will sich Krall nun rächen. Mit der Technologie auf Altamid konnte Krall sein Leben verlängern und seine Rache durchführen. Doch Kirk gelingt es , Krall aufzuhalten , und dabei kommt Krall ums Leben.

Nach der Fertigstellung der [[USS Enterprise (NCC-1701-A, Neue Zeitlinie)|USS ''Enterprise'' (NCC-1701-A)]] setzt Chekov Keenser die Fünf-Jahres-Mission an Bord des neuen Schiffes fort. ({{film|13}})

Als Keenser in der die Gewalt von Krall gerät und später von Scott zurück gebeamt wird, freut sich Scott, dass er diesen sofort umarmen will. Doch dann schüttelt er ihn nur die Hand und heißt ihn an Bord willkommen. ({{film|13}})